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(五)御史台
御史台,秩從一品。大夫二員,從一品;中丞二員,正二品;侍御史二員,從二品;治書侍御史二員,正三品,掌糾察百官善惡、政治得失。後定置御史大夫二員、中丞二員、侍御史二員、治書侍御史二員,品秩如上;經歷一員,從五品;都事二員,正七品;照磨一員,正八品;承發管勾兼獄丞一員,正八品;架閣庫管勾兼承發一員,正九品;掾史一十五人,譯史四人,知印二人,通事二人,宣使十人,台醫二人,蒙古書寫二人,典吏六人,庫子二人。御史台下設有殿中司、察院、行御史台、肅政廉訪司等官署。
(六)大宗正府,
大宗正府,秩從一品。國初未有官制,首置斷事官,曰札魯忽赤,會決庶務。凡諸王駙馬投下蒙古、色目人等,應犯一切公事,及漢人奸盜詐偽、蠱毒厭魅、誘掠逃驅、輕重罪囚,及邊遠出征官吏、每歲從駕分司上都存留住冬諸事,悉掌之。至元二年,置十員。三年,置八員。九年,降從一品銀印,止理蒙古公事。以諸王為府長,余悉御位下及諸王之有國封者。又有怯薛人員,奉旨署事,別無頒受宣命。十四年,置十四員。十五年,置十三員。二十一年,置二十一員。二十二年,增至三十四員。二十八年,增至四十六員。大德四年,省五員。十一年,四十一員。皇慶元年,省二員,以漢人刑名歸刑部。泰定元年,復命兼理,置札魯忽赤四十二員,令史改為掾史。致和元年,以上都、大都所屬蒙古人並怯薛軍站色目與漢人相犯者,歸宗正府處斷,其餘路府州縣漢人、蒙古、色目詞訟,悉歸有司刑部掌管。正官札魯忽赤四十二員,從一品;郎中二員,從五品;員外郎二員,從六品;都事二員,從七品;承發架閣庫管勾一員,從八品;掾史十人,蒙古必闍赤十三人,通事、知印各三人,宣使十人,蒙古書寫一人,典吏三人,庫子一人,醫人一人,司獄二員。
(七)宣政院
宣政院,秩從一品,掌釋教僧徒及吐蕃之境而隸治之。遇吐蕃有事,則為分院往鎮,亦別有印。如大征伐,則會樞府議。其用人則自為選。其為選則軍民通攝,僧俗並用。至元初,立總制院,而領以國師。二十五年,因唐制吐蕃來朝見於宣政殿之故,更名宣政院。定置院使一十員,從一品;同知二員,正二品;副使二員,從二品;僉院二員,正三品;同僉三員,正四品;院判三員,正五品;參議二員,正五品;經歷二員,從五品;都事三員,從七品;照磨一員,管勾一員,並正八品;掾史十五人,蒙古必闍赤二人,回回掾史二人,怯里馬赤四人,知印二人,宣使十五人,典吏有差。
(八)太禧宗禋院
太禧宗禋院,秩從一品,掌神御殿朔望歲時諱忌日辰禋享禮典。天曆元年,罷會福、殊祥二院,改置太禧院以總制之。初,院官秩正二品,升從一品,置參議二員,改令史為掾史。二年,改太禧宗禋院,置院使六員,增副使二員,立諸總管府為之屬。凡錢糧之出納,營繕之作輟,悉統之。定置院使都典制神御殿事六員,同知兼佐儀神御殿事二員,副使兼奉贊神御殿事二員,僉院兼祗承神御殿事二員,同僉兼肅治神御殿事二員,院判供應神御殿事二員,參議二員,經歷二員,都事二員,管勾、照磨各一員,掾史二十人,譯史四人,知印二人,怯里馬赤二人,宣使一十五人,斷事官四員,客省使大使、副使各二員。
(九)儲政院
儲政院,秩正二品。至元十九年,立詹事院,備左右輔翼皇太子之任,置左、右詹事各一員,副詹事、詹事丞、院判各二員,吏屬六十有二人,別置宮臣賓客二員,左右諭德、左右贊善各一員,校書郎二員,中庶子、中允各一員。三十一年,太子裕宗既薨,乃以院之錢糧選法工役,悉歸太后位下,改為徽政院以掌之。大德九年,復立詹事院,尋罷。十一年,更置詹事院,秩從一品,設官十二員。至大四年罷。延祐四年復立,七年罷。泰定元年,罷徽政院,改立詹事如前。天曆元年,改詹事院為儲慶使司。二年罷,復立詹事院。未幾,改儲政院,院使六員,正二品;同知二員,正三品;僉院二員,從三品;同僉二員,正四品;院判二員,正五品;司議二員,從五品;長史二員,正六品;照磨二員,管勾二員,俱正八品;掾史一十二人,譯史四人,回回掾史二人,通事、知印各二人,宣使十人,典吏六人。
二、地方政權
(一)行中書省(職同中央中書省)
行中書省,凡十一,秩從一品,掌國庶務,統郡縣,鎮邊鄙,與都省為表里。國初,有征伐之役,分任軍民之事,皆稱行省,未有定製。中統、至元間,始分立行中書省,因事設官,官不必備,皆以省官出領其事。其丞相,皆以宰執行某處省事系銜。其後嫌於外重,改為某處行中書省。凡錢糧、兵甲、屯種、漕運、軍國重事,無不領之。至元二十四年,改行尚書省,尋復如舊。至大二年,又改行尚書省,二年復如舊。每省丞相一員,從一品;平章二員,從一品;右丞一員,左丞一員,正二品;參知政事二員,從二品,甘肅、嶺北二省各減一員;郎中二員,從五品;員外郎二員,從六品;都事二員,從七品;掾史、蒙古必闍赤、回回令史、通事、知印、宣使,各省設員有差。舊制參政之下,有僉省、有同僉之屬,後罷不置。丞相或置或不置,尤慎於擇人,故往往缺焉。河南江北等處行中書省,統有十二路、七府。江浙等處行中書省,統有三十路、一府。江西等處行中書省,統有十八路。湖廣等處行中書省,統有三十路、三府。陝西等處行中書省,所轄之地,惟陝西四路、五府。四川等處行中書省,統有九路、五府。遼陽等處行中書省,統有七路、一府。甘肅等處行中書省,統有七路、二州。嶺北等處行中書省。國初,太祖定都於哈剌和林河之西,因名其城曰和林,立元昌路。中統元年,世祖遷都中興,始置宣慰司都元帥府。大德十一年,改立和林等處行中書省,右丞相、左丞相各一員。至大四年,省右丞相。皇慶元年,改嶺北等處行中書省,設官如上,治和寧路,統有北邊等處。雲南等處行中書省,統有三十七路、五府。征東等處行中書省。至元二十年,以征日本國,命高麗王置省,典軍興之務,師還而罷。大德三年,復立行省,以中國之法治之。既而王言其非便,詔罷行省,從其國俗。至治元年復置,以高麗王兼領丞相,得自奏選屬官,治瀋陽,統有二府、一司、五道。