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　　  阿爾普·阿爾斯蘭之子、繼承者蘇丹馬立克沙赫（1072－1092年在位）在其父去世時年僅17歲。他的第一次戰爭是對付河中哈拉汗朝的統治者沙姆斯·烏爾·莫爾克，沙姆斯趁塞爾柱克帝國統治者易人之機入侵呼羅珊東部，占領巴爾赫。當馬立克沙赫逼近撒馬爾罕時，哈拉汗朝統治者要求和談，並成為馬立克沙赫的屬臣。馬立克沙赫犯了一個烏古思人常犯的錯誤，他把巴爾赫交給他的弟弟塔卡什，塔卡什到適當的時候便起來反叛馬立克沙赫。蘇丹被迫發動了兩次遠征討伐他，最後，他派人把弟弟的眼睛挖掉（1084年）。馬立克沙赫的叔叔喀烏德也在起兒漫起兵反叛，馬立克沙赫也對他發動了戰爭，打敗並絞死了他（1078年）。

　　  這些事件表明，儘管有莫爾克的英明管理，然而，馬立克沙赫在引導以他為軍事首領的烏古思部落去接受一個以他為蘇丹的阿拉伯-波斯國家的體制的過程中碰到了很多困難。莫爾克和波斯的官僚機構都力求使土庫曼部落聯盟的作用降到以往突厥衛隊（即在原哈里發和布威朝埃米爾統治之下的10世紀的馬木路克）的範圍內，然而，要使新蘇丹的不安分的同胞們服從命令和要使這些野蠻的遊牧民固著於土地上都是十分棘手的任務。要把塞爾柱克帝國的冒險置於一個固定的基礎之上，以及把波斯人的定居生活方式強加於這些以往的遊牧民，由此使塞爾柱克帝國成為傳統式的波斯帝國，在這件事上，只有蘇丹一人與莫爾克的看法一致。在馬立克沙赫的都城伊斯法罕的豪華宮廷中，馬立克沙赫本人就樂於表面上仍延續古代伊朗沙赫們的世系。  

　　  正如我們已經看到的，在東北方，為了反對哈拉汗朝，馬立克沙赫第二次遠征河中，攻擊沙姆斯·烏爾·莫爾克的侄兒、繼承者阿黑馬德（108年）。他監禁了阿黑馬德，但是後來又把他作為自己的屬臣派往撒馬爾罕。在西方，也是在馬立克沙赫統治時期，他的堂兄弟塞爾柱克幼支蘇里曼·伊本·庫吐米施不受他的控制，約於1081年在小亞細亞的尼西亞駐紮下來，這對拜占庭人很不利，他們在內戰中卻輕率地向蘇里曼求援。這是塞爾柱克的羅姆蘇丹國的起源，羅姆蘇丹國存在的時間是1081年至1302年，它先後以尼西亞（1081－1097年）和伊康（1097－1302年）為都。

　　  塞爾柱克國作為一個定居政權只控制了波斯。在小亞細亞（小亞細亞於1080年已經遭到入侵）的原拜占庭疆域內，獨立的古茲部落聯盟在那裡很活躍。他們或者是由像蘇里曼那樣的塞爾柱克幼支統率著，或者是由來歷不明的突厥酋長統率著。正像卡帕多細亞的丹尼什門德王朝的埃米爾們一樣，他們顯然是從1084年起開始統治著錫瓦斯和凱撒里亞的。隨著這些流浪部落的不斷移動，上述古文明地區以吉爾吉斯草原上的方式被分割了。正如巴托爾德在總結這些事件時正確地指出的那樣："古茲或土庫曼人的行為，部分像獨立的匪徒，部分是在其諸王（塞爾柱克人）的統率下進行的，他們的足跡遍布從中國的突厥斯坦到埃及和拜占庭邊境之間的所有國家。"巴托爾德又補充道，為了避開"他們流浪的兄弟們"（還沒有組織起來的古茲部落），防止他們蹂躪富饒的伊朗領土，塞爾柱克蘇丹顯然是選擇把他們安置在蘇丹國邊境的小亞細亞一帶。這一事實解釋了為什麼波斯本土避開了突厥化而安納托利亞卻成了第二個突厥斯坦。  

　　  酋長們為獲得戰利品而戰。蘇里曼·伊本·庫吐米施占領了小亞細亞的大片地區之後，襲擊了敘利亞（1086年）。他在敘利亞與馬立克沙赫的弟弟突吐施發生衝突，突吐施於1079年在大馬士革為自己辟有一塊封地。雙方在阿勒頗附近為奪取該城打了一大仗。蘇里曼被殺，突吐施將阿勒頗併入大馬士革（1086年）。同年，正當突吐施在阿勒頗籌建一個獨立的塞爾柱克王國時，他的哥哥、蘇丹馬立克沙赫出現在敘利亞，他強迫突吐施退回大馬士革，並在阿勒頗舉行了覲見禮，對他的酋長們的封地作了全面的重新分配（1087年）。

　　  總的來說，馬立克沙赫像其先輩們一樣，一生致力於使突厥對西部領土的征服合法化。這種征服往往採取以下形式，即一小股烏古思人群進入敘利亞周圍的鄂克里德朝（或稱法提瑪朝）境內，或者是進入小亞細亞的希臘境內--就好像是在他們遊牧的遷徙中碰巧使他們進入這些地區一樣；或者是利用拜占庭帝國或阿拉伯帝國的內亂，採取入侵的形式。在波斯，統一局面得以維持完全是由於莫爾克宰相實行的阿拉伯-波斯的行政管理，在東方和敘利亞，僅僅是由於馬立克沙赫的黷武政治。在小亞細亞，則二者都鞭長莫及，烏古思人的無政府狀況盛行。

　　  當馬立克沙赫於1092年去世時（他的大臣莫爾克在他之前就去世了），各地處於無政府狀態。馬立克沙赫的長子巴爾基雅魯克（1093-1104年）面臨所有親屬的反叛。在此期間，他的叔叔突吐施已經把阿勒頗併入大馬士革領地，並且企圖從他的手中奪取波斯，但是，突吐施於1095年2月26日在刺夷附近兵敗被殺。巴爾基雅魯克統治的餘下時期是在對付他自己的兄弟們的各次戰爭中度過的，最後他被迫與他們瓜分了波斯。從此，塞爾柱克領地以分裂為三部分的狀況長期存在：波斯的蘇丹國歸巴爾基雅魯克及其兄弟們；阿勒頗和大馬士革的王國歸突吐施的兒子們；小亞細亞蘇丹國歸蘇里曼的兒子凱佐爾·阿爾斯蘭。