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相關戰報送到沈從雲的桌面上是，沈從雲在上面批示：「趙有廉對屬下的生命不負責，不足以在這個位置上繼續呆下去了。齊成功帶兵有方，臨危不亂。新軍接二連三的出現不同程度的輕敵問題，望引起各部足夠的重視！」
這樣一句簡單的批示後面，蘊藏的意思在新軍之中造成的結果是震動的。第二天趙有廉就被軍統局請去喝茶，然後直接進了單間住了半個月才出來，下放到第一團當團長。齊成功在衝鋒的過程中，大腿上中了一槍，連夜被送回濟南的後方醫院治療。
接下來餘震親自給沈從雲打了一封電報稱：「職部用人不當，請求處分。」沈從雲回電道：「處分不解決任何問題，親自到第一師去坐鎮吧。」餘震立刻交出了前敵總指揮的權利，到第一師去蹲點，劉永福接替餘震代理總指揮一職。
這一次戰鬥，似乎從另一個側面再次的確立了沈從雲一手締造的南洋新軍不可戰勝的神話。作為新軍的創始人，沈從雲則是在連續的幾天內，顯得多少有點焦慮不安。隨著北伐戰鬥的打響和深入，新軍之中的派系問題，逐漸的顯示出了一個輪廓。
縱觀中國歷史，黨爭最嚴重的時候，往往是一個朝代從繁榮走到衰敗的前兆。很明顯沈從雲意識到這個問題之後，首先要考慮的是如何平衡這個問題。這個時候，沈從雲才發現，如果楊度在身邊，肯定會告訴沈從雲該怎麼用帝王的那一套來解決這個問題。
齊成功住進濟南醫院的第二天早晨，看見了一臉怒色的沈從雲出現在自己的面前。齊成功努力的支撐著拐杖站起來，給沈從雲行了個軍禮。
「你好本事啊！身為一團的指揮官，親自帶頭衝鋒。你這麼喜歡拼刺刀，直接去當大頭兵好了，還要去讀什麼軍校，做什麼軍官？」沈從雲的怒罵，說的齊成功低著腦袋不說話。
沈從雲哼哼兩聲，最後低聲道：「好好養傷，然後給我收拾行李滾蛋！……。」
齊成功頓時大急，丟開拐杖抓住沈從雲的手道：「校長，您可不能不要我了。」
沈從雲被打斷說話後，又氣又好笑的怒道：「我是讓你道德國去讀書，不是讓你離開軍隊。」大凡沈從雲新軍之中的軍官，只要被送去德國進修，往往意味著飛黃騰達的開始。這幾乎成了沈從雲要重用一個人的信號。
……
北京城裡徹底亂了起來了，新軍在攻打下長辛店後通州兩個門戶後，可以說一腳已經踏進了北京城的門口。
北京城裡那些平日只知道鬥雞走馬的八旗子弟們，凡是能上戰場的，都穿上了祖輩留下的盔甲，打開多年塵封的倉庫，弓箭、抬槍、刀劍之類的武器分發下去。聯想到歷史上八國聯軍打北京的時候，八旗子弟就是用這些個武器重創了進攻的聯軍時，沈從雲不免會發出一聲苦笑意味的嘆息，很難說明白當時的心境是慶幸還是悲哀。
「求求您了！帶我走吧！」跪在慈禧面前的珍妃已經哭成了一個淚人，可惜慈禧的臉上沒有看見任何的表情變化，一直陰沉著。
「亂臣賊子進京已成定局，此去路途不便帶著你，為了皇家的威嚴和體面無有失去之虞，哀家賜你一死。」慈禧陰森森的話從牙縫裡擠了出來，一抬眼看了看太監崔玉貴，崔玉貴一個手勢，兩個小太監沖了上來，一左一右的架起珍妃。
「噗通！」一朵水花翻騰起來的瞬間，井蓋被蓋上，珍妃呼救的喊聲漸漸的暗弱下來，一直到一點動靜都沒有了，守在井邊的崔玉貴才回到慈禧那裡默默的跪著，低著腦袋低聲道：「太后，完事了。」
慈禧輕輕的哼了一聲道：「通知榮祿，立刻上路吧。」
由一標士兵護送著，慈禧、光緒、奕劻、奕譞等清皇室的主要成員還有一干軍機大臣，倉皇出了北京城，奔宣化而去。
德國使館內，得知慈禧已經出了北京城，李鴻章長長的出了一口氣，渾濁的眼珠子一動不動，身子微微的顫抖了一陣，一聲嘆息歸於平靜。
「老夫回去做個富家翁吧。杏蓀，你要願意，就去幫著沈從雲吧，好歹你們之間交情擺在那的，至於蓮房，……。」李鴻章說著看看楊士驤和張佩倫，兩人一起堅定的搖頭，李鴻章又是一聲嘆息道：「可惜了！」
黃昏時分，第二、第三兩個師的先頭部隊已經抵達北京城下，北京城浸泡在落日的餘暉中，仿佛泡在血中。
咚咚咚！零星的炮聲落在城牆上，激起陣陣煙火，北京城內天還沒黑，大街上滿是慌亂急切的逃難人群，這些人以前在京城裡，都是一些能夠橫著走的主，也就是說，都是在旗的，正兒八經的滿人。
「什麼？連夜進攻？」
「對，就當是一次夜戰演練吧！」劉永福堅定的重複了一遍作戰命令後，劉永全和蔣怡鼎多少有點意外，但是都非常堅決的立正道：「遵命！」
「記住了，進城之後，一定要保持軍紀，但凡發現有趁機打劫的，一律就地正法，這是軍座親自來電重點要求的。」
「又是政訓部那些人？哼哼！」劉永全多少有點不滿的哼哼了兩句，劉永福眼睛一瞪道：「哪來那麼多廢話，都給我閉嘴。政訓部很快就要分出一個軍法處來，作為單獨的機構存在於軍隊之中，直屬總參。」
直屬總參，其實就是直屬沈從雲，不過表面說的不一樣罷了。不過，劉永福說出這個消息來，還是透露了一個信息，政訓部、軍統局、軍法處的單獨存在，意味著沈從雲在逐步的調整那些特權部門。尤其是沈從雲私下裡多次強調過，政訓部、軍統軍絕對不能干涉正常的軍隊行動。