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太平軍錯失機會，吳軍老將胡懷昭親自率領的直屬精銳營卻牢牢抓住了戰機，乘著城牆突然倒塌造成太平軍嚴重混亂的機會，胡懷昭的直屬營從缺口直接衝鋒入城，太平軍士卒雖有反擊阻攔也沒能擋住吳軍將士的腳步，而衝進城中之後，準備充足的胡懷昭直屬營連眼皮都不眨之下，稍微看清楚敵人所在的方向就是接連投擲苦味酸手雷，把企圖上來攔截的太平軍人群炸得是鬼哭狼嚎，死傷連連，同時迅速向城內推進，不計死傷的與太平軍爭奪城內陣地，就象一根鐵釘一樣，牢牢的扎進了南京城內部！
與此同時，此前被烈火攔住腳步的胡懷昭軍周安宇部也飛快退出了瓮城，東進到了距離不遠的城牆缺口處衝鋒入城，而太平軍雖然已經逐漸了恢復一定秩序，開始向著城牆缺口處投擲火藥火油，給吳軍造成了不少的傷亡，可周安宇所部營隊仍然還是冒煙突火，前仆後繼，接連沖入城內，補強吳軍的城內兵力，也幫著胡懷昭成功的拿下了一片不算小的城內陣地空間。
“上！上！衝上去，把妖兵趕出城！把妖兵全部趕出城！”
急紅了眼睛的李容發等太平軍將領瘋狂吼叫，逼著太平軍士卒反衝鋒上前，同樣知道情況危急的太平軍將士也個個奮勇，人人爭先，潮水一般的湧向吳軍陣地。可是沒辦法，吳軍精銳營的武器裝備優勢實在太大了，面對著太平軍將士的瘋狂反撲，吳軍胡懷昭和周安宇兩個精銳營的將士沉著迎戰，先是以擊針槍快速射擊對面之敵，盡最大可能在遠程戰中殺死殺傷敵人，接著又用苦味酸手雷攻擊逼近之敵，同時一些動作靈活的吳軍將士還直接打出擲彈筒，槍聲炮聲接連炸響間，太平軍士卒就象割麥子一樣的接連倒地，幾乎沒有任何機會集群逼近吳軍陣地，偶有幾個漏網之魚僥倖靠近，也被吳軍基層將領用左輪槍打翻，讓太平軍就是連想靠近吳軍打白刃戰都是難如登天。所以太平軍的反撲攻勢雖然猛烈，卻始終收效不大，相反還被吳軍的擊針槍打得死傷不斷，又被手雷擲彈筒炸得屍橫滿地，再怎麼勇猛衝鋒都是基本徒勞，相反還付出了十分慘重的傷亡代價。
在此期間，早就已經親自率軍來到了神策門外的吳超越始終按兵不動，一直沒有急著再向城內投入兵力，因為吳超越不知道胡懷昭已經拿下了多少陣地空間，擔心過早投入兵力會造成人群擁擠，收到適得其反的效果，同時吳超越也信得過自軍精銳營的戰鬥力，相信胡懷昭一定能守得住缺口道路。所以吳超越一直都表現得十分耐心，還是在此前登城成功的吳軍營隊求援後，吳超越才不緊不慢的派出了一個普通營，攜帶飛梯上前，增援同樣重要的城頭陣地。
老將胡懷昭沒讓吳超越失望，在他的沉著指揮下，八百多名首先殺入城內的吳軍將士就象中流砥柱一樣，牢牢的釘在了城牆缺口處，打退了太平軍一波接一波的衝鋒，守住陣地大量殲敵的同時，還偶爾能騰出手來增援西面的城上戰場，幫著此前奇蹟般登城成功的常亮營隊對付城上殘敵，也讓常亮營隊可以稍微騰出手來，接應援軍用飛梯登城，打得沉著勇敢，有條不紊，盡顯強軍風範。
終於，經過半個多小時的苦戰後，第二個營的吳軍終於蟻附上城，與此前上城的常亮所部聯手驅逐了神策門城上的太平軍殘敵，拿下了已經被燒成一片灰燼的城樓陣地，將張牙舞爪的吳軍大旗插上了吳超越曾經親手保衛過的神策門城頭！結果在望遠鏡中看到了這一情況後，李容發和方海宗等太平軍將領也紛紛陷入了絕望，都在心中慘叫道：“完了！神策門不可能守得住了！”
神策門是無論如何都守不住了，拿下城樓陣地後，吳軍不僅有了居高臨下的優勢，還徹底粉碎了太平軍重新堵上缺口的希望——缺口另一端的城牆頂端已經被吳軍控制，太平軍當然不可能再用土石沙包堵住缺口。所以吳軍再次派軍上城，徹底拿下神策門的控制權，實際上也就只剩下了時間問題。再所以李容發等太平軍將領也沒有了多餘選擇，除了絕望的逼迫軍隊繼續上前爭取創造奇蹟外，就只能是趕緊派人和李秀成聯繫，請求李秀成指示下一步的作戰計劃，是繼續打巷戰，負隅頑抗到底？還是趕緊棄城突圍，爭取逃命希望？
凌晨一點零八分，李容發的戰情報告和請示要求最先送到李秀成的面前，李秀成鐵青著臉盤算了大約半分鐘，然後才聲音嘶啞的吼道：“告訴李容發，死戰到底，沒有命令，不許後退一步！袁得厚、方海宗和陳得才那邊，也是一樣！”
言罷，李秀成又轉向了旁邊的李書香，語氣嚴肅的說道：“書香，接下來的全城指揮暫時交給你，記住，不管妖兵玩什麼花樣，對我們每一支軍隊的要求都是就地死守！絕不許後退半步！”
“忠王，你要去見天王萬歲？”
李書香猜到了李秀成暫時離開指揮部的原因，李秀成坦然點頭，沉聲說道：“如果我所料不差的話，妖兵即便拿下了神策門，也絕不會急著向城內推進。所以現在突圍突圍，我們還有希望，我去盡我的努力勸說天王萬歲棄城，事情到了這步，我就不信天王萬歲還會執迷不悟下去。”
李書香不再多問，只是點頭囑咐了一句讓李秀成小心，一直等在旁邊的李秀成大舅子宋永琪則乘機跳了出來，說道：“忠王千歲，我留在這裡沒什麼用，我和你一起去吧，在路上給你打點下手什麼的。”