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還有一個他必須要完成目標的原因就是毛利蘭。蟻巢計劃成功推行，工藤新一的變異基因在當中的作用很關鍵，他被捲入各國權貴的陰謀里，作為工藤新一最心愛的女孩，毛利蘭只有被撕碎的命運。工藤新一根本護不住毛利蘭，就算毛利蘭有德川正的庇護，又如何能跟利慾薰心的政權一直抗衡下去。
只有從根源摧毀，讓他們再也無法重新啟動類似項目，即使有材料也沒有數據支撐，那些勢力在權衡利弊後再不甘心也只能選擇放棄。
琴酒沒有多少美好情操，做這些也只是為了保護自己和自己在乎的人，但的的確確有很多人因此得救，儘管琴酒本身一點兒也不在乎那些試驗品的死活，那些活下來的人得知真相後都很感激琴酒還有毛利蘭。
有人尖銳指出琴酒殺人如麻，罪有應得，但很快就有人反駁他們，說琴酒殺人事實，但這跟他為了救人犧牲自己有什麼關係，難道這個世界還不許壞人改過自新嗎？更何況人都死了，比起那些惡貫滿盈最後只是坐牢不用償命的惡棍，他至少贖罪了。非要以人命來算，那讓國際上立刻恢復死刑，把還占用公共資源的殺人犯都一起清理掉好了。
輿論吵得熱火朝天，各有各的道理，誰也無法說服誰。
【地下研究所】
烏丸蓮耶死後，貝爾摩德跟降谷零見了一面，把研究所所有的資料交給他。笑道：「波本，這次你立大功了。」
降谷零接過資料環顧這個隱蔽的研究所，開口問道：「你要去哪裡？」
貝爾摩德露出狡黠的微笑：「這可不能告訴你。不過波本弟弟，你真準備放我走嗎？」
降谷零揚一揚手裡的資料淺笑：「誰能抓得住千面魔女呢？反正監獄也關不住你何必浪費精力。還不如這些設備與資料，至少能幫助很多人。」
貝爾摩德嘆息：「波本，如果好人都像你這樣該多好。」
降谷零抽出墨鏡戴上；「我從沒覺得自己是個好人。有緣再見，貝爾摩德。」
貝爾摩德揮手遠去，步履輕鬆，把所有的一切拋在身後。
降谷零將重要的資料設備轉移走後，帶著日本警署接管了研究所，解救出包括工藤新一和灰原哀在內的一眾人等。
黑衣組織自此徹底瓦解。
【墓園】
毛利蘭和烏丸蓮耶同歸於盡的一個月後，宮野志保獨自來到墓園，遠遠看見一個消瘦的身影，她心裡暗暗嘆了一口氣，沉默走近，坐在毛利蘭墓碑前發愣的，正是工藤新一。
昔日自信滿滿的名偵探瘦了一大圈，整個人看起來迷茫而脆弱。
宮野志保將手裡的百合花放在毛利蘭的墓碑前，雙手合十默禱許久。
「你還準備在這裡坐多久？」宮野志保問工藤新一。
工藤新一沒有看她，只是愣愣看著墓碑上有著溫婉笑容的女子，低聲喃喃：「我只是一直想不通。」他伸手輕輕撫摸過墓碑上毛利蘭的名字，「明明，她跟這一切都沒關係。她本該開心念完大學，開始自己新的人生旅程。她那樣熱愛生活，未來應該有無限可能。可為什麼，死的人是她，而不是我！！我才是該死的那一個！！為什麼是蘭！為什麼！！」
工藤新一的拳頭重重砸在地面上，聲音嘶啞。毛利蘭死去的噩耗一直在折磨他，讓他食不下咽，夜不能寐。他無法原諒自己，是因為自己，才把他最心愛的女孩卷進了一系列恐怖的事件里。死亡，毀滅或者恐懼，這些本該是他去承受的東西，他樂於承受，但為什麼，他還好好的，蘭卻死了！！
宮野志保順著他的手指看向墓碑上的照片，眼裡露出悲哀的神色，何止工藤新一想不通，她也同樣想不通。明明她覺得自己已經靠毛利蘭近一些了，可是最後發現，她連拉住毛利蘭手掌的機會都沒有。
她還記得自己陰鬱沉默注視著這個世界，迷茫而自厭，毛利蘭的熱心開朗讓她自慚形穢，她一點兒也不想靠近她。但是，毛利蘭會注意到她發燒，會在她生命受到威脅時捨身相救，在她覺得自己應該被所有人遺忘的時候，毛利蘭會突然回頭，笑容明媚，叫她小哀。她生平第一次願意主動伸手去觸碰的人，讓她感到溫暖的人，給予她勇氣的人…
最後連一絲遺骸都沒有，只留下空空的墓穴。
整個餘暉碼頭被炸成飛灰沉沒入海，誰也不可能找到那個人，從此再也見不到她。宮野志保沉默地站在冰冷的墓碑前，久久不能言語。
直到墓地又來了第三個人。
降谷零看到這兩個人在一點兒也不意外，他將手裡的小雛菊放在墓碑前，低頭默禱。卻不料他的衣襟猛然被人揪住，降谷零淡漠看向面前臉孔有些扭曲的青年，沒有掙脫他的手。
「降谷零，我跟你說過，我願意配合你們涉險，我甚至不在乎自己死在實驗室。可是你為什麼要讓蘭卷進這些事件里來，你們公安是這麼無能，必須要犧牲無辜的女孩才能拯救世界嗎！！」工藤新一死死揪住降谷零，俊秀的臉上無比憤怒。
降谷零垂下眼瞼，蓋住眸底的倦色，聲音平淡：「工藤新一，你憑什麼替蘭小姐做決定？」
工藤新一愣住，降谷零什麼意思。
降谷零抬起頭盯著工藤新一的眼睛，紫灰色的眼眸淡漠至極：「你認為蘭小姐是一個什麼樣的人？柔弱不能自理的菟絲子還是好騙可愚弄的白痴？你有你想做的，不願讓她知道。正巧她也有她想做的，不願你知道，這很公平不是嗎？工藤先生。」