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主要目的是把匈奴人趕回外蒙古地區，讓他們遠離他們獲取食物和財富的絲綢之路。班超胸懷此大略，粉碎了在喀什（80年、87年）和葉兒羌（88年）發生的新叛亂，並使伊犁河畔的烏孫人成了他的盟友。班超從他派出的探子們那裡獲得情報，以及他對蠻族心理了如指掌，每次他總是大膽地、出奇不意地打擊敵人，在喀什，受他保護的傀儡王忠，於84年夥同莎車人、粟特人（索格底亞那人）和月氏人（或稱印度塞人）一起叛亂。喀什王忠在被班超從喀什趕跑之後，於公元87年佯裝自願歸附班超，並要求班超接見，在接見時，他隨身帶來了一支強悍的騎兵，用意是企圖發起突然攻擊。班超假裝不知並相信拜訪者的誠意，設宴款待。然而，當“酒一巡之後”，他捉住其王並砍下他的頭。與此同時，中國軍隊從隱蔽處出來，猛撲向敵人，並把他們全部殺掉。公元88年，班超在攻莎車之前，只有一小支軍隊（漢軍與于闐的援軍一樣多）去出擊已經得到庫車及鄰近城市來的、大約有5萬援軍支持的居民們。在夜間，班超佯裝撤退，後來又急行軍返回來猛攻該城，殺5干人，迫使城民投降。
現在，只有庫車和焉耆還處於叛亂之中，這些地區正在四處收羅反中國的盟友，從蒙古種的匈奴人到月氏人或稱印度－塞人。印度－塞人國王——也就是統治著阿富汗地區和北印度的強大的貴霜王朝的皇帝，可能當時是卡德菲斯一世——未能與中國公主聯姻，心懷不滿，於公元90年，向帕米爾山區東北部派出一支遠征隊去協助庫車反對班超。班超阻截了該軍與庫車人（他們可能為這支援軍儲備食物）之間的一切通道後就消失了。這些印度－塞人在沒有給養的情況下，在喀什噶爾無邊無際的許多小路中間冒險行進，未遭慘敗地得以撤退已是值得慶幸的了。庫車朝廷，在這次幾乎釀成災難的經歷之後聰明起來，於公元90年重新與中國建立起友好的關係（這是月氏人中的傳統政策）。
在北方的蒙古，竇憲和耿秉將軍取得了對北匈奴的偉大勝利（89－90年）。北車師和南車師（古城和吐魯番）的兩位國王立即恢復了他們與漢朝的聯繫。公元91年，中國將軍耿夔使匈奴再次遭到決定性的失敗。他進軍至外蒙古，很可能達到鄂爾渾河，俘虜了單幹的母親及其家庭的全體成員，立單于的弟弟於除踺為繼承人。93年，當新單于反叛中國時，中國派遣一支來自滿洲邊境的蒙古族部落鮮卑人對付他，他們打敗並殺死新單于，北匈奴再也沒有從這次災難中完全恢復過來。
於是，在失去了匈奴和印度－塞人兩方面的援助之後，塔里木北緣四個反叛國中的三個——庫車、阿克蘇和吐魯番——向班超投降（91年）。這位中國的勝利者接受了朝廷賜予的“都護”稱號，實際上是中亞的總督。他在庫車附近的一個小城乾城建立住所，而另一位中國將軍住在喀什。只有焉耆還未被征服。公元94年，班超率領來自庫車和鄯善（羅布泊地區）的輔助軍向焉耆進軍。焉耆居民徒勞地毀掉了架在格勒都斯河上的橋。班超趟過深齊腰部的河水，進入焉耆城前面的沼澤地。一些居民渡過博斯騰湖逃跑，但焉耆王被迫投降。班超為了報仇，就在19年前陳睦被害的地方砍下他的頭。班超“因縱兵鈔掠，斬首五千級，獲生口萬五千人，馬畜牛羊三十餘萬頭”。塔里木盆地全境至此全部征服。班超於97年命令其副將甘英出發，穿過安息——即過阿爾薩息朝的帕提亞帝國——去大秦，即中國對羅馬帝國的稱呼。但是，甘英被帕提亞人的謊言嚇住，沒有越過帕提亞人的領地，大概沒有達到羅馬的邊境就回來了。
班超於102年告老回國，同年去世。他的後繼者們未能仿效他的靈活而現實的土著政策，塔里木地區在106和107年爆發了大叛亂。中國將軍粱慬在庫車被當地居民包圍。他在一次大勝仗之後解圍，但是，漢朝廷因這些連續不斷的叛亂喪失了信心，於107年召回了在塔里木的全體駐軍，甚至包括在魯克沁和伊吾的駐軍。次年，羌人（或稱吐蕃人）攻打甘肅的中國據點，有截斷通往敦煌之路的危險，吐蕃人當時還是一個完全處於野蠻狀態的民族，他們在青海以西和以南地區過著遊牧生活。梁慬以幾次激戰為代價把他們阻住（108年）。最後，內蒙古的南匈奴於109年對中國邊界發起進攻。中國度遼將軍耿夔鼓動一些鮮卑部落反對他們。然而，南匈奴一直搔擾著山西北部，直到粱慬於110年迫使他們講和。
總的說來，在119年當中國重建工作開始時，她在保衛自己的邊界中面臨著許多困難。重建了伊吾（哈密或羅布泊？）的移民軍團；鄯善和吐魯番王再次歸附。但其後不久，北匈奴單于和古城車師出其不意地殺了伊吾駐軍。最後，班超的兒子班勇恢復了其父所取得的一切成就。他於123年在吐魯番附近的魯克沁重新屯兵；124年，他費力地支持鄯善王對中國的效忠。被嚇倒的庫車王和阿克蘇王開始歸附中國，並派一支軍隊給班勇，任其調遣，班勇用這支軍隊把匈奴匪幫趕出了吐魯番。126年，他甚至在短時期內臣服了生活在巴里坤湖東北地區的北匈奴的呼衍部，並趕走企圖插手的北匈奴的主力部隊。127年，中國人進入焉耆，從而完成了對塔里木盆地的再征服。130年，喀什王的兒子和一位來自費爾干納王的使者一起到達東漢都城洛陽，覲見漢順帝。