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羅馬教會和法蘭克人的合作在公元九世紀達到了頂峰。
在此之前，像東方的君士坦丁堡教會一樣，羅馬教皇和羅馬教會的地位（至少在名義上）是從屬於羅馬帝國的唯一繼承人，即東羅馬皇帝的。
教皇和君士坦丁堡大主教被認為是上帝在人間的宗教事務代表，而羅馬（東羅馬）皇帝是上帝在人間的世俗事務代表。基督教會和人民都認為，世界上只有一個皇帝，即羅馬皇帝。
797年君士坦丁六世被廢，以及其母親伊琳娜皇太后自立為羅馬女皇（797年-802年在位），使得羅馬教會有理由拒絕承認君士坦丁堡統治者的最高權威。
羅馬教會宣稱，羅馬皇帝的名義在希臘人（即拜占庭人）中已經不存在了，因此羅馬教皇、所有的主教、法蘭克元老元和羅馬城的所有長老經過商議，決定把法蘭克國王加冕為皇帝，使羅馬帝國永遠傳承下去。
800年，教皇利奧三世將查理曼大帝加冕為「受上帝委託統治羅馬帝國的偉大皇帝奧古斯都陛下」，查理帝國誕生。
936年，奧托一世被加冕為德意志國王。962年，奧托第二次舉行加冕禮。教皇約翰十二世在羅馬城為他加冕，授予他「皇帝」稱號，由此開創了神聖羅馬帝國之始。
但是，因為東羅馬帝國的皇統並未就此中斷，所以此後基督教世界出現了兩個並立的最高統治者，一個在君士坦丁堡，一個在羅馬。
他們並不像過去的東西羅馬帝國皇帝那樣和平並立，而是彼此指責對方是僭越者，宣布自己是唯一真正而合法的基督教會和人民的領袖。
從這一點來說，利奧三世通過為查理曼大帝加冕，使羅馬教會（及其領地）擺脫了臣服於東羅馬皇帝的從屬地位。從此之後，羅馬教皇成為西方基督教世界的最高宗教領袖。
羅馬教皇國就是通過這種與強者的聯合，脫離了君士坦丁堡的控制，成為了一方豪強，同時成為了宗教領袖。
從思齊三世至若望十二世在位時期，羅馬城貴族中的幾個婦女通過成為教皇情婦而掌握了教廷大權，她們的兒子，以及兒子的兒子，都被立為教皇（比如教皇思齊三世與其情婦瑪爾西亞所生的兒子若望十一世和孫子若望十二世）。
十世紀的這段時期因此被稱為「淫婦政治」時期。在這段時期里，教皇的政令只能在羅馬城周邊地區施行。其次，教皇國延續了倫巴底王國的封建體系，在教皇的領地上有許多伯爵和侯爵的封建采邑，他們都是幾近獨立狀態的領主。
神聖羅馬帝國與羅馬教皇國一個控制了歐洲大部分區域，一個控制了義大利半島區域。
在此後的兩個世紀中，教皇國和神聖羅馬帝國仍然時不時地發生摩擦。
每當神聖羅馬帝國皇帝想將其權力施展到義大利時，就要和教廷及教皇國發生衝突。
十三世紀的鬥爭在霍亨斯陶芬王朝絕嗣後，神聖羅馬皇帝才不再隨意插手教廷事務，教皇國與神聖羅馬帝國進入相安無事的狀態。到十四世紀初，教皇國像其他義大利邦國一樣，已經成為完全獨立的國家。
在十四世紀，特別是亞歷山大三世和尤利烏斯二世這二位教皇統治時期，教皇國的領土再度獲得大幅擴充，並成為義大利最重要的政治力量之一。
但是，教皇對其大多數領地的統治仍是有名無實的，教皇國各個城邦的真正主子仍是當地的王子、貴族。
也就是說教皇國只有名譽統治權，並沒有實際統治權。
但是，歷任教皇利用自己的情婦，私生子，開始大肆擴充自己的勢力。
這種矛盾在一百年前達到了頂峰，教皇國不得人心，神聖羅馬帝國也不能忍受教皇國的荒淫，腐化，將教廷從羅馬遷移到了法國的阿維尼翁。
從1305年到1378年，教廷遷到了法國西南的阿維尼翁，教皇成為法國國王的政治附庸。
儘管如此，位於義大利的教皇國仍然是教皇名下的領地，而且阿維尼翁城及其周圍地區也成了教皇國的一部分。
神聖羅馬帝國一直不是一個國家，而是一個鬆散的聯盟。他們控制的區域雖然大，但是並沒有一個集權政府，只是依靠領導人的魅力在管制。
當皇帝英明的時候，他們的權力就大一些，皇帝昏庸的時候，命令甚至出不了城市。
這樣一個國家，連個首都都沒有，皇帝是七大帝選侯選舉出來的，這也導致了政治局面的複雜性。
朱瞻基在研究了歐洲的歷史之後，至今都不能清楚地看清這幾百年的複雜的脈絡，很有一點東方在周室衰落時期的混亂。
幾十年前，神聖羅馬帝國很長一段時間沒有了皇帝，加上黑死病的蔓延神聖羅馬帝國人人自危，教廷才借著這個機會又回到了羅馬。
如今的義大利北部，包括倫巴第，熱那亞都屬於是神聖羅馬帝國的疆域，一直到佛羅倫斯。
羅馬教皇國只是占據了羅馬到博洛尼亞，聖馬利諾一塊狹長區域，在他們的南方，如今的那不勒斯，西西里，被阿拉貢王國占據。
雖然他們掌握了神權，但是在世俗權力上，不值一提。
大明艦隊的雄武，根本不是他們能挑釁的，他們也沒有膽子來挑釁大明。
但是他們絕對不會容忍大明艦隊將地中海當做自己家的後花園一樣遊蕩。大明蔑視神權，甚至神權是由王權來冊封，這就相當於來挖他們的根基，他們絕對不會容忍這一點。