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6月1日，大雨停歇，但能見度依然很低，以至於日軍主力編隊被迫打破無線電靜默與油船聯絡，以便進行海上加油。這天，越來越多的跡象表明，美軍已經發現了日本部隊，至少是明顯感覺到日軍艦隊在向中途島移動。日軍無線電監聽發現當天從夏威夷發出的電訊明顯增加，在所截收到的一百八十份電報中有七十二份是急電，這已充分說明局勢異常緊張了。從沃特傑起飛的三架日本水上巡邏機，在沃特傑東北500海裏海域上空，與一架美軍‘PBY’水上飛機遭遇，並且互相用機槍射擊，這足已向日本人說明美軍中途島岸基飛機的巡邏半徑已延伸到了700海里，此外還在威克島以北和東北約500海里的地方都發現了美軍潛艇，這幾乎可以肯定，在中途島西南600海里處，美軍就部署了潛艇巡邏線。日軍唯一在戰前準確偵察到美國軍隊情況的是在中途島地區進行偵察的伊—168號潛艇發來的報告：“除在桑德島以南發現一艘警戒艦外，未發現其他艦艇；敵人似乎加強了對中途島南西方面的巡邏，巡邏距離大概為六百海里；看來敵人在實行嚴格的警戒，大批敵機晝夜二十四小時在實施防禦巡邏，島上還可看到有許多吊車，說明有些設施正在擴建中。”
機動編隊司令南雲海軍中將和山本一樣，一點都不了解美軍艦隊的動向。更為嚴重的是由於南雲旗艦‘赤城’號無線電接收能力有限，加之在航行中保持無線電靜默，南雲還不知道‘大和’號所接收到的很多重要情報，這些情報強烈顯示出美軍已經知道日軍艦隊正在向中途島移動，這正是南雲參謀長草鹿海軍少將所擔心的——草鹿在出發前曾再三請求“大和”號將一切重要無線電監聽情報及時轉發給‘赤城’號，但是山本顯然還希望出其不意，覺得應當繼續保持無線電靜默，因此沒有將這些重要情報通報給南雲，這就使南雲後來是在毫無防備的情況下遭到美軍攻擊。此刻，南雲對於即將開始的作戰也是憂心忡忡，因為自己受領的是雙重任務，既要以航母的艦載機壓制消滅中途島美軍的岸基航空兵，又要對付美軍艦隊的攻擊。儘管四艘航母上有艦載機266架，和一大批經驗豐富的精銳飛行員，但要同時擔當這兩項艱巨任務，這點兵力是有些拮据，用南雲自己的話說就是像一個獵人同時要追兩隻兔子！
東方戰線 蘇聯南部戰役的開始
美日海軍兵力還沒有部署到位的時候，德國潛艇已經悄悄運動到了根據德國大洋艦隊司令部給他們在海圖上劃定的潛伏海區。離美國太平洋艦隊第16和第17航母特混編隊會合的海區只有60多海里。
按照周天雷的命令，德國潛艇在到達潛伏海區後如果發現美國太平洋艦隊不要急於攻擊，如果日本觀察員敢幹擾潛艇指揮官的決心，就把他給扣起來。
在來此的路上，德國潛艇也發現了以中途島為基地出發進行巡邏的美國潛艇，但是德國潛艇一直採用白天的時候潛航，晚上的時候浮上海面開動柴油機為蓄電池充電並藉助天空上的星辰進行定位。
當發現美國潛艇的時候，德國聲納兵在耳機里聽見了螺旋槳划動水面的聲音，他立即仔細聽了起來，以確定那是不是海洋背景噪音。
但是他很快就發覺了那不是海洋背景噪音，而是艦艇的螺旋槳的聲音，不過還暫時無法對這螺旋槳的聲音定位。而且在這個海區活動的美日艦艇比較多，也不知道是哪一方的。因此聲納兵立即叫來了在艇長室的多蒙德海軍上尉。
多蒙德海軍上尉進入了指揮艙，他拿起聲納兵的耳機聽了一會，然後下達了命令：“全艇進入一級戰鬥狀態。”
在潛艇艇壁上的紅色警報燈不停閃動著，警報聲嗚嗚鳴叫，在休息的德國水兵和海軍軍官們迅速從休息的地方來到自己的戰位上。在人員到位後，立即將各艙的水密門給關上封閉好。
揉著眼睛的日本海軍觀察員鈴木海軍中尉也從分給他休息的艙室里出來到了指揮艙。他在看見了已經站在指揮艙里的多蒙德海軍上尉後問道：“發現什麼情況了？”
多蒙德海軍上尉回答道：“發現了一艘處在潛望鏡航行狀態的潛艇，在我們的左舷，航向西220度，航速10節。從螺旋槳聲音特徵判斷應是美國‘小鯊魚’級潛艇。它現在應該還沒有發現我們。”
隨即開始下達命令：“機艙，雙車動力五分之一。航向南150，潛深不變。”
鈴木海軍中尉問道：“它既然沒有發現我們，那我們為什麼不攻擊它？萬一它發現了我們就會向他們的司令部報告發現了我們的。”
“那現在把它擊沉不就是等於告訴美國人你們聯合艦隊已經推進到這裡了嗎？相信我們德國製造的潛艇，這艘美國潛艇決沒有發現我們的可能的。我們現在的深度夠深。”
一會後聲納兵告訴多蒙德海軍上尉：美國潛艇已經轉向了西北，開始離去了。多蒙德海軍上尉立即命令潛艇解除戰鬥狀態，恢復到原航向。
而在蘇聯的德蘇戰線上德國南方集群開始按照發動了沃羅涅日進攻戰，拉開了史達林格勒戰役的序幕。
根據新組建的德國陸軍總司令部制定的戰役計劃：
A集團軍群以克萊斯特第1裝甲集團軍為左翼，魯夫第17集團軍為右翼，分別從哈爾科夫南面和塔甘羅格北面向東和東南方向進攻，占領頓河下游的羅斯托夫，向高加索進軍。而在土耳其邊境待命的隆美爾集團大部分部隊則在表面上將會被派遣到埃及，以防備盟國部隊再一次將會在北非的登陸，實際上則是悄悄在土蘇邊境展開，在A集團軍群和蘇聯的外高加索方面軍交戰的時候，越過土蘇邊境，向蘇聯最大的油田巴庫前進。這個是不能讓蘇軍將它們給毀掉的。