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事實上，都察院在審案中的權力比之從前有很大的增加，他們可以直接提審嫌犯，搜集證據，然後訴至大理寺。
不過御史們對於職權的變化還是有些不太習慣，雖然這邊的權力增加，但是別的權力減少，讓有些人對李彥的所作所為並不滿意。
隨著閹黨清算的重頭戲落下大幕，有的御史就開始彈劾李彥，李彥就此向孫承宗提出：若是本官有問題，可以讓都察院來查、來審，但是上疏彈劾、風聞言事這種，無助於事情的解決，也不符合規定，希望都察院按照律法辦事，作為司法機構，不能自己都不懂法律。
內閣首先因為這件事發生激烈的爭吵，很多內閣成員都認為都察院御史風聞言事，此乃千古成法，李彥不能背棄祖宗做法，剝奪御史的這個權力。
李彥就拿出前定的一些律條，一條一條翻給他們看：“御史官員要做什麼，朝廷官員應該怎麼做事，之前已經定下基本規則，這一條明確說了，一定要按照規則辦事，那麼御史就不能違反規則，我們內閣也不能違反規則。”
“至於祖宗成法，那也很簡，此一時彼一時，世易時移，以前的辦法現在用了未必就能有同樣的效果，具體到御史這個問題是按照老辦法來做事，既然無法約束魏忠賢，又能起到什麼作用？而在採用新辦法以後，御史們審查起訴閹黨份子，使其得到法律的制裁道不是說辦法的優越之處嗎？”
雙方各執一，誰也說服不了誰，最後只能各自退讓一步暫且保持現狀，駁回都察院的做法，而在下次百官朝議之時，對此進行辯論、表決。
都察院事件表明保守勢力已經始逐漸出現在李彥的對立面種理念上的分歧，也很難進行彌合，而保守勢力在朝中的勢力極為強大，在朝議之時，恐怕也難有勝算。
李彥只能通過華夏社，寫了一個系列的策論述法制的重要性，《華夏時報》甚至開了一個專題連續刊載歷史上的篡權、專權之禍，並認為唯有律法、準則是避免這種情況出現的唯一辦法。
而由宋鍾國準備一些文章。並不簡單地講述律法是將律法和儒學結合起來。宋鍾國認為。所謂律法。並非源於先秦地法家。法家重刑。而儒家地律法重“行”。也就是對行為地規範。
宋鍾國引用反對派地話說。正是因總有很多人不遵守儒學地規範。才使得現實中總有很多問題。如果人人都按照儒家提倡地道德準則去做事。當然會是天下大同地美好局面。然而事實上這樣做地人並不多。律法就是將這些規範提煉、具體化。然後讓人們來遵行。而不是口頭仁義道德。暗裡男盜女娼。
保守派當然也會做出反擊。這場突如其來地論辯。變得越來越激烈。
輿論戰有宋鍾國坐鎮。李彥只自顧自地撰寫自己地系列文章。並且推進各項工作地開展。並不想因此而耽誤工作。
為了分化保守派地勢力。給他們找點事情做。而不是整天在那裡吵來吵去。李彥就拜訪了左光斗。邀請他出任工部右侍郎。主管屯田事務。
左光斗曾經做過屯田。他對李彥地一些離經叛道做法雖然有所不滿。但是對李彥花大力氣興修水利。又準備屯墾荒地地做法。倒是非常讚賞。現在李彥邀請他來做這件事。左光斗自然沒有拒絕地理由。何況這本來也是他極為想做地一件事。
左光斗道：“要讓本官做這件事，錢、物、人，都要給配備充足，本官可不願意只是做做樣子。”
李彥啞然失笑，也不作出保證，就請左光斗先去拜訪一下他未來的上司，工部尚書徐光啟，了解一下京畿水利工程的進展情況，最後意味深長地說道：“本官做事，最重實效，只要有利於大明，有利於百姓的事情，便會不遺餘力地推進，哪怕傾家蕩產，哪怕萬夫所指。
”
李彥離開以後，一向性情暴烈的左光斗坐著想了一會兒，他有些迷惘，東林的官員對李彥一直都有些成見，因為他的許多做法都是標新立異，與傳統不合。仔細想來，李彥以兵變一步跨入中樞，其時未嘗沒有專權的機
選擇了內閣執政，並且將首輔的位置給了孫承宗，宗的資歷和威望，也確實更為合適，但起碼錶明，李彥懂得進退。
而細觀李彥所作所為，所做的幾件大事，並沒有為自己過份攬權，除了將內庫納入節慎庫以外，而內庫的銀子，若是都花在治水、屯田方面，顯然要比從前更為合理。
左光斗的這些想法，在他拜訪過徐光啟，並實地察看過京畿治水工地之後，變得更加清晰：不管李彥這個人到底如何，也不管政治理念上有什麼不同，至少治水和屯田這兩件事，確實功在千秋，是他想要做的事情。
李彥分管工部，具有尚書、侍郎的提名權，他提名申湛然由右侍郎晉升左侍郎，左光斗遷調右侍郎。內閣對左光斗的遷調沒有意見，畢竟左光斗的資歷和聲望都已經足夠。但是對申湛然的任命就有些不同看法，主要是申湛然晉升的速度太快，從東江道一躍而為右侍郎，幾個月一過，又成了左侍郎。
這樣的晉升速度，相對來說未必稱得上很快，但是考慮到申湛然並非進士出身，而只是一個監生，就很難得到大家的認同。
左右侍郎的高之分並沒有那麼明顯，李彥並沒有想要力爭，最終的結果還是左光斗直接遷調左侍郎，申湛然依舊是右侍郎。