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不久從中途島起飛的39架B—17轟炸機也飛來助戰，‘飛龍’號再度中彈，傷勢更重。21時23分，‘飛龍’號完全喪失航行能力，並因為大量進水，傾斜增加到十五度。第十驅逐艦分隊司令阿部俊雄海軍大佐的旗艦‘風雲號’靠在航母旁邊，協助滅火，並為艱苦奮戰的艦員提供食物和飲水，‘夕雲號’驅逐艦則在旁警戒。
最後，眼看回天無力，山口通過‘風雲’號驅逐艦向南雲報告，他已下令棄艦。
凌晨2時30分，山口對集合在甲板上的大約八百名艦員最後訓話：“我身為航母戰隊司令官，對‘飛龍’號和‘蒼龍’號的損失負全部責任。我將與本艦共存亡，我命令你們全體離艦，繼續為天皇陛下效忠。”
山口的參謀請求跟他一起留在艦上，但被山口堅決拒絕了。他們只好忍痛以水代酒與山口黯然飲別，山口隨手把他的黑色戰鬥帽送給了首席參謀伊藤海軍中佐，作為紀念。第十驅逐艦分隊司令阿部海軍大佐親自來到‘飛龍’號上，再三請求山口和加來艦長離艦，也沒有達到目的。
遵照山口的最後指示，阿部海軍大佐下令‘風雲’號和‘夕雲’號驅逐艦擊沉‘飛龍’號。5時10分，‘風雲’號和‘夕雲’號向‘飛龍’號發射了魚雷，在一陣震耳欲聾的爆炸聲後，‘飛龍’號緩緩下沉。
就在美國艦載機對日本聯合艦隊‘飛龍’號航母的攻擊結束時，艦載機回到美國航母上空，盤旋著等待降落。
突然一架美國魚雷攻擊機發現在‘企業’號航母附近的海面上有一個異樣的東西在水面上浮動，飛行員好奇的按低機頭查看，等他降低高度接近海面的時候，他看清楚那是什麼東西了。
他立即在無線電里叫道：“發現不明潛艇。發現不明潛艇。。。。。。。”還沒有等他說完，就看到四條雪白的航跡出現在海面上。
東方戰線 中途島戰役的結束（下）
在‘企業’號航母上的觀測哨稍後也發現了那四條雪白的魚雷航跡，他激動的大聲喊道：“左舷發現4條魚雷，距離8000英尺。”
在船長室裡面的‘企業’號航母艦長哈迪森上校聽到了觀測哨的報告，立即下令：“停止接收飛機，全速前進，左滿舵。”
由於此時已經是黃昏時分，在飛行甲板上的美國海軍航空軍官除了操縱探照燈發出停止降落的信號，並且向天空揮舞著手裡的螢光棒，要求在天空盤旋等待降落的飛機繼續盤旋，輪機艙里的水兵也在瘋狂的忙碌著。而航母巨大的舵則在操縱室里的水兵拼命操作下扭到了最大角度，‘企業’號航母瘋狂的在海面上劃出了一個大圓圈，試圖躲避那四條射來的魚雷。而航母上能夠的著這些魚雷的武器則拼命向魚雷開火，試圖在魚雷接近前就能擊毀它們。
當‘企業’號航母上的觀測哨看著那四條雪白的航跡快速向航母逼近，艦上的火炮發射的炮彈在水裡爆出一朵朵水花，他不知道‘企業’號航母能否躲過四條魚雷，不停在祈禱上帝，並在胸口劃著名十字。
上帝好像是站在美國人這邊，隨著航母的瘋狂左轉彎，四條魚雷航跡終於沒有命中‘企業’號航母，從‘企業’號航母的船尾射向遠方。
‘企業’號航母上的觀測哨看著那四條魚雷航跡射向遠方，一邊劃著名十字，一邊在嘴裡念叨：“讚美聖母瑪利亞。。。。。。。。”
還沒有等他念完，腳下的軍艦突然猛烈的一震。隨後就聽見了沉悶的爆炸聲從下面傳了上來。
這就是多蒙德的狡猾的地方，他先是使用了4條G7a蒸汽魚雷，這種魚雷設計比較簡單，採用蒸汽驅動單槳推進，最大航速為44節，射程6千米，最大缺陷是在航行過程中產生的大量氣泡形成的明顯尾跡，但多蒙德知道自己潛艇所占領的發射陣位並不好，距離美國航母相當遠，如果在這個距離上發射魚雷未必能擊中美國航母，但是靠近航母這個辦法也由於美國航母現在正在高速航行，憑藉自己潛艇在水下的速度是很難到達一個良好的魚雷發射陣位的。現在與其猶豫浪費時間還不如鋌而走險，因此他先發射了4條蒸汽魚雷，以吸引美國航母的注意力，他估計美國航母在發現魚雷後會全速前進並使用左滿舵來躲避他所發射的魚雷。因此他還裝了兩條G7e（III）改進型電動魚雷，此魚雷外形上和G7a區別不大，但動力裝置改為一台100馬力的電動機，魚雷尾部安裝兩個反向旋轉的螺旋槳進行推進。G7e魚雷沒有明顯的尾跡，在以30節航速航行時射程為7.5千米。向他推算美國航母在發現魚雷來襲，作出全速前進和左滿舵後的方位射了過去。
在魚雷發射結束後多蒙德上尉立即收起潛望鏡並發出命令：“航向轉向西北150度，潛深150米，潛艇雙車二分之一動力。”
‘企業’號航母艦長哈迪森上校也感覺到腳下的軍艦甲板劇烈的震動了一下，經驗豐富的他很快就察覺到那是魚雷的爆炸，看來水下的敵人發射的不止那4枚被躲過的魚雷，他很快就鎮定下來，拿起通話器發出命令：“我艦已被敵潛艇發射魚雷擊中，各部門報告損失。”然後要信號兵用燈光信號告訴周圍的護航驅逐艦，航母已經被敵人的潛艇發射的魚雷給命中，要求他們派出增援部隊協助航母進行損管作業，同時命令空中盤旋待降的飛機到‘大黃蜂’號航母上降落。