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硯年清政府提升閻敬銘為戶部尚書。他同樣是布服敝車，悄悄進京。入宮授任後。第二天就到戶部上任。他曾在戶部任過職，深知戶部弊端，尤其天下財賦總匯的北檔房，積弊更深。他決心革除積弊，實行改革。上任第一天他就親自看帳，並找來檔房司官問帳，結果無論是領辦、會辦、總辦都不知部庫的存銀幾何以及出納情況和盈虧怎樣，甚至連算帳、看帳都不會。眼看關係國家財政命脈的戶部檔房之帳竟如此糊塗，正好成為官員貪污的利復，閻敬銘立即給上奏摺說：“滿員多不諳籌算，事權半委胥吏，故吏權目張，而財弄虛作假愈婪，欲為根本清厘之計，凡南北檔房及三庫等處非參用漢員不可。”由於當時清政府庫款睏乏，也有整頓度支的迫切要求，所以同意了閻敬銘的奏請。
閻敬銘查了帳目再查三庫。所謂三庫，是捐戶部管理轄的銀庫、緞匹庫和顏料庫。其中綢緞、顏料兩庫為天下實物貢品收藏處，庫內堆積如山，毫無章法，顏料、綢緞、紙張混在一起，月積年累，大都霉爛得無法使用；加上鼠咬蟲蛀，毒蛇成群，進出帳目是兩百多年的流水帳，無清無結。銀庫的問題更大，管理銀庫的差役、司官沒有不貪污偷盜的；職掌出納的掌庫、書辦以大秤進、小秤出，天平礎碼異常不等。弊端累累。
閻敬銘一反過去堂官所為，花了很大力量，親自入庫清點，認真查對出納檔案，並清查了二百餘年的庫存和出納帳目。他的做法和態度震動了當時的朝野。通過查帳查庫，閻敬銘聳場斥逐一批書和差役，並奏參了號稱“四大金網”原在戶部司官的姚覲元、董俊漢、楊洪典及旗人啟某。姚、董四人受到清廷“革職回籍。小的嚴厲懲處。
閻敬銘整頓戶部積弊，掀開了戶部的許多黑幕，最惹眼的是掀出了雲南省的軍費報銷安案。
軍費報銷向來是報銷者和戶部司官貪污門路。報銷者可以把並非軍費的款項納入軍貝，萬報銷，而把大量款項揣入私囊；戶部明知有弊而給予報銷，就要私收賄略，通同作弊。雲南的軍費報銷，早在閻敬銘入京職掌戶部的半年前就已開始舞弊，曾派糧道崔尊意和永昌知府藩英章，攜帶巨數公款，來京打點門路。他們先找軍機章京、太常寺卿周瑞卿，通過周瑞卿打署理戶部尚書的軍機大臣王文韶、景廉行賄關施 戶部書辦一口要十三萬兩的“打點費”潘英章等人嫌太多，正在討價還價的當兒，傳來了閻敬銘即將進京接管戶部尚書的消息。行賄和受賄雙方搶在前面，以八萬兩白銀的賄款，把雲南軍費報銷了結。
這樣的行賄在戶部已習以為常，言官們明知內情也不敢揭，因為它往往牽邊朝中大員，故而積弊愈深。閻敬銘上任後大刀闊斧地整頓，使言官們打消顧慮，逐漸敢言了。先是御史陳啟泰上了一道折，揭參太常封卿周瑞卿和戶部司官在雲南報銷案中受賄的事實。事關重大，朝廷不能不問，便諭旨只派吏部審查，並輕描淡寫，對王文韶、景廉顯有回護之意。諭旨一。案子想收也收不住了，御史洪良品把知道的底里一股腦揭了出來，要求對景廉、王文韶即行罷斥，別的候查辦。
隨後那承修、張佩綸、盛昱等人也都連上奏摺，呼籲嚴行審理雲南軍費報銷案，對王文韶等人嚴厲制裁。與此同時，閻敬銘以戶部的帳目不清、三庫混亂，參劾戶部司官“含混草率”進一步把矛頭指向原為戶部尚書的景廉和王文韶。清政府在閻敬銘等人的敦促之下，加緊對案件審理。並派戶部尚書閻敬銘會同刑部審理此案。
案子到了閻敬銘手裡，自然就有了結果。與案情有牽連的數十名大小官員，都受到了應得的懲處，如受贓的戶部雲南司主事孫家穆革職賠贓。徒三年；太常寺卿周瑞卿革職賠贓，流三千里；潘英章、戶部主事龍繼棟、御史李郁華等也都被革職流放；軍機大臣景廉、王文韶都受到降級處分，王文韶被逐出了軍機處。其他如戶部侍郎許某、崇禮、工部侍郎翁同酥、兵部侍郎本潤等也都有失察之責或有一定瓜葛，分別受到降級罰薪等處分。
到了光緒十二年閻敬明以年老奏請將軍機處或戶部二職去其一，朝廷准免其軍機大臣職，俾得專心部務。十四年因反對重修頤和園，被革職留任。不久復職。但他以有病四次上疏辭官，得到允准，同年月回歸故里。
閻回陝後熱心地方公益事業，不僅捐款修建義學，而且倡導、督促在邑縣城西側建起一座豐圖義倉。這是當時全國唯一的一座民間糧倉，可儲糧 四萬斤。慈禧太后題寫倉名：“天下第一倉”
新朝開國之後，大量的官員出現了空額，高謹督促李鴻章尋個錢糧高手來，李鴻章便瞅准了這位老哥，親自跑去陝西請人。閻敬銘以年老不從，李鴻章便在那裡住了三天，這才老老實實的跟著李鴻章走馬上任，其實原本讓他來做這個戶部尚書，吳辰和李鴻章的想法都是找個人來過度而已，等到萬象更新之後再替換掉。
誰知這位閻尚書從上任開始便雷厲風行，記帳、查帳那是精神奕奕，幾下功夫，便將天下的錢糧默熟於胸，又去巡視幾個大的糧倉，走訪工廠，從陝西來的時候還老邁不堪，做了這個尚書，臉色都紅潤起來，瞧這架勢似是年輕了十歲，竟一下子成了六部堂中精神勁最足的傢伙，這個結果大出人的意料，李鴻章還能有什麼話說，自然是巴不得這位閻大人能幹多久干多久。 閻敬銘也是個急脾氣，下了汽車帶了書辦便立即進了內閣大樓，這大樓他是很熟捻的，隔三岔五要來一趟，順著樓梯上了六樓，這裡便是李鴻章、張察等內閣大臣辦公的所在，徑直敲開李鴻章的辦公室，開門的是張佩綸，張佩綸現在身居輔大臣機要總辦，在西方相當於總理秘書長，也是介。極為顯赫的職務，張佩綸笑了笑：“閻大人來的這麼早，請進吧，閣老還讓我打電話去戶部部堂里催呢。”