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鑑於甘肅一帶回民習武成風，而從文應試者很少，福康安為朝廷的長治久安考慮，上奏皇帝，提出「教導回民」的善後事務，清朝在循化廳設學校，以資訓迪，得到乾隆帝的讚許，學校之設，在福康安是為了馴化民眾，利於統治，而對邊遠地區的文化教育之事必定會產生實際效用。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安轉為戶部尚書，第二年又轉吏部尚書、協辦大學士。福康安受到皇帝倚重，並被授予了相當重要的權力。
轉戰台灣
在甘肅發生回民事件之後，東南的台灣又爆發了領導的漢族、高山族農民的大規模-，以天地會的教義相號召，形成了強大的勢力。起義者在林爽文領導下，於乾隆五十一年（1786年）與清軍展開激戰，連克數縣。清廷命閩浙總督常青為將軍前往台灣府鎮壓民變，兩相接觸，農民軍處於主動地位，聲勢更加浩大，連常青所駐府城也處於包圍之中。
常青鎮壓不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安為將軍，與參贊大臣海蘭察同赴台灣作戰。當福康安從征金川為領隊大臣時，是參贊大臣海蘭察的下級，這次赴台灣作戰，事隔十多年，福康安竟成全軍主帥，海蘭察仍是參贊大臣，但福康安能謙謙自下，又善於周旋，很好地發揮了海蘭察的軍事才能。十一月，福康安一行渡鹿仔港(今台灣彰化西南鹿港)，登岸後，由新埤進兵，以主力進攻包圍諸羅縣城的農民軍，雙方交戰至侖仔頂，農民軍從竹圍0而抵禦，福康安令軍隊原地不動，自領巴圖魯侍衛沖入起義軍中，起義軍不幸戰敗。清軍又攻克俾長等十餘村莊，起義軍-撤離諸羅。清兵追至大排竹，決溪水渡兵，焚燒了農民軍的營寨。諸羅一戰，福康安以扭轉戰局、解除城圍，被封為一等嘉勇公，賞紅寶石帽頂，四團龍補服，以示優異。
同年十二月，清軍繼續對起義軍進行圍剿，起義軍寡不敵眾，大小首領多人被俘。福康安又統兵由內山搜至打鐵寮諸社，分兵堵截海口及各要隘。為防止林爽文見追急自戕，福康安密令巴圖魯侍衛十人及屯練兵數百人，改換裝束，深入高山密林，終於在乾隆五十三年（1788年）正月，於老衙崎俘獲林爽文。林爽文被解往京師後，慷慨就義。
前此諸羅被圍之際，福州將軍恆瑞在鹽水港(今台灣台南縣西北鹽水鎮)觀望遷延，擁兵不救，請朝廷另派援兵。乾隆知情後遂命福康安-恆瑞，問其妄請添兵，搖惑軍心之罪，但福康安並未問及此事，而且在奏疏中為恆瑞多方開脫，稱他打仗奮勉，仍請將恆瑞留於軍營。乾隆五十三年（1788年）正月，乾隆帝嚴厲責備福康安袒護親戚，本想從重治罪，但因平定林爽文有功，從寬免其深究，只傳旨嚴行申飭。等到福康安俘獲林爽文本人之後，乾隆帝念其軍功，仍親解佩囊賜與福康安。
林爽文失敗以後，福康安於乾隆五十三年（1788年）二月繼續督兵赴南路鎮壓農民軍餘部，將農民軍追至台灣最南端的郎嶠，水陸並發，將南路起義軍首領莊大田俘獲。至此，台灣的農民軍被全部鎮壓下去。
清廷以福康安為主帥，成功地鎮壓了台灣林爽文的起事，有效地維護了封建統治秩序，福康安因此再次受到乾隆帝表彰，上諭稱他「用心周密，真能不負任使。「賞黃腰帶、紫轡韁、金黃辮、珊瑚朝珠等物，並命於台灣郡城及嘉義縣為他各建生祠塑像，在紫光閣繪二十功臣圖像。當年，福康安即調任閩浙總督。
乾隆五十四年（1789年）正月，因安南國滋擾廣西邊境，乾隆又將他調任兩廣總督。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳參奏湖北按察使李天培，用湖廣糧船私運木材，由此訊得福康安捎信索購一事，乾隆嚴旨令福康安自劾，罰其三年的總督養廉銀，加罰公俸十年，革職留任，但馬上即減免。可見和珅、和琳兄弟與福康安居對立之勢，乾隆帝對此自有處理辦法，使這一文一武之臣都在寵渥之中。
驅逐廓爾喀
十八世紀中葉，清朝的鄰國尼泊爾建立起廊爾喀族統治的新王朝，新國王蓄意向外擴張勢力，於是乾隆五十三年（1788年），廊爾喀以西藏當局徵收貿易稅太重為由，派兵入侵西藏邊境。
乾隆五十六年（1790年），廓爾喀又再次興兵，直犯班禪額爾德尼駐錫的日喀則，洗劫了札什倫布寺，掠走大批珍寶財物。而駐藏大臣保泰臨陣退縮，竟想把0和班禪移至青海。清廷聞報，即派福康安為將軍，與參贊海蘭察、奎林(福康安堂兄)率巴圖魯侍衛入藏，迎擊入侵者。行前，乾隆帝對福康安面授方略。乾隆決心對廓爾喀大張撻伐，以求邊境永遠安寧。九月二十九日，福康安自京啟程，由山西、青海一路馳驛赴藏，海蘭察因率兵眾多，由河南、陝西、甘肅分別行走至青藏。十一月，福康安收到乾隆諭旨，因青海口外時值隆冬，如果由此入藏，必然險阻叢叢，命他改道而行，該路均有驛站，只是稍遲於指定日期抵藏。福康安素性勇猛，認為軍情緊迫，仍從西寧一路入藏。此時一路。青草未茂，馬皆瘠疲，因福康安行走疾速才未至困境。十二月一日，福康安在西寧停留四天之後即輕裝簡從，由當噶爾東廓爾（在今青海西寧市西面）一帶啟程入藏，翌年正月初三到達青藏邊界，正月二十日抵拉薩。從西寧至拉薩，全程四千六百里，途中步行六十天。