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而在其內，更有不同的區域和建築劃分，從大的來看，分別有核心區域（主要是研究室、實驗室、行政辦公等等），工廠區（為進行實用和實驗性質的各小型工廠），生活區（供研究所人員平日住宿生活的區域）。除此之外，在研究所外，向西二十里的地方，還有一片劃歸研究所的荒地，這地方是用來進行一些必要的，具有危險性的實驗所用，比如說武器軍械等等，這些東西的實驗在研究所內危險性極大，而且有許多不控因素，所以再設置一個專門的外至區域是必不可少的。
研究所的當家人當然是剛剛歸京的黃履莊，為了保證研究所的獨立性，朱怡成前些天新設了一個機構，這機構名為工科司，工科司主官為工科使，正四品官銜。黃履莊也從工部主事直接調任工科使，同時也升了官。
從六品主事直接升任四品，黃履莊等於升了四級，這也算是對於他在寧波工作成績的表彰。至於工科司，直屬於朝廷，同時獨立於六部以外，由皇室和軍機處直接統屬。
整個研究所如今擁有科研人員一百三十人，這些人中有的是從工部抽調的，也有的是從寧波工房遷移過來的，還有些是從民間推薦錄用的。除了這些科研人員外，另外還有三百六十人的警衛部隊，這支部隊裝備精良，忠誠可靠，骨幹由錦衣衛組成，以確保這裡的安全和保密工作。
今天，是皇家科技研究所正式成立的日子，為讓人知道自己的態度和對研究所的重視，朱怡成出宮親自主持了研究所的成立儀式。
皇帝出宮，雖朱怡成提前有所交代，不得大張旗鼓，但必要的儀仗依舊免不了，同樣陪同的大臣也是無可避免的，所以最終來到研究所的不僅是朱怡成，還有軍機處的首席軍機廖煥之，此外工部尚書蔣瑾因為工部同研究所之間的淵源，他也跟了過來。
吉時已到，朱怡成在經過一番簡化的儀式後正式宣布皇家科學研究所就此成立。完成儀式後，朱怡成等人在黃履莊的陪同下步入研究所，視察著研究所的內部，同時聽取匯報。
整個研究所的規劃和建造是由蔣瑾負責，並報與朱怡成拍板的，但當步入研究所內，看著那一座座規劃整齊的建築和內部完整的設備時，朱怡成不由得微微點頭。
尤其是在一幢建築內，看到了許多精密的儀器所組成的實驗室後，朱怡成更是滿意。這裡，雖無法達到後世真正科研機構的先進，但在這時代已是出類拔萃的了，朱怡成相信，研究所的設施和規模，在這時代可以說是最為先進的，也是最為完善的，這點從威廉來到研究所後所表現出來的驚訝就能得知。
如今時代，劍橋大學的科技水準已是一流，但相比這個研究所，其專業性和完整性已超過了劍橋大學。但是，研究所真正起作用的不是那些死物，關鍵還在於人，那一百三十名科研人員，這才是研究所的核心和未來。
威廉現在已接受了朱怡成的提議，正式留在了大明，並且成了研究所的一員。但他的職務依舊是工部主事，行政方面調任工科司，以協助黃履莊。
這倒不是朱怡成不想讓威廉直接在工科司任職，而是威廉特意向朱怡成提議的。雖然威廉畢業於劍橋大學，對於科學方面較為了解，在寧波時期也協助黃履莊做了不少科技改革的工作，而且取得了成效。
但威廉並非真正的科學家，如果他真對於科學有濃厚興趣的話，那麼威廉在劍橋大學畢業後也不會接受邀請跑到東印度公司任職了。從這點來講，威廉並不想把自己同科技劃上等號，在他看來，自己的能力並非只在科技一方面，而更多的是商業和政治，或者說外交方面。
如果直接調任工科司，成為其真正一員，那麼威廉就把自己定性為一個科技人員了。這是威廉所不願意的，也不是他所想的。正是因為如此，威廉向朱怡成闡述了自己的想法，經過考慮後，朱怡成答應了他的請求，所以他如今在工科司只是行政調任，其職務依舊在工部，而負責的主要工作除了暫時協助黃履莊外，還有對西方科學的書籍翻譯和整理等等。
等一年後，朱怡成就將按照威廉的要求把他從工科司在調出來，至於是回到工部還是去其他部門，那要根據威廉在這一年中表現出來的能力和意願再決定。
身著官服的威廉如今跟隨眾人一起陪同朱怡成視察研究所，雖然他有著一張西方人的面孔，但是在眾人中卻沒絲毫異樣。實際上，當得知威廉即將成為自己的同僚，最為高興的當然是黃履莊了。在他看來，威廉能夠留在大明，同自己一起在研究所內任職，這不僅是朱怡成英明，更是自己舉薦有方，有這樣一個人協助自己，黃履莊對於在研究所的工作開展是信心倍增。
在研究所正式成立之前幾日，威廉已對他在東印度公司的工作進行了安排。來到遠東，他當然不是一個人，手下還有幾個隨從的，只不過這些隨處並不是專業人士，僅僅只是自己的叔叔派給他的護衛。
威廉給遠在印度的叔叔寫了份信，信中把大明對於同東印度公司開展正常貿易的決定傳給了東印度公司那邊，並且告訴叔叔可以派遣正式的商務使團前來大明協商接觸，至於如何開展貿易，威廉也闡述了朱怡成的態度，只要在大明法律的允許範圍內，通過許可即可進行，而他也會在南京等待使團的到來，為雙方接觸和談判做好準備。