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還好楊鶴有個不錯的兒子，山東參政關內道楊嗣昌，上疏請求代父罪，皇帝對這個政壇新秀頗為賞識，網開一面把楊鶴改為了充軍，楊鶴總算保了一條命。
堂堂三邊總督也不過這個下場，孫元化捅的簍子似乎還不在楊鶴之下，孔有德等人禍亂的是濟南府靠近運河轄地，離北直隸不遠，一向是山東富庶之地，從各地發來的消息看，造成的損失必定十分嚴重，而且還直接影響了朝廷救援大凌河的總體戰略。
孫元化兩眼無神的說道：「良甫所言有理，但仍未可見此事之根本，眼下可慮者，並非孔有德這叛亂，本官眼下已是心灰意冷，這巡撫不當也罷，唯一擔憂牽累了首輔大人，文登那武夫如今該得意了，怕是早成溫黨心腹了。」
王徵此時也多少知道中間的關係，憤憤道：「文登營那武夫當真可惡，若非他當時惡毒陷害，初陽你如何會落到如此境地，若是不催促過甚，孔有德或許也不會作亂。」
孫元化搖搖頭，「陳新此人心機深沉，本官原本便非他對手，只是他手握強兵，又練出大批私軍，今後何去何從卻令人心中警戒。」
王徵呼地站起，大聲對孫元化道：「我立即便上奏疏彈劾於他，請朝廷徹查文登軍餉何來，又到底有多少兵數？」
孫元化拉他坐下，臉色反而變得平和，「良甫不可冒失，你我如今罪責在身，奏疏上去誰看，司禮監絕不會呈交皇上預覽，文登軍餉也是差不得的，唯一可查只余兵數，但你別忘了，文登還有三個衛所，其中原本便有兵額，他推說是衛所軍你能奈他何？皇上反倒要稱讚他把衛所軍也練成強兵。」
王徵皺著眉頭左思右想，頹然嘆口氣，他突然發現自己拿這個軍頭實際並無多少辦法，那種文官對武官的優越感似乎消失了，這讓他產生極大的失落感。半響後王徵嘆氣道：「初陽，既然事不可為，何不辭去官身，與我同去傳播聖教，留此有用之身指引世人歸家之路，這紅塵浮華，終究不過是過眼雲煙。」
孫元化的眼中露出些嚮往，作為一個天主教徒，他有著自己的信仰，但官場的惡習卻是他不可能避過的，在他看來，精神的修養和世俗相處是可以分開的，便如同佛家出世與入世之間，並非絕對的矛盾。權力能給他入世的滿足，但此時他卻無比嚮往作一個單純的教士，在大明各地傳播福音，看著那些迷茫的人尋到世間真理，該是一種多麼幸福的事。
這種感覺也只有短短片刻，他眼前又浮現出周延儒、徐光啟、孫承宗等等對他充滿期待的面孔，這些人對他都有提拔、點撥的恩情，如今卻可能被自己所牽連。
他臉色回歸嚴峻，語氣變得冷靜，「就怕是要全身而退也未必能夠，楊鶴五月也曾請辭，皇上便未准許，轉眼間又將楊鶴逮拿，若非楊嗣昌頗得聖心，楊大人怕難逃菜市口一刀，如今孔有德變亂既成，皇上豈容我請辭，己巳之時山西兵潰，巡撫耿如杞和總兵都是斬首，本官與他何其相似。」王徵呆呆聽著，一陣苦澀湧上心頭，他與孫元化既是好友又是教友，他實在不願看到自己的好友落難，而現在的形勢竟然可能連孫元化的命都難保。
孫元化繼續淡淡道：「朝中的溫黨，呂直和文登那武夫，人人都等著本官倒下，本官卻偏要爭一爭。」
「初陽你還要如何爭？何苦與一武夫拼命。」
孫元化道：「孔有德不過是搶掠，本官看來尚在可挽回之列，這一支兵乃登萊精華所在，本官當竭盡全力為朝廷保留一支可戰之軍，個人得失，便顧不得了。」
王徵並不是傻瓜，知道孫元化其實還是存著一絲希望，他希望能招撫這支亂兵，將自身罪責減小，至少能少牽連周延儒，如果周延儒沒事，當可護住孫元化，保個全身而退。
王徵此時頭腦卻相對清醒，對孫元化擔憂的道：「初陽，李九成此人從來便是不屑守法，孔有德貌似忠厚，實則同樣桀驁不馴，招撫此二人，怎知其真心實意，若其真就撫，難保日後不叛，一旦亂起登州，我等罪過遠超今日。」
孫元化盯著他道：「孔李二人皆是遼人，以遼人守遼土正當其用，此次他二人縱兵為亂，必定是一時糊塗，他們能在東江鎮跟著毛文龍打建奴多年，應當還是忠誠的。」
「但是……」
「良甫不必說了，本官馬上修書一封，良甫你遣人送去孔有德，言明本官招撫之意，希望他二人能迷途知返。」
王徵欲言又止，想到這或許是挽救孫元化的最後希望，終於點點頭，這時門口腳步聲響，一名參隨進來道：「大人，皮島有消息了。」
王徵站起急切問道：「如何？」
「皮島費盡力氣出來一條船，傳信說廣鹿島尚可喜悄悄上岸，與副將沈世魁突襲叛軍，已經將為首的耿仲裕等人擒殺，救出了東江鎮總兵黃龍，只是黃總兵耳鼻皆被亂兵剜去，腿也被打折一條，不過島上已是安定了。」
「好！」孫元化大喝一聲，站起來激動的來回走動，這樣他的罪責也小了，半響才停下對參隨道：「讓張燾監視耿仲明，勿令其出家宅。」
他隨即又轉向王徵，「皮島既定，本官當即刻發快馬去京師報知首輔，眼下便只余亂軍，京師最憂者，乃是亂軍入直隸，我行招撫之策，先令其東歸，遠離直隸和濟南富庶州縣，當可令首輔有周旋餘地，良甫速去辦妥方才商議之事。」