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毛澤東看過電文草稿，隨即問道："方面軍向北工作一時期的訓令友不發?"周恩來果斷地說："發，今天就發。"同日，毛澤東同朱德發布訓令：在目前敵軍堅守據點、向中央蘇區游擊進擾與迅速布置大舉進攻的情況下，在宜黃、樂安、南豐一帶地區以戰備姿態做一時期爭取群眾、擴大蘇區以及加強自身教育訓練的工作，消滅敵軍的零星游擊力量和該地區的反動武裝，爭取和赤化北面敵據點附近的地區和群眾。整頓擴大和建立這些地區的赤衛隊、游擊隊，做好戰鬥準備，隨時可以打擊和消滅敵軍的出擊部隊，造成有利於與北面敵軍作戰和消滅敵人主力的條件。在宜黃、樂安、南豐之間布置戰場，達到在敵軍對中央蘇區和紅軍實行總攻時，要有把握地在宜黃、樂安、南豐一帶粉碎敵軍四次"圍剿"，消滅援敵，奪取敵軍弱點，以展開江西局面。作戰地域劃分為，第一軍團以東陂為中心，第三軍團以新豐為中心，第五軍團以甘竹為中心，第二十二軍以南村為中心不管這個訓令的內容如何，不管它在現時的條件下管不管用，這種不執行命令的做法，都讓中央局不能接受。
9月29日，一份武斷的電報從後方飛到了前方：26日訓令收到，"我們認為這完全是離開了原則、極危險的布置。中央局決定暫時停止行動，立即在前方開中央局全體會議。"9月30日，中央局又專電周恩來：對一切離開原則完成目前任務的分散赤化的觀點，"應給以無情的打擊"，還需要請來"尚方寶劍"。中央局把中央蘇區首腦間的矛盾向上級作了報告，等待臨時中央仲裁。
毛澤東"在劫難逃"了。
中共中央總負責博古，真名秦邦憲，當時年僅二十五歲。中共早期領袖人物，用假名傳世的，一個是秦邦憲，一個是陳紹禹;傳世假名，一個叫博古，一個叫王明。
聽一聽十三年後三十八歲的博古是怎樣評價二十五歲的博古的，對於理解寧都會議的深刻的背景很有幫助。
我個人在這個路線錯誤中的責任怎麼樣呢?上海中央被破壞後，由老的中央政治局委員指定我做臨時中央負責人。當指定我做這個工作的時期，我並沒有感到不能擔任領導整個黨這樣的事情。相反的，當時背了相當多的包袱，反對李立三的英雄是一個包袱，李立三把我處分了，四中全會取消了我的處分，這時又洋洋得意，再加上四中全會後我在青年團做了一個時期的工作，少共國際的決議上，說我們的工作有成績有進步，這又是一個包袱，說我領導團還行，難道就不能領導黨?第二沒有兢兢業業之心，毫沒有對革命、對黨、對人民有很嚴重的責任感。做了臨時中央負責人後，更發展自己品質的壞的方面，目空一切，看不起任何人，不請教任何人，覺得我比任何人都高明，要是有人有老子天下第一的想法，那我就是這樣的人，發展了剛愎自用，不屬自我批評，不願意聽人家批評，對於一切錯誤採取文過飾非的態度。
自覺"老子天下第一"的博古，按說早該把一而再再而三地跟中央"唱對台戲"的毛澤東清理出去了。然而，自贛南會議到寧都會議，對毛澤東展開的鬥爭大都是雷聲大、雨點小。原因何在?因為毛澤東是紅軍最主要的締造者。一、二、三次反"圍剿"作戰、解贛州之圍、東征作戰，毛澤東表現出來的軍事才華，是任何一個人都看得見的。"槍桿子裡面出政權"，已經成為中共領袖們的共識。他們之間的差異在於對槍桿子怎樣才能出政權的認識上。毛澤東對黨的事業有舉足輕重的作用，不是想拿就能拿掉的人。時局的變化也還沒有提供徹底解除毛澤東軍權的契機。雖然博古等年少氣盛的領袖對毛澤東的做法早有意見，但他們也都在黨的利益的前提下考慮對毛澤東的態度。
