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原來當年王重陽將石墓地下倉庫建於山上一條小溪之旁，將小半條溪水引入墓中，墓中居者以溪水供飲水烹飪之用，此外洗滌潔淨，皆賴此溪水。小溪源自高山，流瀉而下，墓中用後，稍停片刻，溪水流瀉，又歸澄清。這時小龍女引導楊過、李莫愁等，經由此小溪通道從墓後脫出，須得鑽進地下潛流，方至平地。溪水流至地下潛流後，與別的溪流會同，水流增大加深。
說話之間，水已浸及咽喉。李莫愁暗暗吃驚，叫道：「師妹，你會泅水嗎？」小龍女道：「我一生長於墓里，從未外出，怎會泅水？」李莫愁略覺放心，踏出一步，不料腳底忽空，一股水流直衝口邊。她大驚之下，急忙後退，但小龍女與楊過卻已鑽入了水中，到此地步，前面縱是刀山劍海，也只得闖了過去，突覺後心一緊，衣衫已給洪凌波拉住，忙反手回擊，這一下雖出手不輕，但在水中，力道給水阻了，洪凌波又拉得緊，甩她不脫。水聲轟轟，雖為地下潛流，聲勢仍足驚人。李莫愁與洪凌波都不識水性，受潛流一衝，立足不定，都浮身而起。
李莫愁雖武功精湛，此刻也不免驚慌無已，伸手亂抓亂爬，突然間觸到一物，當即用力握住，卻是楊過的左臂。楊過正閉住呼吸，與小龍女攜著手在水底一步步向前而行。陡然給李莫愁抓到，忙運擒拿法卸脫，但李莫愁既已抓住，那裡還肯放手？一股股水住她口中鼻中急灌，直至昏暈，仍是牢牢抓住。楊過幾次甩解不脫，生怕用力過度，喝水入肚，也就由得她抓著。
四人在水底拖拖拉拉，行了約莫一頓飯時分，小龍女與楊過雖依法閉氣，仍氣悶異常，時時須得到水面呼吸幾口，漸漸支持不住，兩人都喝了一肚子水，幸差水勢漸緩，地勢漸高，不久就露口出水。又行了一柱香時分，越走眼前越亮，終於在一個山洞裡鑽了出來。二人筋疲力盡，先運氣吐出腹中之水，躺在溪旁地下喘息不已。
此時李莫愁仍牢牢抓著楊過手臂，直至楊過逐一扳開她手指，方始放手。小龍女點了李莫愁師徒二人肩上穴道，將她們放在一塊圓石之上，讓腹中之水慢慢從口中流出。
楊過游目四顧，但見濃蔭匝地，花光浮動，喜悅無限，只道：「姑姑，你說好看麼？」小龍女點頭微笑。兩人想起過去這數天的情景，恍同隔世。
過了良久，李莫愁「啊、啊」幾聲，先自醒來，但見陽光耀眼，當真重見天日，回想適才坐困石墓、潛流遭厄的險狀，兀自不寒而慄，雖上身麻軟，心中卻遠較先前寬慰。又過一會，洪凌波才慢慢甦醒。小龍女對李莫愁道：「師姊，你們請便罷！」李莫愁師徒雙手癱瘓，下半身卻行動自如，站起身來，默默無言的對望一眼，一前一後的去了。
四下里寂無人聲，原來這山洞是在終南山山腳一處極為荒僻的所在。當晚小龍與楊過二人就在樹蔭下草地上睡了。次晨醒來，依楊過說就要出去遊玩，但小龍女從未見過繁華世界，不知怎的，竟大為害怕，說道：「不，我得先養好傷，然後咱們須得練好玉女心經。」楊過在自己頭頂重擊一掌，說道：「該死！打你這胡塗小子！我竟忘了你的傷。」又想下山之後，再要和師父解開衣衫一同練功，諸多不便，便伸掌傳氣，助她運功療傷。不到半月，小龍女內傷已然痊癒。
兩人在一株大松樹下搭了兩間小茅屋以蔽風雨。茅屋上扯滿了紫藤。楊過喜歡花香濃郁，更在自己居屋前種了些玫瑰茉莉之類香花。小龍女卻愛淡雅，說道松葉清香，遠勝異花奇卉，她所住的茅屋前便一任自然，惟有野草。
師徒倆日間睡眠，晚上用功。數月過去，先是小龍女練成玉女心經，再過月余，楊過也功行圓滿。兩人反覆試演，已全無窒礙，楊過又提入世之議。
小龍女但覺如此安穩過活，世上更無別事能及得上，但想他嚮往紅塵，終難長羈他在荒山之中，說道：「過兒，咱倆的武功雖已大非昔比，但跟你郭伯父、郭伯母相較，又怎地？」楊過道：「我自然還遠遠及不上，但你跟他們大概各有所長。」小龍女道：「你郭伯父將功夫傳了他女兒，又傳了武氏兄弟，他日相遇，咱們仍會受他們欺侮。」
一聽此言，楊過跳了起來，怒道：「他們若再欺侮我，豈能跟他們干休？」小龍女冷冷的道：「你打他們不過，那也枉然。」楊過道：「那你幫我。」小龍女道：「我打不贏你郭伯母，仍然無用。」楊過低頭不語，籌思對策。沉吟了一會，說道：「瞧在郭伯伯的份上，我不跟他們爭鬧就是。」小龍女心想：「他在墓中住了兩年多，練了古墓派內功，居然火性大減，倒也難得。」其實楊過不過年紀長了，多明事理，想起郭靖相待自己確是一片真情，心下感激，甘願為他而退讓一步，何況與郭芙、武氏兄弟也無深仇大恨，只不過兒時為了蟋蟀而爭鬧揪打而已，此時回想，早已淡然。
小龍女道：「你肯不跟人爭競，那再好也沒有了。不過聽你說道，到了外邊，就算你肯讓了別人，別人仍會來欺侮你，咱們若不練成王重陽遺下來的功夫，遇上了武功高強之人，終究還是敵不過。」楊過知她頗不想離開這清靜所在，不忍拂逆其意，便道：「姑姑，我聽你話，打從明兒起，咱們起手練《九陰真經》。」
就因這一席話，兩人在山谷中又多住了一年有餘。小龍女和楊過重經秘道潛入墓中，將重陽遺刻誦讀數日，記憶無誤，這才出來修習。年余之間，師徒倆內功外功俱皆精進。但墓中的重陽遺刻僅為對付玉女心經的法門，只為《九陰真經》的一小部份，最重要的梵語音譯總旨秘訣更加不知，是以二人所學，比之郭靖、黃蓉畢竟尚遠為不如，但此卻非二人所知了。