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從阿笠博士家交流完情報回到住處的降谷零看著空無一人的屋子，神色愈發沉凝起來。他恍然記起，所羅門是擁有能夠看透過去、現在、未來的冠位級千里眼的人，會選擇這個時候離開，難道是他之後被組織發現是臥底了？甚至是被組織的人殺了？會是誰？琴酒？還是朗姆派來的人？
擁有千里眼的人做出的任何反常行為，降谷零一點都不敢小視，像臥底這種行走在鋼絲上稍不留神就會粉身碎骨的職業，露出絲毫破綻，就有可能全盤皆輸！
然而事實並非是像降谷零猜測的那麼複雜，他只是被顧問送到了阿笠博士家暫住而已。
幫忙隱瞞的柯南一開始並不是自願的，畢竟那可不只是黑衣組織的顧問，還是那個傳說中的「犯罪界的拿破崙」莫里亞蒂教授啊！！！
三個驚嘆號甚至都不足以表達出他受到的全部驚嚇。
直到顧問先生脫了外面那層假皮——
他的偶像——福爾摩斯的臉，在顧問的臉上長了出來！
幸好是靈子光暈濾化版，不然得有多掉san啊？將來只要回憶起莫里亞蒂的身體上長出了福爾摩斯的臉，他一定能半夜嚇醒！
不過也幸好這個黑衣組織的顧問是福爾摩斯先生，不然要是換成莫里亞蒂本人，他懷疑現在他們這些紅方戰線的人恐怕都已經被一網打盡了！毫不誇張的說，他一點都不懷疑莫里亞蒂的能力，畢竟惡人不像好人，有那麼多顧忌，他完全能浪費式地消耗組織的力量來剷除內里的威脅。
福爾摩斯把羅曼送到阿笠博士家的原因其實也與組織無關，從者們回迦勒底的回迦勒底，回英靈座的回英靈座，靈子轉移來到這個世界的藤丸立香和瑪修能回迦勒底，但以人類身份存在於這個世界的羅曼不行。如果他想回迦勒底，只能從這邊進行靈子轉移，而這個辦法目前面臨的最大困境，是沒有靈子框體。
羅曼作為迦勒底多項研究項目的負責人和參與者，迦勒底很多高科技以及科學與魔術結合的研究，他都能復刻，靈子框體也是他能復刻的物品之一。而身為一個發明家的阿笠博士，他那擁有不小的用於實驗的空間的家，就成了一個用來製造和存放靈子框體的上佳選項。
為了徵得阿笠博士的同意，迦勒底甚至同意了靈子框體技術的技術共享。
雖然同住在阿笠博士家的灰原哀提出了異議，但在福爾摩斯將從黑衣組織拷貝出來的APTX4869的相關研究資料拿出來後，灰原哀立刻就心動了。作為A藥曾經的主要研究人員，她有自信能在拿到資料後以最快的速度將A藥的解藥研製出來。
兩個科研人才淪陷之後，羅曼暫時留在阿笠博士家的事情就成了定局。至於柯南？他早在見到福爾摩斯的那一刻就已經淪陷地差不多了。
在降谷零帶著公安打配合，與其他來自各國的臥底不約而同地抓住機會，如火如荼地痛擊組織全球各地的勢力時，仿佛人間蒸發了一般的羅曼其實並沒有很努力地在復刻靈子框體。
自從上次降谷零來阿笠博士家見過柯南以後，和完全不適應見到波本——用她的話來說是對黑衣組織的成員有應激反應——的灰原哀躲在地下室偷聽的羅曼，突然就想起了一件最近因為意外太多而被他忘在腦後的事——他的漫畫已經斷更半個月啦！
在成為所羅門時他的手機就落在了A－6實驗基地，許願成為人類後自然也沒有自己的手機。而之後他一直住在阿笠博士家，在外界也沒有什麼必須要聯繫的人，要聯繫出門的博士或者灰原甚至是柯南時，他使用博士家的座機就行了。而除此之外的其他想要聯繫的人……電話其實也聯繫不上。這就導致了，催更的石井編輯發了無數封郵件要稿子，愣是一封都沒傳到羅曼手上。
非常具有責任感的羅曼想起那斷更了半個月的漫畫，只能拜託阿笠博士幫他買一套作畫工具，放下手頭的研究製造工作，原地趕稿。
時常跑來看灰原哀的A藥解藥研究進度的柯南看到他在畫漫畫時，被迫害的琴酒、降谷零、赤井秀一甚至是現在的自己……同時湧進了他的腦海之中。他不禁面色複雜起來，向這個幾乎是當著琴酒的面宣布背叛的傢伙輕聲問道——
「羅曼先生，你準備給琴……銀子小姐，畫個什麼結局？」
第106章 漫畫完結前篇
烏丸蓮耶被捕後,組織內部的矛盾徹底激化，再加上臥底們和被暗中策反的水貨們拼命地攪混水，哪怕後來琴酒和朗姆都發現了其中的不對勁,再補救也來不及了。
有了福爾摩斯提供的名單，僅僅三個月,黑衣組織的高層幾乎盡數落網，包括平時被組織藏得很深的那些研究人員。
在針對朗姆的抓捕行動中，摻了水的貝爾摩德協助有功,所以警方並沒有以她是黑衣組織成員這個理由逮捕她,只是有了這個秘密案底，她以後的生活也會陷入監管之中。至此，除了琴酒逃脫圍捕至今在逃外,黑衣組織的高層基本上被一網打盡,就連混在高層裡面的各國臥底，都有因為知道的還不夠多而差點把別國臥底幹掉的。
這棵盤踞在世界各地半個世紀之久、在陰暗處吞噬了無數人的巨樹,此刻終於如傾塌的大樓般被伐倒。
毫不知情的人們一如往日過著或快樂或頹廢的生活,沒有人知道曾有這麼一個龐然大物在他們未知的角落消亡，酒吞童子的百鬼夜行造成的混亂似乎也並沒有對大眾的生活造成什麼影響。