《毛澤東年譜》載：10月6日，中共臨時中央政治局常委會討論蘇區中央局的問題，批評毛澤東"分散工作的觀點"，"是保守、退卻"，"是不能容許的"。強調對毛澤東該作堅決的鬥爭，估計到他在蘇區紅軍中的威信不一定指出名字。並且提出毛澤東"可調回後方作蘇維埃工作"。會議決定，立即給蘇區中央局去電。
可惜這個電報我們無緣看見，不知具體的說法。
周恩來在1972年一次批林整風匯報會上說："寧都會議是任弼時同志召開的，我當時不在，正在前線。但我若堅決反對，還是可以反對掉的。"我當時不在"是說任弼時等人到達時他不在。現在公開披露的史料，大都證明周恩來參加了寧都會議，並在會議上最大限度地表達了對毛澤東的支持。這個中央局全會是前方四位首腦提議召開的，周恩來沒理由反對。他反對的是會議的結果：解除毛澤東的軍職。日後周恩來的行動足以證明他在這個時候對毛澤東的認識已加深了許多。
寧都會議參加者有周恩來、任弼時、項英、毛澤東、王稼祥、顧作霖、朱德、鄧發，主持人為任弼時。
查《毛澤東年譜》"寧都會議"條目，周恩來、朱德、王稼祥都不同意毛澤東離開紅軍領導崗位。但又說，多數與會者認為毛澤東"承認與了解錯誤不夠，如他主持戰爭，在政治與行動方針上容易發生錯誤。"八人參加的會，多數應在五人以上。與會的八個人，除顧作霖之外(因病沒參加長征，後病死)，其餘的七個人，在遵義會議後再沒有什麼原則上的分歧了。任弼時是這次會議的主持人用後又是毛澤東指揮抗日戰爭和解放戰爭的重要助手之一……
據以解除毛澤東軍職的"錯誤"何在?綜合有關寧都會議的史料及研究成果，試想一下，對於了解當時思想路線上的是非曲直不無益處。
毛澤東堅持9月26日訓令的觀點是"專以等待敵人進攻的右傾主要危險"嗎?實際情況是，敵人大舉進攻中央蘇區的第四次"圍剿"已不會持續太久，前三次反"圍剿"的經驗足可參照。
毛澤東"對革命勝利與紅軍力量估計不足"、害怕進攻作戰嗎?實際情況是，紅軍力量實在有限，無法一次吃掉敵人三個師。
毛澤東"無視中央政府猛烈擴大紅軍的訓令"嗎?實際情況是，執行所謂的"進攻方針"，擴多少紅軍就會被打掉多少紅軍，鄂豫皖覆轍在前，四方面軍、二方面軍失去根據地已不可避免。
毛澤東不打贛州打漳州是"消極怠工"嗎?實際情況是，打了不該打的贛州，蒙受了重大損失，耽誤了北上的時間。
然而，實事求是、一切從實際出發成為黨的指導思想，還有待時日。毛澤東的正確主張儘管都被實踐所驗證，仍被視為"錯誤"。他的"錯誤"歸結一點，就是沒有執行中央"奪取中心城市、爭取革命在一省或幾省勝利"的方針，被指責為另搞一套"分散、保守、退卻的純粹防禦路線"。
10月12日，中革軍委發出通令："當此革命猛烈向前發展的時候，蘇維埃政權的鞏固與發展，是十二萬分重要的。工農紅軍第一方面軍兼總政治委員毛澤東同志，為了蘇維埃工作的需要，暫回中央政府主持一切工作。所遺總政治委員一職，由周恩來同志代理。特此通令各軍，希轉飭所屬知照。"半個月後，中共臨時中央任命周恩來為中國工農紅軍紅一方面軍總政治委員。毛澤東失去了軍權。