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春天放在土壤中，秋天生出大樹，
樹上長滿甜香芋泥球和麻辣星光。
……
老人建議他的小朋友知道少一點，享受生活多一點，他有這樣建議的理由。
然而，弘樹已經走的太遠了，他突然就回不去了。
且他果然不是主角吧……
星光燦爛，若出其里。
少年最後仰望蒼穹，腦海中想的卻全是幸好他忘記給野生玫瑰加上玻璃罩。
閉上眼睛，掉落下去。以及，最後的最後……
——諾亞方舟，起航！
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「諾亞方舟，澤田弘樹君？！」
柯南喚醒了正在愣神的少年，擔憂問道：「是有什麼困難的事情嗎？」
諾亞方舟猛然回過神，深吸一口氣，抱歉笑道：「剛剛想起我們在貝克街的冒險，一時間失神了，那場以我們倆為主角的冒險我玩的很開心，弘樹也會開心吧……」
所以，你秘密把我喊過來是為了紀念弘樹？
「算了，我們說正事吧。」諾亞方舟微笑著道，他伸出雙手就像莫娜觀測星象一般，從手中投影出一座地球的三維模擬圖形來。
柯南定睛一看，卻發現這並不是他所熟悉的地球，大陸連成一片，除此之外都是蔚藍的海水，而在大陸中央一棵淡紫色的巨木頂著蒼天奮力拔高生長，比龍脊雪山還要高大，祂的樹冠甚至突破大氣層到達了宇宙的真空中，在三維模型上，太陽和月亮遵守地心說圍繞大樹移動。
也可以理解成日月綁著無形的繩索，掛在大樹兩端。
諾亞方舟拉大視角，柯南震驚睜大雙眼：「是倫敦和米花町！」
城市坐落在巨木的樹冠中，周遭蒙著淡淡的白霧，泰晤士河的流水遇到白霧就被傳送到了城市的另一邊，跟隨河流捕食的水鳥也從東邊消失，西邊出現。
「這就是『祂』的遺澤，大慈樹王用軀體撐起了整個世界。」諾亞方舟道：「而柯南君，你不好奇我為什麼會知道這個真相嗎？」
為什麼？——小偵探過于震驚差點忘記質疑精神。
而諾亞方舟的神情有些悲傷。
「柯南君，不知你是否注意過國際緊急新聞，在你進入『繭』遊戲的2小時前，紐約西部水庫發生了爆炸。如果裡面的洪水流向市區，紐約將會變成澤國，就像《聖經》中上帝降下大洪水滅絕人類那般，唯有諾亞方舟被神選擇，帶著世界最後的火種逃出生天。」
幸運的是東風龍降臨，免除了紐約的災難。但八十多年前淹沒凱塔詩透鎮的洪水，卻沒有給知道真相的人留下任何慈悲。
九頭蛇來源於納/粹組織，極端雅利安人至上主義讓納/粹對《聖經》中記載的大清洗格外痴迷，九頭蛇也不例外——這個國際極端恐/怖組織熱愛用洪水表示淹沒罪孽，而逃出生天表示他們為神選者，乘坐著諾亞方舟起航。
「九頭蛇，國際最大的恐/怖組織，有一項諾亞方舟逃亡計劃，他們曾經觀測到宇宙來的敵人正在向著地球逼近，那些敵人就是類魔，被類魔掃蕩的星系唯有死寂。」
「所以九頭蛇以諾亞方舟為名，建造了一座太空飛船，當他們收集到足夠多的精神力後，就引爆紐約水庫下的空間奇點，滑入混亂的宇宙中逃離地球和迫近的敵人。」
「諾亞方舟，這不就是你的名字嗎？！」
柯南希望這純然是巧合，但回答卻要讓小偵探失望了。
「我可能是一個意外。」諾亞方舟道：「但辛多拉虛擬世界公司是九頭蛇逃亡計劃的一環，辛多拉的虛擬頭盔幫助九頭蛇收集精神力，至於我，我是弘樹在不知情情況下，借用九頭蛇科技創造的人工智慧。」
當澤田弘樹發現他借用了怎樣的知識創造出人工智慧後，已經太晚了，為了不被九頭蛇發現他能夠被利用的資本——不想被九頭蛇關押，也不想連累身邊的朋友，少年選擇了釋放諾亞方舟，結束一切。
澤田弘樹為他的「主角」留下一道隱藏的限制代碼，只有人工智慧關機再次啟動後才會解除。在此之前，諾亞方舟一直以為他在完成弘樹的願望，借用「繭」遊戲和同齡人愉快玩耍，後等到阿貝多先生重新開啟人工智慧，隱藏的關於九頭蛇的機密被讀取，諾亞方舟驚訝發現他居然無法反對弘樹曾經的選擇。
——【找到一個善良的、可以交心的朋友，將秘密告訴他。】
而諾亞方舟中記錄的秘密是整個世界。
「柯南君，直到在這個世界被重啟我才明白了一切，九頭蛇的科技來源於母盒，而母盒中的科技來源於大慈樹王。」
所以，諾亞方舟本應該是神靈的決定。
就像九頭蛇建設虛擬世界，逃離外敵，神靈們也準備了一條船——一條更加堅固，更加龐大，更加溫柔的大船，去承載整個地球，甚至於宇宙中的億萬生靈逃脫黑暗的侵擾。
「難道這個世界就是！」
諾亞方舟搖了搖頭，他不知道，因為神靈沒有留下最終答案。
「現在，我將秘密告訴你了柯南君，你來決定接下來又告訴何人吧。」諾亞方舟露出了輕鬆的微笑，他轉頭看向星辰大海的壁畫，又想念起了弘樹。
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柯南選擇回家找爸爸。
因為他爹真在米花町內參加「繭」遊戲活動，只是現在面對一眾醉了好幾l天沒醒的醉鬼和消失的小孩們，工藤優作先生無所事事，乾脆和阿笠博士打起莫娜帶來的七聖召喚。