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這一變動，使軍事最高權力機構留在了瑞金。朱德和周恩來統領全國範圍內的紅軍。博古和項英獲得的是實實在在的對軍事的最高領導權。
6月上旬，在第二次寧都會議上，臨時中央同蘇區中央局合併，稱中共中央局。周恩來的蘇區中央局書記的名義也不存在了。
毛澤東的政府主席沒有動。政權在當時僅是個名分和形式，在政治的格鬥場上算不上一個分量很重的砝碼。
至此，黨、軍最高權力層的改組工作可以說告成了。
6月13日，由代主席項英簽發的《對今後作戰計劃的指示》擺在了周恩來和朱德面前。指示指出：我們的主力集中於一個單獨作戰單位即方面軍，這就不能從各個方面配合作戰。正由於這種辦法束縛了主力，才未能給北線敵人以有力的打擊。目前蔣系軍隊在撫河流域重新集中，基本目的為著對付紅軍，廣東方面的敵軍目前對紅軍不會採取大的行動，而福建的十九路軍對於目前形勢居於舉足輕重的地位。因此，實行分離作戰成為必須。規定以紅五軍團為主編為東方軍，入閩作戰;方面軍主力第一、第三軍團等部，仍在撫河、贛江流域北線活動。作戰任務分為三個階段，第一階段：東方軍以寧化、清流為總方向，消滅敵人新編第二師及四十九、七十八師等;方面軍主力應避免較大的行動，尋機消滅撫河、贛江問敵軍旅團以下部隊。第二階段，東方軍從清流、寧化區域向北進攻，以將樂為總方向，消滅敵人第五十六師等;方面軍主力向撫河方向發展，威脅南豐、南城、宜黃、樂安，策應東方軍作戰。第三階段，東方軍回師江西，前出至金溪;方面軍主力向東北前進，前出至崇仁，會合東方軍，集中全力會攻撫州，進而進攻南昌，一師一師地消滅敵人，爭取革命在江西省的首先勝利。這一計劃是夏季行動總路線的大綱，決不可因在執行中可能遇到的某些具體困難而反對這一計劃。你們要以正確的遠見及全盤利害考慮來執行這個指示。
周恩來、朱德接到這份長電後大驚不已。若是有三十萬、五十萬紅軍，這樣的處置或許還有些道理。紅軍尚不足十萬，這不是一利敵之舉嗎?歸其統一指揮。一、五軍團依計劃在北面地帶，積極活動。
沒等周恩來、朱德把電示琢磨透，第二份指示電又到了：為了切實進行這一作戰計劃，政令彭德懷、騰代遠率三軍團全部去做東方軍的基幹，並撥駐汀州之模範師，上杭附近之第十九軍，寧化獨七師、十九師、二十師及長汀以北閩贛邊省地方部隊等，兔，當是錯誤，但自東陂戰鬥後，每次轉變陣勢，確是有機可待。
周恩來、朱德於6月18日提出不同意見：鑑於敵人隨時都可能進行第五次"圍剿"，方面軍主力一、三軍團目前絕對不能分開。你們對我們的某些指責是不當的。如果我們待機是守株待五軍團是遠遠不夠的，彭德懷當年打贛州很賣力氣，由他主持東方軍，弄出兩個前線的中心，才好控制這支部隊。給周恩來和朱德發去一份措辭非常嚴厲的指示電，強令周、朱執半置在一地閒著，讓另一小半去連續作戰，這不是顯而易見的待機待機，哪裡有半絲進攻路線的味道?你周恩來在作第四次反"圍剿"報告中振振有詞說軍隊裡沒有羅明路線，這難道不是羅明路線嗎?誘敵深入，待機殲敵，這些都是毛澤東的主張，必須從根本上加以改變分離作戰，一個重要的目的就是分散前線的權力，使中央軍委能更有效地指揮每一支部隊，只分離出去個基於這些表層的和深層的考慮，6月22日，博古和項英又行。
