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康熙六十年（1721年）十月，靠近四川、甘肅的青海轄境索羅木發生郭羅克（今果洛藏族自治州）上中下三部落反清叛亂，岳鍾琪奉旨率師征討，督ǎ sī、雜谷等地土司所轄土兵，從松藩發兵征討。由於郭羅克一帶多山地深澗，不便馬乘奔馳，岳鍾琪命改馬騎為步行，先攻打下郭羅克諸寨。
下郭羅克以數千之敵據險抵擋清兵，被清兵擊敗，攻取下郭羅克所屬吉宜卡等石碉二十一寨。岳鍾琪命部隊乘勝出擊，再攻中郭羅克，經過一天激戰，連取中郭羅克所屬納務等大小寨堡十九座，殲敵三百餘，抓獲叛軍首領酸他爾奔等。
清軍士氣越旺，揮師再圍上郭羅克六寨，叛頭目坦增臨陣歸降，擒獲假磕等二十二名叛軍首領。於是，郭羅克上中下三部落盡皆平定。這次戰役岳鍾琪採用以番攻番、以步代騎、速戰速決的戰術，連戰連克，僅用了七十多天大獲全勝。捷報到京城，康熙帝高興之極，授岳鍾琪騎都尉世職。
康熙六十一年（1722年），岳鍾琪討平羊峒番，於其地設南坪營（今四川九寨溝縣）。
雍正元年（1723年），青海蒙古族和碩特部台吉羅卜藏丹津糾集吹克諾木齊、阿爾布坦溫布、藏巴扎布等大小台吉，聚兵十餘萬人，屢犯西北邊陲重鎮西寧，劫持了親王察爾罕丹津，並且扣留並殺害朝廷派去調和的欽差大臣。
清廷聞報震怒，雍正帝下旨，授川陝總督年羹堯為撫遠大將軍，四川提督岳鍾琪為征西副將軍、參贊大臣，揮師西征。岳鍾琪於雍正元年（1723年）十一月三日親率六千精銳部隊從松藩出發，取道甘南直撲青海。沿途之上凡遇順從者招撫，抵抗者剿滅。
十二月初十，駐紮歸德堡（今陝西榆林），撫定上寺東策卜、下寺東策卜諸番部。岳鍾琪命令部隊連夜出城，直撲敦策卜。不到半天時間，攻破堡寨二十七處，殲敵數千人。呈庫、果密、和爾嘉、沙密等部落（今青海共和、興海一帶）在恐慌中糾集流散武裝，占據大石山堅守。岳鍾琪率部趕往大石山隘，叛軍見清軍到來，便群聲吶喊，阻擋清軍。岳鍾琪佯裝撤退，待到夜幕降臨，岳家軍悄悄拔營出發，分左中右三路殺回大石山。左右兩翼攻取山頭寨堡，中路斷其退路。
雍正二年（1724年），岳鍾琪授奮威將軍。年羹堯部初到西寧，立足未穩，西寧城便被羅卜藏丹津的主力圍了個水泄不通，反覆猛攻。敵眾我寡，形勢危急。
二月二十六日，岳鍾琪六千鐵騎趕到西寧城外，見羅卜藏丹津正在攻城，便指揮大軍沖向敵陣，直殺得羅卜藏丹津兵馬暈頭轉向，丟盔卸甲。年羹堯在城樓上見岳鍾琪率部殺到，便急命城中清軍傾數殺出，將羅卜藏丹津人馬團團圍住，又是一陣兇猛衝殺。不到兩個時辰，清軍大勝，藏軍萬餘人馬全軍戰死或投降。羅卜藏丹津僅率百十騎敗逃。
儘管西征以來取得了不曉得戰績，但是羅卜藏丹津及其主力還駐守額穆納布隆吉爾，另有阿爾布坦溫布、吹拉木克諾木齊等大首領屯守在通往額穆納布隆吉爾的各關隘要寨，總兵力不下十萬。年羹堯命令岳鍾琪統步騎一萬七千人，操練備戰，明年四月青草發芽時出征，與羅卜藏丹津主力決一勝負。
岳鍾琪認為，待來年開春進兵很為不妥，應當抓住戰機，乘勝進兵。年羹堯將這一計策上疏朝廷。雍正帝非常欣賞岳鍾琪的作戰方案，便下旨年羹堯按岳鍾琪的計策行事，並授封岳鍾琪「奮威將軍」。
雍正二年（1724年）二月初八，岳鍾琪率精兵五千，良馬一萬，分三路悄然離開西寧城，向羅卜藏丹津駐地額穆納布隆吉爾進發。清軍拍馬沖向氈包，砍毀營帳，驅散馬匹，圍殲藏兵，不多一會便大獲全勝，僥倖活下來的藏軍四散逃命。岳鍾琪命令部隊人不下鞍，馬不停蹄，晝夜兼行，趕往伊克喀爾吉。
岳鍾琪勒兵前進，迅速包圍了伊克喀爾吉寨堡，搶占了周圍的山頭，鼓號振響，催馬沖向敵營。經過一番激戰，攻破敵寨，捕獲阿爾布坦溫布和他的妻子長馬兒、青黃台吉兄弟兩人，吉吉扎布台吉等。岳鍾琪指揮清兵乘勝出擊，又接連攻下噶斯、次布爾哈兩處敵營。
岳家軍趕到哈達河畔，清軍飛馬突襲，殲滅了南岸藏軍。岳鍾琪見河水並不太深，便命人馬囚渡哈達河，經過半日激戰，殲敵千餘，拿下北岸。吹喇克諾木齊攜其妻奔吉卜、其弟端多木札什、台吉札布希端多布等五十多名大小頭領及余敵向西倉皇逃竄。羅卜藏丹津率額爾德尼、藏巴札布、格爾格竹囊、額爾克代慶、庫勒等五位大台吉，攜眾數萬人逃往烏蘭木呼兒，距此地一百五六十里。
岳鍾琪命令部隊待夜幕降臨，直撲烏蘭木呼兒。次日黎明，岳家軍抵烏蘭木呼兒，圍殲擊潰叛軍主力，活捉了羅卜藏丹津之母阿爾太哈屯、mèi mèi阿寶等叛軍酋領眷屬和其它台吉。羅卜藏丹津改妝逃走。
岳鍾琪成功收復被叛軍占領的青海地區六十萬平方華里的領土，雍正帝大喜，封岳鍾琪太子太保，三等威信公，授兼甘肅提督。雍正還覺未盡興意，御筆題寫五言律詩二首，又拿過金扇一柄，再題七言律詩一首，並黃帶一副，賜給此戰的頭號功臣岳鍾琪。
雍正二年（1724年）四月，岳鍾琪率部剿滅羅卜藏丹津之後，留守西寧，處理軍務。不久，逃竄至甘肅莊浪衛（今甘肅蘭州永登一帶）大山中的叛軍餘黨又重振旗鼓，企圖東山再起，與清廷繼續周旋。朝廷命岳鍾琪統兵三萬，兵分十路，出青海，翻祁連，向甘肅莊浪進發。