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齊三攻占崑山縣城後，又強綁大儒顧炎武、歸莊等人充入軍中，再以這些大儒名義傳檄東南，聲稱即日起各地當廢奴，還僕從於自由，如此江南奴變才能快速平息，否則精華之地必毀於旦夕。
松江府城也在幾天後橫生陡變。
蘇淞總兵黃蜚原為東江鎮總兵黃龍外甥，年少時便隨舅舅在遼東對抗清軍。後黃龍與後金軍在旅順激戰中犧牲，黃蜚便以外甥承襲舅舅，從守備升到都督同知，再至援剿東北水師總兵、提督關遼通津淮海江鎮水師便宜行事。
清軍攻破北京後，黃蜚領殘兵以海船南下，被弘光朝任為吳淞總兵。早在白頭軍自崇明內犯時，黃蜚便領兵拒敵，奈何不敵無奈逃往浙江。後兵部遣人問罪，黃蜚迫於壓力不得不率部回到松江。
然而這位黃總兵不思殺賊報效朝廷，反在嘉定、崑山相繼被奴軍賊兵占領後，竟帶部下在松江城中發難，軟禁了松江知府徐汧、吏部考功司主事夏允彝等人。
松江府城的淪陷使得松江府屬各縣士紳頓時惶恐，逃的逃，跑的跑，很快上海、華亭二縣便被義師占領。
蘇州那邊，太湖魚民赤腳張三聚眾造反後曾經圍攻過蘇州城，然而卻被城中的明朝副總兵魯之遜帶人擊敗。
兵敗之後的張三帶殘部逃入太湖，又轉而在無錫、金壇等地活動，皆連擊敗多股明軍，更是與其他奴軍共同進逼南都，於方山一帶大敗明朝應天巡撫王永祚指揮的鄉兵，聲勢一時高漲，以致南京那邊嚇得閉門封城。
不過張三等人也沒有真的去攻南京城，而是返回太湖休整數日後大張旗鼓再攻蘇州城。
這一次張三的太湖水軍展現了比起事之初更強的戰鬥力，以四百披甲兵猛衝明副總兵魯之遜的兵馬，爾後多方合力將魯之遜殘部圍困於泖湖。
張三採納其部參軍蔣國柱的計重，用小船截斷泖湖出口，之後乘風縱火，明軍水師船隻高大，運轉不靈，被烈火一一焚毀。魯之遜同從嘉定逃出竄至其部的吳淞游擊吳志葵都被活捉。
不久後，蘇州城內的蘇松巡撫祁彪佳便接到以魯之遜名義發出的檄文，稱明朝無道，於江南地區強征暴斂，所得財富一不思北伐驅逐韃虜，恢復故都；二不用於整兵備戰，卻大筆大筆的撥於那韃子阿濟格同漢奸吳三桂，以江南人民血汗養此二奸。如此朝廷可謂昏庸無道，故天下有志之士當群起而攻，革新社稷。
江陰方面，原江陰典史閻應元突然襲殺奴軍首領徐有量，奪其兵權後派人往城中勸降陳明遇、馮厚墩。陳、馮二公不肯出降，守備顧元泌卻被削鼻班重金收買，連夜率部出城。
沒了顧元泌部助守，陳明遇、馮厚墩獨臂難支，加上閻應元再三保證不犯江陰百姓，迫不得已只好開城投降。
隨後，閻應元自封江南提督，號召左近共抗南都。
另有義師吳勝兆領兵攻入吳江縣，殺明知縣朱廷佐，樹旗響應願奉閻應元為首。
閻應元據江陰之後，遣兵攻常熟，該縣知縣陳日升嚇的魂不附體，向蘇松巡撫祁彪佳求救，祁彪佳遣兵800往援，半道卻被吳勝兆部截住，雙方在常熟境內的南湖盪、沙家浜一帶交戰。
蘇松巡撫祁彪佳所遣800兵原是北方淪陷後逃至江南的潰兵，這些士兵不習水戰，吳勝兆利用此點，事先派部下操舟好手混於民間。
待明軍搶掠百姓船隻載兵追擊之時，吳部下操舟好手即扮成水手為之操舟，行至湖中，卻是紛紛跳入水中，取出工具把船隻鑿沉，致使明軍淹死兩百多人，帶兵守備彭某也被擊斃。
吳勝兆獲勝之後，又同奴軍李國翰部、義師郎廷佐部會合，糾集上萬人攻打蘇州。
取得泖湖之捷的赤腳張三也從太湖向蘇州進攻，松江一帶也有多支奴軍義師前來助戰。
多股義軍會師蘇州，人馬多達五六萬人。
蘇州城中人心惶惶，副總兵魯之遜被捉，守備彭某被殺，城中守軍不足千人，南都援軍遲遲不至，為保全城中商民百姓，蘇松巡撫祁彪佳不得不派人出城與義軍協商，終以蘇州不奉南都之命，並為多路奴軍提供錢糧為條件換得諸軍不攻城。
蘇州、松江二府的徹底「淪陷」，使得江南奴變形成新的高潮。
各路奴軍從起事之初的流竄鄉野，破壞襲擊明軍衛所轉而營建城鎮，發動百姓，事實上形成根據之地，已經對南京明朝統治形成足以顛覆的威脅。
當蘇州被奴軍所圍消息傳到南京時，實在是坐不住的弘光皇帝終是拉下臉來親自拜訪養病的孫武進，好話說盡，以武安伯爵位換取孫統制帶病領軍出征。
可孫伯爺領大軍出城三日，卻才走到淳化鎮，這可把南京城中急壞了。不得已，在首輔王鐸的勸說下，弘光帝再晉孫武進為武安侯。
敕書一到，孫武進精神一振，一日便行三十里，但之後卻以遇賊為名又停留不進。
而此時，蘇松巡撫祁彪佳已同各路奴軍和談，並以個人名義發表支持廢奴的公揭。
這可是自奴變以來第一個轉而支持廢奴，並向賊寇公開納降的督撫大員。
性質十分惡劣，隨後顧炎武、歸莊等江南有名大儒的公揭也不斷傳到南京，造成朝野譁然一片。
老家常熟被奴軍所占的文壇大宗師錢謙益痛心疾首，稱「朝廷再不能平亂，則乾坤必然顛倒」。