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2004年1月6日，漯河市公安局移送審查起訴；1月7號，專案公訴組寫出審查報告，交檢委會研究。當天，河南省檢察院主管公訴的賀恆揚副檢察長、公訴處劉建國處長也親自到漯河聽取專案匯報；1月8號，寫出起訴書；1月9號，案件起訴至漯河市中級人民法院，當天中午，中央電視台播發了楊新海被提起公訴的消息。
訊問楊新海經過
從2004年元月6日到元月7日上午，我們在市看守所對楊新海進行了訊問。在討論訊問楊新海的方案時，就想到要對整個提審過程進行同步錄音、錄像，和技術處商量後得到他們的響應，所以那天專門在看守所找了一間帶暖氣的辦公室，先把攝像機架好，才去提的楊新海。隨著一陣"嘩嘩"的械具響聲，楊新海彎著腰提著腳鐐走過來，1米65左右的身高，精幹而不瘦小，尖下巴，一雙眼睛帶著冷漠和迷茫，乍一看有點像那位唱故事歌的東北歌星。他的頭上戴著一頂帶耳朵的綠棉帽，上衣是一件黑色的夾克衫，下穿一條灰色的褲子，腳上穿著一雙黑色布棉鞋，為防意外，沒有腰帶和鞋帶，從上到下還都算乾淨。按照我們的提示，楊新海很服從地在牆角的小凳上坐好。坐好後看見對面的攝像機，他的臉上勉強擠出一絲尷尬的笑，說："每次審問都錄像。"
因為案件涉及26起犯罪，我和殷鵬年副處長輪流審訊，楊新海顯得很平靜，對案件的事實記憶還比較清晰。從信陽市羅山縣"1999·11·16"強姦、故意傷害案開始，我們一件件進行核實，在審問過程中，發現一個奇怪的現象：雖然實施犯罪跨度長達4年，但楊新海對每起犯罪的現場位置、房屋布局、家具陳設、被害人特徵、侵害部位都記得非常準確和細緻，也就是方位感特別強；在被問到為什麼能把案件記得那麼清晰時，楊新海說："畢竟是殺人，大部分還是一次殺幾個，有時看電視，一看見殺人的場面，就聯繫到自己殺人的事兒，不是有意去記這些事，而是身不由己地聯想。"而對時間，他的記憶和辨別能力就非常糟糕，只記得當時是冷天還是熱天，甚至2003年作的案時間就記不清了，回答時串到了1999年。
在回答到後期殺人後是否害怕時，楊新海說："我殺人後都要在現場停留一個多小時，你們說我害怕嗎？"
在講到強姦犯罪時，他講："只要是我看上的女孩，我就放不下了，這一家也就完了。石家莊的案件就是我在晚上偷盜時看見他家有兩個女孩長得都很漂亮，但當時沒有機會下手，在外地作完案後我還是放不下，就又回到石家莊，把這一家五口都殺了，又對她倆奸屍。"說完之後，臉上還露出一種貪慾發泄之後的邪笑。
至於搶劫，他回答得更是振振有詞："我不想幹活，還要活下去，只有去偷去搶，一般都是偷，只有遇到我認為錢多但不好偷的時候，比如扒了舊房子要蓋新房子的、家裡有拖拉機的，我才想到把人打死再去翻錢。"
第一天中午休息半小時，楊新海和我們一起吃的工作餐，四菜一湯，排骨和魚香肉絲他吃了一半就放下了，講要放到晚上再吃，當被告知晚上還有時，他才講了實情："我不習慣吃太多肉食，對身體不好，在外邊作案時，經常吃青菜和雞蛋，有時冬天披件棉大衣躺在雪地里過夜。我很注意鍛鍊自己適應環境。我不抽菸、不喝酒，我都是晚上到人家室內作案，抽菸光咳嗽，壞事兒。喝酒光喝暈，不一定哪一天就鑽到汽車底下了。"
訊問進行了一天半，第一天基本把26起案件訊問完畢，按照法律規定，把有關的"屍檢報告"等技術鑑定也告知了楊新海。第二天上午一見我們，楊新海就講："昨天晚上沒有睡好，我自己算了一下，我都殺了70來個，殺人太多了。"
我們反問他："對被害人你是否感到懺悔？"
楊新海低下頭去，平靜地說："我都冷漠了，心都是冰做的，想流淚都流不出來。"
訊問完畢，從看守所回來的路上，我忿忿地講了一句："真想暴打這個畜生一頓！"
第一次庭審
2004年2月1日上午8時，楊新海案件由漯河市人民檢察院提起公訴，漯河市中級法院開庭審理，公訴書厚達數百頁。由於楊新海案件在全國產生強烈影響，此次開庭吸引了全國各地20餘家媒體到庭採訪。但由於該案涉及強姦，出於保護受害者隱私的原因，漯河市中級人民法院不公開審理，大部分記者都被擋在漯河市中院門外。法院只派發了幾張旁聽證，除法院工作人員、公訴人、辯護律師外，拒絕任何人接近法庭。幾位試圖進入法院的記者多次央求無效，值班武警戰士說，上面有命令，今天的開庭不准任何媒體入內，絕無例外。不僅絕大
多數記者未能進入法院，楊新海的親屬和受害者家屬也沒有一人到場。
2月1日凌晨5時，漯河市中級法院門前天色還一團漆黑，但已有零星警車前來值勤。為了保障這次庭審的順利進行，漯河市中級法院從全市各區縣抽調了四十餘名法警執行維持秩序的任務，法警們提前一天報到中院，不到5點就起床值勤。6時半，武警戰士開始入場，大門口記者不斷聚集。
2月1日早上6點30分，楊新海被從漯河市看守所里提出來。當他看見大批警察在忙碌時居然還一臉笑容，頻頻面向四周點頭示意："辛苦啊，辛苦！"上車後，楊新海談笑風生，一會兒抱怨開庭時間太早睡眠不足，一會兒與押解他的法警開起玩笑。