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日誌中若干引人注目之處，在於嘗試用類似日本文字的符號做記錄。日誌後面往前倒過來使用的那個字符串，從筆跡上看，被認為是調查隊隊長的手筆。
由於日本文字的障礙，記載的內容不明。但從連接各行的縱線毫無阻滯來看，可以推測隊長已經確定了某些信息。
如果寫成類似羅塞塔石碑那種與已知語言對應的形式，情況就不一樣了。然而隊長似乎並沒有那樣記載的想法。或者也許是無法有那樣的想法。
所謂將要寫的內容替換成另一類符號的記錄法，正是所謂的密碼。在所知的密碼中最強大的是將原文與密鑰數位化加以重組的類型。以這種形式製作的密碼，只要不知道密鑰，便絕對無法解讀。
在使用密碼的情況下，密鑰的傳遞會是個問題，有可能成為破解的突破口，或者有完全喪失意義的風險。而日本文書應該並沒有故意轉換成密碼而存在，一般認為那是舊日本列島毀滅前的、通常的、當然也是局部的、某種流行的記法。
現存日本文書的發現地點主要分布在東日本列島。西日本列島、南日本列島也殘留著少數資料，但那些都是以類似書簡的形式，用毛筆手書的，沒有發現印刷日本文字的設備。如果能發現那樣的設備，應該對解讀大有幫助，但如果那樣的東西能存在，日本文字的這一事態可以說原本就不會存在了。
由此也誕生出新的意見，認為日本文字是對抗巨型智慧的抵抗組織開發和使用的文字。從至今依然阻擋了巨型智慧的解讀這一點來考慮，這個意見具有一定的說服力。無法分解為組合要素的記錄法，的確是機器智慧難以處理的東西。
話雖如此，巨型智慧到底還是巨型智慧，它們在非算法的信息處理方面，也早已超越了人類的極限。實際上，巨型智慧們也嘗試過將日本文書作為圖像進行視覺處理。巨型智慧對日本文書分配了宇宙規模的巨大神經網絡嘗試解讀，然而要辨別完全不知其含義的文章，實在是無能為力。
在更早期的階段，日本文書也曾經被視為已解讀的內容。
在最初期的發現中，整個日本文書只有15頁。其中所寫的文字，與舊日本列島存在的常用日本語的草書非常相似，照那樣讀下去，大致的意思也是通順的，所以並沒有引起多少注意。
日本文書的歷史，可以說就是隨著每次舊日本列島調查隊的派遣與帶回來的反例戰鬥的歷史。第一次調查隊帶回來的15頁的筆記雖然通常被認為解讀出來了，但第二次調查隊帶回來的筆記本約有40頁的量，其中出現了不少新的符號。將那些符號重新解讀，暗示了第一次調查隊發現的資料還有別的解讀方法。之前以為是同一個文字的符號，其實是不同的文字，一旦用上這樣的解釋，文章的意義內容可以說就變得大相逕庭了。
第三次調查隊帶回來的資料大約有80頁。從這時起，解釋方法就開始發散了。難以辨別的符號層出不窮，將文章整體強行讀下去的時候，本應是常用日本語中的內容，意義也相去愈發遙遠。
第四次調查隊帶回來的資料中發現的所謂裝飾符更加速了混亂。那符號看起來就和文章上面描畫的裝飾符號差不多，然而實際上卻和文章的一部分相融合。裝飾符不是連在一起描畫的波浪線，而是每一個都構成其他符號的一部分，由此判斷，這些裝飾符應該是經過計算，特意放置在相應位置的。還有人指出，裝飾符並非是文章寫成之後再加上去的內容，而是在撰寫過程中直接寫出來的，與通常想像的裝飾符並不相同。
通過上述的發展趨勢，人們普遍認為，常用日本語向日本文書的遷移是連續的。但是與調查隊帶回來的資料的數量相比，它的意義擴散的速度快得怪異，解讀的嘗試也無法及時跟上。雖然為了解讀需要新的資料，但調查隊帶來會的資料只會進一步促進擴散。
也有人把這些當做舊日本列島調查隊搞的惡作劇，說他們編造資料，偽裝成調查結果，戲弄研究者。仔細想來，首先發現的是看似容易解讀的文章，然後難度逐漸遞增，這一過程本身確實很讓人懷疑。但是對日本文書素材本身的年代測定徹底否定了這一說法。不管哪篇文章，用的明顯都是大約200到300年前的紙張與墨水，沒有證據說明這是偽造的。
不過，每次派遣調查隊出去，發現的資料都會迅猛增加，這件事確實蹊蹺。它不禁讓人產生一種感覺，仿佛有人預見到未來被解讀的可能性，故意留下那樣的文章。
巨型智慧群的一種見解認為，那些資料正在（並且也是正在過去）不斷繁殖。為了拒絕解讀，過去始終在抗拒未來。這一見解的核心是，過去的日本文書始終在接收來自未來的反饋，不斷書寫補充自身。
這是舊日本列島至今還在悄悄開展的抵抗行動。巨型智慧之所以如此認為，根據之一是在舊日本列島存在著一個巨型智慧。它開發於三百年前，後來斷絕了消息。
那個隱沒於歷史中的巨型智慧，以長髄彥[33]之名為人所知。
開發初期的巨型智慧，存在著各種規格，相互競爭。有一些產品的性能優異，但在行業標準前敗下陣來。那些產品中就有這個名字。在鄉鎮工廠建造的長髄彥系列受到巨型智慧市場的排斥，但在愛好者中間卻有極高的人氣，據說一直由志願者在維持。