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宋朝奸臣賈似道被迫出兵應戰，但很快戰敗。至元十三年（1276），臨安陷落，宋恭帝被俘。之後，宋朝大臣文天祥與張世傑、陸秀夫等繼續在東南沿海堅持抗元，擁立益王趙昰為帝。趙昰死後，
又擁立衛王趙昺，繼續抗戰。至元十五年（1278），文天祥兵敗被俘，被囚於大都三年之久，拒絕了元朝的誘降，後從容就義。至元十六年（1279），元將張弘范指揮元軍在崖山消滅了宋朝最後的抵抗
勢力，陸秀夫背著8歲的幼帝趙昺投海殉國，宋朝滅亡。之後，元軍曾進攻過周邊一些地區，如安南、占城、爪哇和日本等，其中以試圖入侵日本的戰爭最為著名。元朝於1274年和1281年兩次入侵日本，
但皆因內部不和、不習水戰，以及遭遇颱風等而遭致慘敗。（有學者認為：為忽必烈建造戰艦的高麗人有意建造和設計質量極其低劣的船是導致忽必烈的蒙古艦隊葬身魚腹的主要原因)。滅宋之後
元滅宋後，統治階層出現了以許衡為首的儒臣派與以阿合馬為首的理財派官員之爭。由於元廷需要賞賜大量財寶予各封王，加上開支繁重，所以財政日漸緊張。以漢人及漢化的蒙古人為主的儒臣派
官員認為元朝應該節省經費、減免稅收。反之以色目人為主的理財派官員認為，南人藏有大量財物，應沒收以解決朝廷的財政問題。於是這個問題在元朝廷中沒有停止。元薛禪汗信任色目官員阿合
馬，設立尚書省解決財政問題。而儒臣則以受漢化更深的太子真金為核心形成一派，與阿合馬抗衡。結果阿合馬被刺殺，而真金也於其後得病而死。元世祖仍然先後任用漢人盧世榮、西藏人桑哥等理財
派官員以之來解決朝廷的財政問題。至元三十一年（1294）元薛禪汗駕崩。由於太子真金早死，帝位由各方爭奪。最後，群臣在真金的長子晉王甘麻剌及三子鐵穆爾之間選擇，由於鐵穆爾受元薛禪
汗下賜皇太子寶及鎮守和林。故晉王甘麻剌退讓，鐵穆爾即位為元完澤篤汗。元完澤篤汗在位期間基本維持守成局面，並下令停止對外戰爭，罷征日本、安南，專力整頓國內軍政，減免江南部分賦
稅。他執政末年還成功與長期敵對的窩闊台汗國和察合台汗國講和，結束了西北的動亂局面。
元朝中後期
大德十一年（1307），完澤篤汗死，前太子真金之孫海山即位於元上都，是為元曲律汗。並立其弟愛育黎拔力八達為皇太子，約定兄終弟及，同時又約定愛育黎拔力八達死後，帝位復歸武宗之子和
世剌。元曲律汗即位後，隨即加封孔子為“大成至聖文宣王”，並對孔子的家族、弟子等加封了種種稱號。他為了擺脫財政危機，下令重新設立尚書省，並印發至大銀鈔，結果導致至元鈔大為貶值
。至大二年（1309），他與察合台汗國瓜分了窩闊台汗國，窩闊台汗國從此滅亡。至大四年（1311），普顏篤汗即位，但違背前約，封和世剌為周王，令其出鎮雲南，而改立自己的兒子碩德八剌為
皇太子。普顏篤汗即位後，生母興聖皇太后的重臣鐵木迭兒為右丞相。普顏篤汗取消了曲律汗的經濟措施，並將曲律汗長子周王和世琜徙居雲南，但和世琜在途中起兵前往西北遊牧。普顏篤汗把和世琜
之弟圖帖睦爾放逐至南方，立自己的兒子碩德八剌為皇太子，破壞了與曲律汗相約先立和世琜繼位，再傳位碩德八剌等之約。延祐二年（1315），曲律汗下令恢復科舉制度，將儒家學說中的程朱理
學定為考試的主要內容。從此程朱理學成為大元的官方思想。延祐七年（1320），普顏篤汗死，碩德八剌即位，是為元格堅汗。元格堅汗繼承了其父普顏篤汗的以儒治國政策，加強中央集權和官僚
體制，並於至治三年（1323）下令編成並頒布元朝正式法典——《大元通制》，共2539條。他還下令清除朝廷中鐵木迭兒的勢力，但隨著清理的擴大，再加上朝廷中的蒙古保守勢力對元格堅汗以儒治國
的施政不滿，導致鐵木迭兒的義子鐵失在至治三年（1323）夏天趁格堅汗去上都避暑之機，在上都以南15公里一個名叫南坡的地方，刺殺了格堅汗及宰相拜住等人，史稱南坡之變。元格堅汗被行刺後，
鎮守和林的晉王甘麻剌的長子，真金的長孫，也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元格堅汗的叛臣後即位，是為葉順鐵木耳汗。葉順鐵木耳汗即位後，封被普顏篤汗放逐到海南島的圖帖睦爾為懷王，鎮守建
康。泰定五年（1328），葉順鐵木耳汗死。丞相倒剌沙在上都奉泰定帝之子阿剌吉八為帝，而與此同時，元曲律汗的舊部重臣燕帖木兒與河南行省丞相伯顏則分別秘密向漠北和江南遣使，同時迎接
周王和世剌與其弟圖貼睦兒。結果，圖貼睦兒先至大都，在天曆元年（1328）自立為帝，是為元札牙篤汗。而和世剌抵達和林後，也宣布即位，是為和元西拉古圖土。札牙篤汗表面上表示願意退位，奉
兄為帝，兩人遂相會於上都之南，札牙篤汗毒死西拉古圖土後稱帝。札牙篤汗重祚以後，大興文治。天曆二年（1329）二月，札牙篤汗設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察歷代治亂。又令
所有勛貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元代一部重要的記述典章制度的巨著。