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六月初，陳新帶著耿仲明、左良玉等部進入衛輝府，鄧玘的川軍則比他們還早一些，除了馬祥麟老婆張鳳儀領著的千名川軍外，秦良玉在崇禎三年帶來的石柱兵餘部都聚集在了衛輝府。
當時秦良玉領石柱兵九千勤王，到現在已經被秦翼明帶先走了幾千人，沒有秦良玉秦翼明這樣的主心骨，川兵們也經常鼓譟，嚷著要回鄉，此時的薊鎮新兵操練完成，朝廷也擔心川兵鬧出事情，便同意了他們回家，但要求順路剿滅流寇。從北直隸到河南途中，陸續有些人馬離開先行回鄉，現在剩下的大概四千多，鄧玘領了兩千餘，馬祥麟和張鳳儀各領千餘，其中的張鳳儀所部已調往懷慶府城。
林縣大捷的消息傳開後，河南巡撫玄默找到了目標，親自來帶領東路軍，集結地定在衛輝府，東路大軍雲集，計有登州鎮團練總兵營四千、登州標營七百、川軍四千餘、京營五千、昌平兵兩千、大名府團練兵兩千，河南本地毛兵四千。其中戰力最強的是登州鎮和川軍，但兩軍都是步兵為主力，其他各部營兵不堪大用，可依賴的只有家丁。
在河南的官軍人數名義上超過兩萬，實際上各部有多有少，京營和河南兵有不少空額，左良玉則遠遠超過，他們按玄默的要求駐紮在輝縣，等待巡撫的到來，輝縣城外布滿軍營。
三十六營抗不住北方邊軍的壓力，往西突圍被許鼎臣阻截後，他們只能盤踞澤州，通過流動來不斷牽制官軍，但他們鬆散的體制很難形成合力，反而被曹文詔這樣的強軍分而擊破，形勢越來越艱難。不過他們見隙就鑽的打法，逼得官軍常常要回頭追趕，拖延了北路官軍的進度。
河南境內的流寇還是混亂，小股些的遇到追擊就鑽回太行山，跑到山西流竄一番，若是山西官軍逼迫厲害，他們又翻山回來。
小股的可以隨便流竄，最大股的紫金梁、闖王等人則不行，他們在澤州已無法籌集足夠的糧食，終於也翻過太行山，進入了河南境內，三十六營有半數匯集於衛輝府和懷慶府境內，到此時他們終於發現，他們的胡亂流竄把自己竄到了一個巨大的包圍圈中。
西面北面是九邊抽調的最為精銳的邊軍，中間是太行和王屋山，南邊是滾滾黃河。東面的川軍、登州鎮、昌平兵是崇禎能抽調的最好的人馬，有了登州鎮的崛起，崇禎絕不願意再調居心叵測的祖家軍的入關。
陳新將大軍按千總部分散，在輝縣縣治和太行山之間布防，耿仲明、鄧玘在輝縣和府城之間，左良玉則被調到了衛輝府城附近，河南兵嚴守黃河各個渡口，把船一股腦都收了，對豫北流寇的大合圍已經完成。
今年後金暫時也沒有來搗亂，使得明廷的財力人力都往流寇這邊傾斜，明軍大軍將流寇堵截在山西、河南交界的太行和王屋山兩側，崇禎連連收到捷報，確定京師無憂之後，他激動之下調動了五千京營兵前來，他們出京後趕得還算快，六月初十到達了漳德府。從崇禎元年以來最有利的剿寇形勢已經出現。
最兇悍的流賊都集中於此，只要殲滅這個地區的流寇，那流寇之禍就平定了大半。懷慶等地已經打過許多次，很多地區被流寇搶過了，流寇餓狼一般撲向衛輝府，只為搶到足夠的糧食。
而紫金梁和闖王等頭領注意到了形勢的嚴峻，開始連連召集各營頭目合議突圍之法。另外則擴大搶掠的範圍，此時官軍最空虛的就是懷慶府，流寇們一改常態，連那些堅固的寨子也不計傷亡的攻打，以求獲得更多糧食儲備。
剛到衛輝的幾股流寇看不起內地兵馬，氣勢很盛，衝到衛輝府城周圍搶掠，玄默傳檄令昌平另一副總兵湯九州追剿，而傳給陳新的命令十分奇特，除了叫他清剿輝縣縣境之外，竟然要他派兵去清池柳泉關保衛潞王妃的陵寢，以防被流寇盜挖。
陳新接到命令氣不打一處來，偏偏這事兒還不能不去，萬一真被挖了，潞王封地就在衛輝府，若是他一番彈劾，崇禎最心痛這些親戚，應付起來十分麻煩。他只得派出兩百騎兵趕去，還真等到一股流寇，一戰將其擊潰，馬兵照例跑掉了。
衛輝府已經湧進來超過五萬流寇，分屬於十多股大小流寇，還有河南本地一些山賊土匪出來趁火打劫，衛輝府一片亂戰，各股流寇竄來竄去，有時候外來流寇還和本地土匪幹一仗。官軍機動力也不強，跟著後面吃灰，雖然經常宣稱大勝，但都是殺的脅裹之流民，或者就是普通百姓的人頭。
這樣的亂戰難以取得決定性的戰果，時間一拖再拖，陳新的軍糧也吃緊了。登州鎮自己帶的軍糧在大名府補充過一次，出來後已損耗了不少，繳獲的糧食陳新都留在林縣，眼看著補給無望，軍需官只得先調了林縣的糧食，然後將大名府商鋪的儲備經水路調到林縣，另外則向臨清商社緊急購買，讓他們繼續往大名府運送。從臨清轉運損耗很大，路途上消耗三成，而且每次還需要登州鎮出兵往來護送，造成部隊疲勞。
陳新先是問輝縣要糧食，可輝縣大軍雲集，那知縣把自己賣了也湊不出來這麼多糧食，鄧玘、耿仲明、保定軍的人每天到輝縣城下叫罵，那知縣把縣庫的糧食提供完之後，乾脆躲進縣衙不出來了。
輝縣的幾百石糧還不夠塞牙縫，陳新只得又向玄默行文，玄默很快運來兩百石，回文十分客氣，通篇都是讚賞登州鎮，但最後說軍糧暫時沒有多的，各地支度困難，運送也十分不便，說是等個十多日才有，請登萊先自行供給。