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與此同時，李秀成已經下令把自己能夠動用的機動預備隊全部調往神策門參戰，同時靠著城裡良好的道路交通，全城的太平軍都已經處於了戒備侯命的狀態。而吳軍方面因為事前準備嚴重不足的緣故，吳超越只能是匆匆親自率領三個營的兵力離開指揮部，又從錢威軍中調來兩千人，組織了三千五百人左右的兵力疾馳趕來神策門參戰；曹炎忠親自率領的六千軍隊也才離營出動，距離趕到神策門參戰起碼得花三個多小時時間；王孚和徐來率領的水師也沒來得及趕到下關登陸聽命，仍然還在機動途中。所以這一場大戰的勝負輸贏仍然還是一個未知數，太平軍也是仍然還有希望。
無所不能的天父把機會給足了他的信徒，一直在忠王府里指揮全局的李秀成也始終沒有喪失信心，然而就在這個關鍵得無法比擬的時刻，門外卻突然傳來急報，說是洪秀全突然派遣秦日綱率軍包圍了旱西門旁邊的東王府，還直接衝進了東王府里抓捕已經被軟禁多時的楊秀清。李秀成聞報大驚，趕緊問道：“確認是去抓東王九千歲嗎？有沒有說原因，為什麼要突然抓東王？”
“確認！”來報信的使者大力點頭，又說道：“我們在城裡控制街道的軍隊攔住燕王的軍隊時，燕王千歲親自出面要我們讓路，出示了天王萬歲的聖旨說去請東王九千歲到天王府見面，但沒說是什麼原因。”
李秀成氣惱拍額，旁邊的李書香則說道：“忠王千歲，這事不奇怪，東王府距離旱西門不遠，現在形勢又這麼危急，天王萬歲出于謹慎穩重考慮，暫時把東王九千歲請到天王府里關押，這點並不奇怪。”
“這我當然知道。”李秀成沒好氣的回答，又拍案恨道：“但這根本沒必要！擔心東王有異心，派幾十個靠得住的兵把他盯緊就行了，何必要這麼大張旗鼓的抓人？動搖軍心，打擊士氣，這事讓我們的將士知道了，肯定會有人覺得天京快要完了，所以天王萬歲得先把東王九千歲抓到手裡了！”
李書香嘆了口氣，也知道洪秀全突然決定抓捕楊秀清的事一旦在軍隊裡傳開，肯定會嚴重的打擊軍心，影響士氣。可是事情到了這步，李書香也只能是繼續安慰道：“忠王千歲放心，城裡已經戒嚴，市井消息傳遞困難，燕王千歲不管再是怎麼大張旗鼓的抓人，只要他別在東王府里點火放炮，也不會有太多的人知道。”
“點火放炮？！”李書香的安慰之語無意中提醒了李秀成一件大事，讓李秀成先是全身一震，然後趕緊下令道：“快，派人去聯絡燕王千歲！告訴他，他怎麼抓人拿人我不管，但千萬不能在東王府里放火！一定不能腦出太大動靜！”
“忠王千歲，沒這個必要吧？”李書香有些疑惑，說道：“燕王奉旨抓人，平白無故的燒東王的家幹什麼？”
“難說！”李秀成的臉色嚴峻，說道：“秦日綱那個人本來就有些二楞子，被關進天牢這麼多年，也是因為當初東王九千歲看他不順眼，打了個敗仗就故意整他，他懷恨在心這麼多年，現在好不容易逮到報仇的機會，什麼事都有可能幹得出來！”
言罷，李秀成再次催促，還是堅持派出了使者去和秦日綱聯繫，然而使者派出去沒過多久，噩耗卻搶先傳來——西北面的東王府那個方向，居然真的升起了火光！結果收到了這個消息後，脾氣還算溫和的李秀成也頓時變成了一頭暴怒的獅子，破口大罵道：“秦日綱，我丟你老母！現在都什麼時候了，你還給老子在城裡放火！你是嫌城裡的人心還不夠慌，軍心還不夠動搖？！”
當然，事後李秀成才知道自己冤枉了秦日綱——東王府里那把火不是秦日綱放的，而是楊秀清本人！聽到北面激戰正酣，又聽說秦日綱帶著軍隊衝進了自己的家裡，楊秀清在政治方面就是再幼稚也明白自己末日已至，為了不至於受刑被辱，所以仍然還有點英雄氣概的楊秀清便乾脆選擇了縱火自焚！只可惜楊秀清的動作稍微慢了點，火才剛燒起來就被秦日綱的兵揪出了起火的房間，沒有葬身火海，同時火勢也過大，秦日綱的兵撲救不及，所以才有了東王府起火的事。
究竟是誰放的火已經不重要了，重要的是軍心士氣確確實實被影響到了，聽到北面的槍炮聲一陣緊過一陣，又看到城中突然火起，南京南部的水西、聚寶和通濟等門沒有一處不是軍心惶惶，人心浮動，流言四起，再加上城外的吳軍各處營壘也紛紛進入了戰備狀態，斥候在南京各座城門處活動不斷，太平軍的士氣更是直線下墜，動搖者益發動搖，此前就已經和吳軍有秘密聯繫的太平軍叛將更是加緊聯繫心腹親黨，時刻準備著向吳軍投降，甚至準備對友軍倒戈相向。
相反的，因為距離遙遠的緣故，反倒是神策門這邊的太平軍沒有受到東王府火起的影響，同時因為方海宗、袁得厚和陳得才等太平軍機動部隊先後趕到神策門這邊參戰的緣故，神策門戰場上的太平軍士氣還得到了一定的鼓舞回升，很快就把吳建瀛和方有才兩股叛軍殺得抱頭鼠竄，狼狽逃入城內黑暗處，基本粉碎了吳軍再靠內應殺入城內的希望，也騰出了主要力量用來對付吳軍和勉強占據了一段城牆的劉玉林叛軍。
混戰中，神策門內門的左右兩處早已堆滿了屍體殘骸，然而吳軍和太平軍的將士依然還在甬道出口激戰不休，為了奪回甬道控制權，也為了不給吳軍進城的機會，太平軍將士前仆後繼，拿著各種各樣的冷熱兵器不斷衝鋒上前，與狹窄甬道里的吳軍將士做生死之搏，並靠著兵力方面的絕對優勢，活生生的拖死了相當不少的吳軍將士，多次逼得吳軍將士只能是靠投擲手雷緩解壓力，保護陣地空間，槍聲殺聲和爆炸聲始終不斷，一浪高過一浪，但太平軍將士的衝殺卻始終不停，絲毫不給吳軍任何站穩腳跟的機會。