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五月初二，孫可望到達北京。清廷命和碩簡親王濟度、和碩安親王岳樂帶領大批高官顯爵出城迎接，場面相當隆重。
次日，順治親自在太和殿接見孫可望。十天之內，皇帝賜宴就達三次，賜銀兩次共—萬二千兩，另外賜給府第、解袍、朝衣、緞匹等，孫可望成了清廷紅極一時的人物。
孫可望降清，出賣西南軍情虛實，使李定國和西南抗清武裝最後失利。
清廷封他為義王。公元１６５８年（永曆十二年、順治十五年）七月，孫可望得知失散十多年的弟弟孫可升在上海的消息，喜不自勝。
他忙向清廷打報告，要求清政府用公家驛傳把他那個當小兵的窮弟弟一家運來北京與自己團驟。
殊不料，這麼一個微渺的請求，引來清廷御史一陣猛轟。參劾他的疏奏有理有據：「（孫可望）始以張獻忠養子荼毒蜀楚，神人共憤。繼而稱兵犯順，逆我顏行。迨眾叛親離，計無復之，方率數百疲敝之卒，亡命來歸……」御史又稱，孫可望之弟只是一個食糧兵丁，白身無官，這樣的人，怎敢冒用妄用國家驛傳？
看到劾奏後，孫可望五雷轟頂，趕忙上疏謝罪。兔死狗烹公元１６５９年（永曆十三年、順治十六年）閏三月，有人揭發孫可望放債取利等事。
順治皇帝雖然明知這種事情在滿洲八旗中本是習以為常的現象，卻不願放過這個機會進一步貶損孫可望的政治地位。
他派內閣學士馬邇吉來到孫可望的住宅宣讀諭旨，先訓斥一番，然後宣布寬假其罪。
孫可望於驚懼之餘，連忙上奏本解釋自己放債的經過，並接著向順治皇帝搖尾乞憐。
此後，孫可望的處境益發難堪了，正如古語所說
「神龍失勢，與蚯蚓同」。公元１６６０年（萬曆十四年、順治十七年）六月，孫可望被迫上疏請求辭去義王封爵和冊印。
這時，南明永曆皇帝雖然已經逃入緬甸，西南大勢已定，但以李定國為首的明軍殘部仍在邊境地區堅持鬥爭。
清廷認為把孫可望虛有其名的義王封號撤掉並不符合當時的策略，因此，順治皇帝特地發布了一件措辭大有講究的聖旨。
公元１６６０年（萬曆十四年、順治十七年）１１月２０日，孫可望死了。
官方的說法是病死，真相如何頗有疑義。清初史家就說孫可望是
「隨出獵被射死」；或者說
「封為義王，尋被酖」。公元１６６７年（康熙八年），清廷派刑部尚書明珠等前往福建，會同靖南王耿繼茂、總督祖澤沛合議招撫據守台灣的鄭經。
鄭經回信中不無諷刺地說：「貴朝寬仁無比，遠者不問，以所聞見之事如方國安、孫可望，豈非竭誠貴朝者，今皆安在？往事可鑑，足為寒心。」可見，孫可望之死並非善終在當時一定流傳得很廣。
孫可望死後，清廷賜諡恪順，
「祭葬加隆」；同時命其子孫征淇襲封義王。幾個月後孫征淇病死，弟征淳承襲。
公元１６６１年（萬曆十五年、順治十八年），吳三桂等領兵進入緬甸，永曆帝被俘回昆明縊殺。
次年康熙改元，李定國也病歿於邊境。孫可望家族已經沒有多大利用價值了，清廷的
「恩典」也就逐步降格。公元１６６６年（康熙七年）朝廷下令將義王孫征淳的年俸由五千兩減為三千兩。
十一年，孫征淳病死，其弟孫征灝請求襲封。經議政王、大臣會議，降封為慕義公。
孫征灝死後，其子孫宏相再降襲一等輕車都尉。公元１７７１年（乾隆三十六年）六月，清廷終於決定：「孫可望子孫所有世職，嗣後不必承襲。」從此，孫可望家族在政治舞台上消失了最後的痕跡。
人物評價出賣南明永曆朝的孫可望之作用不亞於鄭芝龍。孫可望兵敗交水（今霑益）後，於是徹底拋棄大西軍的抗清事業，十月，僅率二十幾員將領及數百名兵卒赴長沙降清。
他盡吐永曆朝虛實，
「以雪望深仇」，並奏請發兵進取西南，願
「偕諸將進討」，以
「效奉國初心」。由於孫可望的叛賣，永曆朝的底細全部暴露，而最終被清朝消滅。
軼事典故十八先生之獄公元１６５２年（永曆六年，順治九年），孫可望迎永明王朱由榔（即永曆帝）入貴州安隆所，改安隆所為安龍府。
此為永明入安龍之始。公元１６５１年（永曆四年、順治八年）三月初六，南明將領孫可望殺害了明桂王朝廷的１８個大臣，史稱
「十八先生之獄」。
「十八先生之獄」這一事件還得從公元１６５２年（永曆六年，順治九年）冬說起。
孫可望派人把永曆皇帝朱由榔接到他自己的勢力範圍——貴州安隆所，改名安龍府，作為南明的行在，以達到挾天子以令諸侯之目的。
孫可望在貴陽設立了內閣六部，建立太廟和社稷，制訂朝儀。他名義上是建立南明永曆王朝的秩序，實質上是為將來的篡位做準備。
公元１６５４年（永曆八年、順治十一年）初，永曆皇帝懾於孫可望的威逼，在大學士吳貞毓等人的支持下，秘密寫信給出征在外的李定國，請求回來護駕。
這個消息被宦官馬吉祥報告給孫可望，他在盛怒之下，嚴刑拷掠諸臣，並脅迫永曆帝下詔處死吳貞毓等１８位大臣。