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窩闊台即位後，便著手對蒙古漠北地區的治理，遵循成吉思汗制定的《大札撒》（《成吉思汗大法》）。授旨曰：成吉思汗原來頒布的法令和敕旨，應予以維護、支持和保衛，不許惡意變動、篡改和混淆。同時窩闊台在《大札撒》的基礎上，又補充了新的內容。為保證新舊《札撒》的實施，規定誰觸犯新舊《札撒》，即按罪行之輕重給以懲罰，這使整個國家納入了以法治理的軌道。
窩闊台在位期間依然非常信任父汗任用的耶律楚材，於是奉他為中書令，他對耶律楚材所說的：“天下雖得之馬上，不可以馬上治。”這句話非常贊同和欣賞，所以對中原和北方地區進行治理時是與戰時的政策截然不同的。
在整個思想領域，窩闊台開始注重對儒學的研究。其實，蒙古統治者本不懂儒術，也不信儒術，後來在一些地主知識分子的影響下，逐漸懂得了孔孟之道。窩闊台即位後，耶律楚材就向他“進說周禮之教”，懂得“天下可馬上得之，不可以馬上治之”的深刻道理。他曾請名儒向皇太子和諸王大臣的子孫講解儒家經義。
公元1233年，窩闊台聽從耶律楚材建議，派人到汴京征孔丘51世孫孔元楷，襲封衍聖公，並命令修孔廟。當程朱理學在南宋盛行時，北方正處在金朝統治下，當時，“南北道絕，載籍不相通”。理學在北方還未傳布開來，到1235年蒙古軍隊占領德安，南宋儒生趙復被俘至燕京(今北京)，北方才開始有程朱理學。趙復是朱熹的門徒，也是謝夢先的弟子，他到燕京後，“學子從者百餘人”，許衡、郝經、劉因等都成了他的門徒。儒生們對蒙古統治者的影響是空前的。
在治理國家方面，窩闊台採取了一系列超越他先人們的措施。他制訂了賦稅法，從這個稅法的內容看，會從中體會到它的進步性。稅法中規定，蒙古族中有馬牛羊一百者，可抽一隻；每一群羊中抽一隻兩歲羯羊作為湯羊；每千戶須出騾馬、馬夫和擠奶人，備諸王、那顏聚會時用。用這種制度來進行規範，避免了很多內部矛盾的出現。
另外，窩闊台還命察乃、畏吾兒台二人到驗川勒地方，鑿井取水，以遷牧民前去居住；並設置倉庫，儲備金帛器械，應付對外戰爭的需要。窩闊台所以實施這些措施，原因是成吉思汗艱難創立國家，如今可讓百姓安定生活，勿再辛苦。
窩闊台還建立起了驛站制度。規定各千戶須自備人和馬，每隔5程設1站，人員20名，以供來往使臣使用，蓋以通達邊情，布宣號令。和林至漢地設37站，敦煌至玉門關有驛站相連，可通往西域。同時鼓勵商旅到漠北經商，在價格方面給予優惠。1236年初又開始印製貨幣，供商品流通使用。
窩闊台的一切措施都說明他在向一個封建帝王轉換。他要建立一個封建的超級帝國。作為帝國的中心，哈拉和林走向了歷史的舞台。窩闊台選擇的這個地點是具有歷史意義的，因為正是在鄂爾渾河上游地區，古代突厥-蒙古人的大多數帝國，從古代的匈奴到中世紀初期的東突厥，都在此建都。
8世紀的回鶻可汗們在附近的哈喇巴喇哈森建他們的斡耳朵八里，成吉思汗的都城最初就是以同樣的名字斡耳朵八里（宮廷之城）為人所知。幾乎是在成吉思汗統治期間，至少是從公元1220年起，哈拉和林或者是它附近的某地，可能已經被選為理想中的都城，但是，正是窩闊台於1235年在哈拉和林周圍築起防護牆，才使它成為新帝國的真正都城。
另外，這個超級帝國封建性的表現還在於形成了獨立的手工業。窩闊台在位期間，漠北已形成了與畜牧業相分離的獨立手工業。手工業者主要是被俘的外族人，他們一般都在被監控狀態之下，在工局裡製作武器和生活用品。除此，手工業者也從事農業生產，以做到糧食和菜蔬的自給。土拉河、克魯倫河上游、謙謙州（今葉尼塞河上游以南）等地出現了定居的農業區。定居下來，從事封建的農業生產，讓部落的人們開始向封建的農民過渡，這對於遊牧民族來說，不能不說是一大進步。
儒學方面的另一大進步就是公元1237年，窩闊台採納耶律楚材的主張，興辦國學，進行開科取士(儒生)。考試後得儒生4 030人，其中有1/4的人原已淪為奴隸，中試後擺脫了被奴役地位。中試的儒生免去賦稅，並對優秀者任以官職。窩闊台還接受耶律楚材關於在燕京設編修所的意見，設經籍所，編集出版經史，以此保存中國的傳統文化。
窩闊台應該是蒙古帝國歷史上比較幸福的人。他沒有他父汗那麼多的早年痛苦、仇恨，以及“革命未成身先逝”的遺憾，他比較順利地繼承了汗位，沒有像他的後代那樣出現更為殘酷的兄弟互相爭奪和廝殺的情形。他令天下人都對他感恩戴德，談論著他的美名，期待著見到這個了不起的君王。
還有，他的言行表明他絕對是一個豁達大度而內心清晰的智者，一個充分替他人著想的仁者。無疑，他的身份條件和履歷，很少有第二個人能夠具備。不過即使具備了，也很難達到他的那種境界。在他的身上，甚至可以看出有幾分老子和莊子的為“道”色彩。
第三章實現天驕戰略遺願
成吉思汗在攻滅西夏途中病死，未能實現攻滅金朝的宿願，遂在臨終遺囑中詔示後人，利用宋金世仇的矛盾，借道於宋，迂迴至唐(今河南唐河)、鄧(今屬河南)，聯合宋朝，直搗金朝都城南京(今河南開封)的滅金方略。