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和井上正直一樣，德川家茂開始也是打死都不相信吳軍會以條約形式承諾保證他的日本土皇帝寶座，然而在聽取了井上正直轉述的吳軍答覆了，又仔細研究條約細節發現吳軍沒玩什麼花樣，不象是準備借著鎮壓尊王派的旗號吞併日本，德川家茂這才將信將疑的向在場的幕府眾臣問道：“清國的鎮南王，對我們日本的幕府真就這麼好？不但不想要我們的土地，還想幫我們幕府延續千秋萬代？”
沒有人敢給德川家茂打這個保票，但也沒有人開口反對接受吳超越的這份好意，再加上井上正直又如實交代了關於沙俄的事，讓德川家茂知道吳軍還幫著日本保全了領土島嶼，所以德川家茂猶豫了許久後，還是下定了決心，點頭說道：“好吧，簽吧，先過了這一關，以後的事，等以後再說。”
就這樣，雖然沙俄領事比羅夫斯基又悄悄找到日本幕府，極力慫恿日本幕府拒絕簽字，繼續和吳軍打下去，還承諾為日本幕府提供軍事援助。然而已經見識過沙俄貪婪胃口的德川家茂還是謝絕了比羅夫斯基的好意，第二天就讓井上正直在中日友好條約上簽了字，立即著手準備賠款的同時，也順帶著被動的與吳軍建立了鎮壓日本尊王攘夷派的準軍事同盟。
其實不要說是日本人和其他西方列強看不懂吳軍建立這一聯盟的目的，就連王孚和龔橙等吳軍文武都不明白吳超越為什麼要堅持建立這麼一個占不了任何便宜的準軍事同盟，只有穿越者吳超越才真正明白這一條約的重要性，也只有吳超越才明白自己這麼做的真正目的。
條約簽訂之後沒過多久，日本尊王攘夷派的激進代表長州藩就樹起了反旗，公然喊出推翻日本幕府的口號，並策動日本天皇下詔攘夷，廢除一切涉外條約，還直接出兵京都，試圖迎出日本天皇掌權。不甘心交出大權的日本幕府除了立即出兵鎮壓外，又嘗試著向吳軍派駐日本的大將李秀成求援，李秀成以兩條繳獲得來的日本蒸汽炮船為海上主力，立即出兵攻打目前叫做下關的長州藩軍事重鎮馬關城，一番激戰下來，守衛下關的長州藩大將高衫晉作被吳軍打死，前後受敵的長州藩被迫投降。
事後，吳軍又遵照條約約定，收到日本幕府的要求後就馬上退兵返回薩摩藩，日本幕府上下大喜，也是馬上按照約定支付吳軍軍費和陣亡將士的撫恤金，對吳軍敵意大減，好感大生。然後在一年不到的時間裡，吳軍又先後兩次出兵幫助日本幕府鎮壓倒幕派，殘酷屠殺無數試圖擺脫幕府統治的日本維新志士，日本倒幕派因此元氣大傷，和滿清朝廷一樣昏庸黑暗的日本幕府則得以苟延殘喘，繼續維持腐朽落後的封建統治，日本則陷入長年內耗混戰，倒幕維新永遠變成了一句空話，吳軍也因此永遠駐軍日本，永遠成為了勒在日本脖子上的一道絞索，讓日本的發展前途永遠看不到一絲光明。
這一點，才是吳超越的真正目的。
以後的事只能等以後再細說，還是回過頭來看吳軍與日本幕府正式締和之後的情況，條約簽訂後，元氣尚存的日本幕府很快就想方設法的籌集到了首筆賠款，按時支付給了吳軍遠征艦隊。結果也恰好是在同一天，留守薩摩藩的李秀成也派人送來喜訊，說是在薩摩藩軍民幫助下，已經成功抓獲了從伊敷別院逃走的薩摩藩國父島津久光。王孚聞報十分歡喜，開心笑道：“好，總算是把鎮南王交代的差使全部辦完了，這下子可以昂著頭回去了。”
“可惜沒能好好打幾仗。”好戰份子黃遠豹長吁短嘆，無比遺憾的說道：“虧我們還帶來了那麼多武器彈藥，居然連一次萬人規模的會戰都沒打，事情就已經完了。”
“行了，能這麼快把事情辦完，已經不錯了。”王孚微笑責備道：“難道你不知道，我們這一仗是向洋人借了外債才有錢打的？節約下來的武器彈藥，帶回去給鎮南王打亂黨、捻子和西北亂賊不是更好，何必一定要用在日本？”
急著和同胞大哥一樣當上軍團長的黃遠豹還是萬分遺憾，然而就在這個時候，負責諜報工作的湖北情報局隨軍官員張開平卻突然來到了王孚的面前，奏道：“稟王軍門，剛通過日本商船收到的未經證實消息，鎮南王已經派遣軍隊北上攻打山海關，準備發起收復東北的戰事。”
“收復東北？”王孚一楞，驚訝說道：“消息準不準確？現在已經是秋天了，這個時候出兵東北，對我們很不利啊？”
“消息無法證實。”張開平如實答道：“是日本函館港的日本商人，聽朝鮮商船說了這事，然後把這個事帶到了江戶，還用這件事當藉口，給他們販賣的毛皮漲價，正好被我派去江戶港探察情況的日本本地細作聽到，就報告到了我的面前。”
“假的吧？這樣的事，鎮南王怎麼會不告訴我們？”黃遠豹無比詫異的問道。
“鎮南王有必要把這事告訴我們嗎？”王孚盤算著說道：“我們遠在日本，與國內聯絡困難，出兵東北的事又和我們無關，鎮南王何必一定要專門知會我們？”
“但是這個時候出兵東北不合適啊？”黃遠豹還是覺得難以置信，說道：“馬上就是冬天了，我們南方兵在冬天裡打東北很吃虧啊？再說了，我們出兵的時候，我們的精銳主力不是在兩廣，就是在中原打捻子和膠東剿滅殘餘的亂黨，那能那麼快抽身出來打東北？鎮南王難道想用曾九帥和江忠濟的軍隊打東北？”