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命錦衣衛將他逮捕入獄。
同時，朱由檢派孫承宗安撫東奔的關寧軍，並以梁廷棟、滿桂分別為文武經略，替代袁崇煥。
十二月十七日，朱由檢命滿桂出擊永定門外的皇太極大軍，反遭重創，滿桂陣亡。
皇太極也意識到了現在的後金是拿不下北京的，便在留下表達議和之意的書信後及時撤軍，崇禎三年二月十六日從董家口出塞。】
【己巳之變是明朝京畿所受到的一次重大威脅，朱由檢當然會追究有關官員的責任，
其中兵部尚書王洽死於獄中，薊遼總督劉策、山西巡撫耿如杞、總兵張士顯等文武大員被殺。
這些大臣都被殺了，那辜負了朱由檢信任、
八月十六日，朱由檢數落袁崇煥「付託不效、專恃欺隱」以及給哈剌慎賣糧從而間接支援後金、圖謀議和、縱敵不戰、遣散援兵等罪狀，將他凌遲處死。
袁崇煥獲罪後，先前支持過他的錢龍錫、韓爌遭到史?、高捷等親溫體仁的言官彈劾，相繼去職，李標、成基命雖繼任首輔，亦不能久安於位，先後辭任。
東林黨的勢力一落千丈，周延儒、溫體仁入閣主政。】
凌遲處死！
好傢夥！
聽著這個結局，大多數老祖宗們都倒抽了一口涼氣。
【這也太過了，此人的種種行為，縱然不是很妥當，卻也並非是大奸大惡之徒。】李昞忍不住道，【凌遲處死，是不是也太殘忍了些？】
【是啊，直接免了職，或者是殺了都行，凌遲……】武士彠搖了搖頭，【這朱家的皇帝，可當真是殘忍啊。】
劉煓感慨一聲：【日後誰說我老劉家的皇帝刻薄寡恩，還是先對著明朝的皇帝說這個話吧。老夫的後人就算是再刻薄寡恩，也沒到這個份兒上。】
朱世珍已經被「凌遲處死」給嚇得說不出話來了。
那可是凌遲啊……
就算是他什麼不懂，這種酷刑也是聽說過的。
那是把人的肉一片片的割下來，三千多刀才讓人去死的。
那得多疼啊……
就算是奸臣，也沒幾個是有這樣待遇的。
袁崇煥他罪不至此吧？
一時間，本來還覺得袁崇煥有些欺君罔上的人，都開始有些同情他了。
第260章 第二百六十個老祖宗很驕傲
朱由檢看著天幕, 並不覺得自己做的有任何問題。
袁崇煥做的那些事情，根本就是死有餘辜！
而且他就算是死前都不覺得自己做錯了，實在是活該。
只是判他凌遲處死, 已經算是對他的寬仁了！
但是大臣們卻是心中發寒。
沒有人希望自己的政敵活躍在官場上，可也沒有人覺得自己是能在官場上乾乾淨淨永遠沒事的。
現在他政敵的下場, 就是他未來的下場。
運氣不好的話，可能還要再慘幾分的。
所以他們希望袁崇煥去死，可是這種死法真的大可不必了。
這個皇帝真的是個好皇帝嗎？
【殺了一個袁崇煥, 明朝的問題並沒有解決。
之前我說了，明朝的時候正好是處於小冰河時期，這是一個特殊的時期, 天災頻繁。
而在崇禎年間，小冰河期更是進入了比較嚴重的階段，引發了災荒頻繁、糧食歉收, 西北和中原受災尤甚。
正常的皇帝這個時候其實應該是免稅賑災的, 畢竟一個地方受災之後, 百姓活著都已經很困難了，更何況是交稅。
但是我們的崇禎皇帝朱由檢呢, 他田賦加派依然不減，造成了社會矛盾的激化。
然後便演變成了浩蕩的農民起義。】
【在崇禎元的時候，遭受大旱的陝西澄城中就爆發了王二起義，他們殺死知縣、嘯聚山林, 拉開明末農民戰爭的序幕。
陝西各地走投無路的農民與邊鎮逃兵、被裁撤的驛卒等合流, 紛紛揭竿而起。
這些起義者各自為戰、流動性強，所以被統治階級稱為「流寇」。
崇禎二年四月, 朱由檢任命楊鶴為陝西三邊總督，負責處理陝西民變。
對於民變, 朱由檢採取了以撫為主、以剿為輔的方針，指出：
「秦賊蔓延，雖因無歲，總由貪官債帥不恤軍民，恣行剝削，以致轉徙為盜。
自今邊方文武，俱宜遴才選補，不得聽人規避，徒取備員。
其官兵分合事宜，兵部密行督撫，相機剿滅。」
「流賊與夷虜不同，這都是我內地赤子，還須用招撫解散為是，不必純用殺掠。」】
【楊鶴貫徹朱由檢的這種方針，陸續招安了一批起義者，其中最大的成果是崇禎四年招安神一魁。
不過因為根本的社會矛盾沒有解決，所以許多起義者在接受招安後因得不到有效安置而重新起義，神一魁就不到一個月就「復叛」。
朱由檢聞訊震怒，於九月二十三日下令逮捕楊鶴，將他遣戍袁州，代之以主剿的延綏巡撫洪承疇出任陝西三邊總督，要求陝西督撫「鼓勵道將，速圖剿定」。
在洪承疇等的大力鎮壓下，陝西的各路起義軍在崇禎五年冬轉戰山西。
朱由檢以曹文詔節制秦、晉諸將。