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同時湖北水師將士還堅決執行了都興阿的毀船命令，在難造難建的拖罟大船面臨被敵人奪取的危險時刻，湖北將士堅持先用火藥引燃船艙然後逃生，一場大戰下來，僅有三條湖北拖罟船被太平軍奪取，徹底粉碎了太平軍以戰養戰奪船使用的美夢。
人員損失方面，參戰的六千多湖北水師傷亡超過兩千五百人，其中陣亡、失蹤和被俘超過一千六百人，損失的確相當巨大。然而太平軍那邊也付出了超過兩千人的傷亡，其中陣亡失蹤和上岸逃生被俘的士兵，又占到了一千三百餘人之多，損失並不比湖北水師輕到那裡。
這一戰能夠打得這麼慘烈有兩個原因，第一是韋俊的戰術失誤，貪圖湖北水師的船隻武器，火力準備不足，過早發起衝鋒展開近舷戰，結果正中了都興阿打算拼命的下懷。
第二則是湖北水師將士的勇猛頑強和高昂鬥志，都興阿麾下那幾個漢滿蒙將領混蛋歸混蛋，慫恿都興阿抗命不從該死歸該死，但是在戰場卻都不是孬種，不管是成天喜歡叫嚷喧囂的劉連升，還動不動就出餿主意的烏果，都帶著所部船隊拼到了最後一刻，沒有一個提前帶著船隊逃命。
激戰中，都興阿愛將歧壽在座船被苦味酸武器引燃的情況下，仍然還指揮座船沖向韋俊的旗艦，準備和太平軍的旗艦同歸於盡，雖然不幸中炮犧牲，卻也把太平軍的旗艦嚇得掉頭而逃。而類似的同歸於盡戰術，在戰場上還發生了不止一起兩起。
最後，再加上九江岸炮的無差別炮火覆蓋，湖北水師在戰場上還一度占據上風，打得太平軍水師一度難以招架，也讓岸上的吳軍曹炎忠兵團對都興阿所部水師刮目相看，還讓左宗棠也忍不住嘀咕了一句，“都興阿，混球歸混球，但還算是條漢子。”
湖北水師倒是雖敗猶榮了，韋俊卻在太平軍旗艦上罵開娘了，說什麼也沒想到湖北水師會拼得這麼凶這麼狠，即便明知道肯定要慘敗也照樣把自己拼了一個傷筋動骨，嚴重影響到了自己接下來與吳軍水師的真正決戰。
更讓韋俊吃驚的還在後面，九江大戰結束後才過去一天，在主將都興阿身負重傷的情況下，登岸逃生的湖北水師就在劉連升和鮑超等將的率領下傾巢出動，走瑞昌陸路趕往田家鎮去和吳軍水師會合——田家鎮那邊，正有無數的備用戰船等著他們去駕駛參戰。
而確認了這一消息後，韋俊在吃驚之餘也受到了一定啟發，趕緊召集麾下眾將召開會議，討論立即出兵去打田家鎮。結果太平軍眾將都對這點非常不解，紛紛向韋俊問道：“韋丞相，之前你不是一再說過，田家鎮那邊的地形水流都對我們十分不利，在那裡決戰我們把握不大，堅持主張在九江湖口和超越小妖決戰，這會怎麼又改了主意？”
“因為現在是超越小妖水師最脆弱的時候。”韋俊答道：“九江一戰，我們重創了清妖水師，雖然沒能成功殲滅清妖水師，讓他們的大部分水手登岸逃生，他們也馬上走陸路趕往了田家鎮繼續參戰。”
“但是在短時間內，清妖水師很難恢復元氣，不說走陸路速度比較慢，光是軍隊整編、人事調動和熟悉新船都對清妖水師喝一壺的。所以我們這個時候去田家鎮和超越小妖決戰，所面對的對手，實際上就是超越小妖的那五個營水師，再沒有其他對手，即便地形水流不利，也照樣有很大優勢。”
韋俊這話提醒了太平軍眾將，林啟榮第一個醒過味來，拍腿說道：“還是韋丞相看得深！不錯，田家鎮那裡的地形水流雖然對我們不利，可是吳妖水師只有五個營的兵力，無論兵力船隻都遠遠不及我們，正是我們乘虛而入的天賜良機。”
“但如果時間耽擱久了，那我們的麻煩就大了。”水師大將古隆賢也說道：“清妖水師上岸後馬上撤向了田家鎮，擺明了是想接手超越小妖從武昌省城帶來的備用戰船，駕駛新船和我們打下去。我們不抓緊時間兵進田家鎮，等清妖水手重新整編完畢，熟悉了新船新炮，我們再想突破田家鎮殲滅超越小妖的水師，就更是難如登天了！”
醒過味來的太平軍眾將紛紛附和，都改口贊同立即出兵田家鎮，惟有韋俊的副手鍾廷生提出了不同意見，警告道：“韋丞相，現在田家鎮那邊是只有超越小妖的五個營水師，水上力量我們是占絕對優勢，但是田家鎮那邊的守衛十分嚴密，光是攔江鐵索就有整整十條，還有無數的水雷和岸上的炮台，我們無法迅速突破超越小妖的鐵索防線，沒辦法和超越小妖打近舷戰，又怎麼能乘機殲滅超越小妖的水師？”
“這的確是個問題。”韋俊點頭，承認吳超越在田家鎮布置的鐵索防線的確很難突破，然後韋俊又說道：“不過我是這麼想的，我們的水師主力可以先開到武穴去，到了那裡如果有辦法迅速突破鐵索防線就打，沒機會就撤，反正我們的後方已經沒有任何威脅，用不著擔心被清妖斷了後路。”
鍾廷生點頭，不再反對，然後韋俊當場敲定出兵方案，在水師主力已經遭受一定損失的情況下立即著手備戰，又在第二天就親自率領著水師主力大舉西進，沿著長江航道長驅直進，並藉助春夏之交的東南大風推進得極快，只用了一天多點時間就趕到了武穴一帶，很小心的在水緩處結起水上營寨，不給陸上兇悍的吳軍陸師以任何偷襲機會。而與此同時，搶先一天出發的湖北水師將士，才剛剛越過跑馬山沒走多遠，還沒進入湖北省境。