6月23日，周恩來、朱德復電中共中央局：我們絕對服從你們的命令，並立即執行。同時，我們要求在部隊調動中回瑞金一行，面陳不同意見，或改在寧都縣開軍委會或中局會，因許多問題非電文解釋能詳，許多批評完全不是我所願意也。
博古、項英對後一個請求不予考慮。
7月1日，中央軍委代主席項英下達命令：以紅三軍團和紅十九師組成東方軍，任命彭德懷兼司令員、滕代選兼政治委員、鄧萍兼參謀長、袁國平兼政治部主任。東方軍仍歸紅一方面軍領導。
這時，東方軍面對的作戰對象是國民黨第十九路軍四個師及歸其指揮的三個師又一個旅，總兵力為東方軍總兵力的近因倍。
彭德懷、膝代選於7月4日就東方軍入閩作戰問題指出如下三種意見供紅一方面軍總部和中草軍委擇定：一，首先消滅泉上之敵，然後同時攻擊嵩口、清流之敵。二、以主力攻擊嵩口，以一部攻泉上。三，以三十四師鉗制永安、連城一帶之故，以紅十九師進占歸化，集中三軍團攻泉上之敵;得勝後以主力進攻沙縣，一部進逼延平，調動閩敵給以各個殲滅。報告電中陳述了三種方案的利弊，傾向於取第三種意見，因為以四次反"圍剿"經驗，這種打法最容易成功。
博古、項英堅決不贊成實行第三種方案。至於其他兩案，下放權力請方面軍酌定。周恩來、朱德只好選了"首取泉上，再下歸化"的方案。
7月6日，東方軍出征了。
7月10日，彭德懷的國城打援方法正在順利進行之時，忽接到中央軍委指示電：只留一團圍攻泉上，把方面軍主力立即移師至清流以南適當地點，截擊清流撤退或連城增援之故。
真是莫名其妙!就現在可以查到的史料，也無法看出中央軍委發這個命令的誘因。
彭德懷只好邊斬邊奏。10日下午，他在百忙中草擬一電：圍攻泉上，鞏固歸化，留一團兵力萬萬不足，因泉上敵之兵力超過大連人，我主力南移，連城敵如不動，清流敵可北向解泉上圍，我成隔岸觀火，迂迴過河須三天的行程，我入閩以來，糧食相當困難，許多部隊每天只能吃兩餐稀飯。
滕代遠問："電報是不是給瑞金也發一份?"彭德懷答道："軍委明令我隸屬方面軍，直接給軍委去電或軍委給我直接來電都不妥。此電只發給方面軍。"11日，周恩來、朱德把彭德懷的電報轉給中央軍委後，又補一電：首先襲取泉上，爾後逼近清流，才易於打擊援敵，這是早和你們商量好的方案。現在敵情沒變化，你們卻再三要求東方軍主力過清流河向南猛進，是不妥的。如今東方軍是在山地作戰，正逢雨季，河水要漲，大兵團移動不很方便，你們今後在快定部隊行動時，要考慮到這些因素。我們已復電東方軍，令其依預定計劃有步驟地爭取勝利。
博古、項英在兩處都碰了不軟不便的釘子，並沒立即發作。把軍權徹底抓住，還需要一些時間，還需要一些機會。
十日後，彭德懷率領的東方軍初戰告捷，全殲泉上守敵，斃傷敵四百餘，俘敵一干二百餘。這時，東方軍主力已使寧化、清流、歸化、建寧連成一片，完成了博古、項英計劃中的第一個階段中的任務。
博古、項英一看東方軍得手，也不再計較戰鬥中途周、朱、彭、滕抗令的事，又於7月24日令東方軍南下了。
東方軍竟像鋼鑄鐵打一般打瘋了。7月30日，攻占朋口。8月2日，進占連城。追擊挺進隊在李天佑、毛賁虎的帶領下，一天一夜沒吃飯，追擊百里，竟能殲敵一個團!