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不久後，甄隨擊破應詹，遣歸蠻兵，亦向武昌而來，得訊大怒，說：「陸衍好不濟事，這般坐守之寇，竟然都拿不下嗎？」即命士卒砍木做筏，堆滿柴草，點燃了一大片一大片地往武昌附近江面上漂去，然而王敦嚴加戒備，亦使火筏不能建功。中游的戰事，就此陷入膠著狀態。
然而此時，陶侃已率船隊逼近了建康，沈充拼死來拒，但船數既寡，又當下游，根本就抵擋不住。最終他被迫乘坐小船，東逃到丹徒上岸，隨即領著數十家兵，逃回老家吳興去了。
剩下鄧岳獨木難支，被陶侃水師封鎖江面，先破白鷺洲，復壓縮於石頭城內。隨即水師便一船一船地，把江北華軍陸續送抵了南岸。
消息傳來，庾亮還欲奉司馬睿南逃吳興，往依沈充，但司馬睿卻說：「大勢已去，何必再讓孤受此顛簸奔躥之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居豈是可信之人？！」正好華朝的勸降使節也到了，正是那位當年從建康狼狽逃躥出去的劉隗劉大連，他拍著胸脯保證，絕不會傷害司馬睿一家，司馬睿乃道：「大連我故吏也，絕不肯欺我。」就此肉袒自縛，領著王導、周顗等人出降了。
庾亮本不願相從，還打算孤身落跑，劉隗派人去安慰他，說：「元規昔日寬縱之德，令弟稚恭已明告於我，則我必有報元規，不使罹罪——然元規若走，吾無能為力矣。」庾亮這才跟隨在司馬睿、王導身後，同往華營而去。
陶侃棄舟登岸，旋即出迎，親解司馬睿之縛，說：「微大王，臣無今日；且大王雖然拒江抗命，實為宵小所挾，非本意也。」司馬睿流涕道：「吾實感念陶公厚恩……」
他也明白，倘若華軍主將不是陶侃，而是那票北人——尤其是出身低微，從前不識其名，跟著裴該才得榮顯的北方將領——多半一登岸就會直接殺入建康城，而不會先派劉大連來勸降了。
陶侃言及「宵小」之時，王導、庾亮等皆不敢抬頭，且面有愧色。隨即陶侃左右望望，問：「吳興王（司馬充）既在，何不見太妃啊？」不等司馬睿回答，他急忙又道：「也是，吾當親往拜謁太妃。」
臨行前商議如何處置江南諸人，裴該的意思很明確：「南人任卿所為，北人皆當送歸洛陽，由朕處置。」他不打算多所屠戮，尤其王導等人勉強也算可以受任郡縣的人才了，殺之可惜；則僑客只要全都押歸中原，而又不許歸籍，別擇地方安置，就等於掘了他們的根啦，還能夠再形成一大勢力，從而影響到國計民生嗎？
從此天下，唯有太原王，而再無琅琊王也。
至於南人，主要指的是江南豪族，那根兒就不怎麼好掘了，只能先阻止他們奪占僑客北歸之後空出來的土地，再設謀徐徐削弱之。倘若過於苛待南人，恐怕會引發江南地區的局面長期不得穩定，甚至於南北之間的仇恨——你光顧著老百姓沒用啊，老百姓太容易被地方豪族所裹挾了。
然而陶士行本身就是南人，則他不管是出於公心也好，為報私仇也罷，想要挑一些豪族出來顯戮以立威，裴該是樂見其事的。
此外，裴該特意關照陶侃，說：「絕不可傷及朕姑母，當奉其還洛，與朕相會。」
所以陶侃在受降之後，領兵進入建康城，就第一時間跑去吳興王府別院，拜謁太妃裴氏。裴氏命裴仁出來擋駕，說：「晉已亡，則吾唯一老婦而已，豈能克當陶公之拜啊？」陶侃請裴仁轉述其言，說：「夫人為天子姑母，天子無日不思念夫人，乃至垂泣，於其孝心，臣等亦感同身受。天子有命，請夫人過江，赴洛相會，夫人勿辭。」
裴氏回復道：「我司馬家婦人，不應再歸父族。」
陶侃則說：「今司馬家人，皆當入檻而押赴洛陽，司馬沖亦不能外。夫人若歸父族，臣當備華車，恭送夫人祖孫，歸與天子相見；若仍自居司馬家婦人，則請交出司馬衝來。」他不敢說你也應該以俘虜和罪人家眷的身份北歸，只是一口咬定了司馬沖。
裴氏至此，才終於不再矯情了，於是召陶侃入見，隨便對答幾句，並且希望陶侃於路善待司馬睿等人。陶侃應諾後，便即備下車乘，派劉隗、劉遐押送建康諸人北上。
當然啦，他沒把司馬睿乃至王導、庾亮等人全都塞進檻車裡去，只是各家子弟、眷屬，乃至奴婢，好幾千人一併啟程上道，難免哭號灑淚，聽著也挺讓人鼻子發酸的。司馬睿在車中哭道：「是吾不德，乃至僚屬如此，吾豈能再安居車中啊？」執意要出來，跟旁人一起步行，卻被劉遐質問他：「閣下不願坐車中，乃欲尋機逃亡麼？」司馬睿這才不敢再多事了。
事先陶侃便請司馬睿寫下敕書，命鄧岳、王敦等人放下武器。鄧伯山得敕後，放聲大哭，但也只得打開石頭城，率部出降。再數日，敕書入於武昌，王處仲仰藥自盡，錢鳳、何充等降於甄隨。
甄隨接受了何充的投降，同樣將其並家眷等一起押送洛陽，但根據陶侃的命令，當即將錢鳳於軍前處斬——因為據說，王敦之所以抗拒王師，就全都是這個錢鳳挑唆的。當然啦，王敦自有主意，僅僅錢鳳一人，是不可能搖其心志的，可誰叫錢鳳最受其寵信，又曾經殺刁協而逐劉隗呢？劉大連在出征前就懇求過裴該，說：「臣從定江南，無他願，唯請族錢鳳、沈充。」
裴該當時的回覆是：「婦孺無罪，而何言『族』啊？唯彼二賊之頭，朕必為卿取下，以告慰刁玄亮在天之靈。」