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討袁軍既宣布成立，乃在湖口召集師長劉世均、旅長何文斌、水巡總監何子奇、機關炮隊長卓仁機、團長周璧階、吳安伯等會議，決定宣布獨立，通電各屬與人民約法三章：“一、誓誅民賊袁世凱，二、鞏固共和政體，三、保障中外人民生命財產。”並組織總司令部，設總司令一人，副司令二人，參謀總長一人，副二人。軍法部長一人，下置三科；財政部長一人，下置三科；內政部長一人，下置六科；外務部長一人，下置四科；郵電部長一人，下置二科；軍醫部長一人，下置三科；軍政署長一人，其組織另定之。
是時江西都督已由省議會公舉歐陽武繼任，討袁軍宣布獨立後，省方亦表贊同，並布告人民（附件四），俾眾周知。江西民氣益加振奮矣。
部署初定，忽接要塞電話報告，謂江面到有楚字軍艦四艘，對湖口作示威狀。聞者頗驚異。顧余以為當援皖、援鄂時，對海軍一二艦隊曾盡友誼之援助，黃錘英、湯薌銘共事亦頗久，當不致有他敵，不欲示以防禦。未幾該艦等即向九江駛去。
自九江發動討袁，數日即有戰事。北軍派李純統兵至贛，旅長林虎與之戰於瑞昌、德安間。初大破之，旋以北軍械精糧足，次第增援，乃不敵。團長周壁階以攻奪九江金雞坡炮台死之。周為雲南講武堂優秀學生，由川間關隨余，“出師未捷身先死”，滋可痛也（後由楊賡笙召集地方賢達，為周立墓於湖口）。又有餘邦憲者，亦以團長陣亡。餘勇潯湖之戰，陷於不利，乃率所部退駐吳城，命炮兵營長劉凌扼守望夫亭，復命師長方聲濤指揮一切。日盼湘、粵援軍，然久不至。而北軍陸海軍均抵湖口，向吳城進。先以民船一艘偽裝難民數十人迫近吳城，狀似難民者俱跪船首作哀求狀，劉凌為其所誑，未發炮。移時接近望夫亭，則伏兵登陸矣。方聲濤揮刀斬數人，而吳城遂陷。
時有滿載援軍之兩船，不知去向，余派小輪兩艘遍江尋覓獲之，命隨余船行。復命講武堂教官穆恩堂（山東人，亦日本同學）扼守鞋山，退卻中之各軍始獲從容布置。余勉殿後，再為守南昌之計。比抵南昌而樵舍告急，城門復閉而不開，以電話告知憲兵司令廖伯琅，若少遲延開城，必予以嚴厲之處置；一面命第一營官兵越城而上，余始得入城。至都督府，廖伯琅逃贛州，守兵知其事乃捕獲之電告余，余復電令解南昌法辦。乃解至時，余已去，卒為李純所殺。宗旨不定者，結果如此，可嘆也。其時各高級官多已散去，財政司長魏斯靈亦攜眷遠走，不知去向（初有獻周瑜印餚，篆文銅質，斑斕可觀，余以此系國家至寶，不敢據為私有，當即交財政司保管。是時魏即逃去，該印亦不知落何人手矣）。是日接樵舍守軍電話索浮橋，余命團長萬勛搜集材料負架設之。責翌日竣事，而北軍已到牛行附近矣。有鄧祖禹者，奉余命統率江西內河各小輪，整頓成績頗佳，茲乃密囑其準備快輪兩艘，待余予寺步門外。余見李純軍勢方張，湘、粵援軍又久不至，而贛軍苦戰彈盡力疲，適湘督譚延闓來電勸赴湘省，並有“微服過宋，古有明訓”之語，而何子奇、李明揚、卓仁機等亦劫行，余乃命分乘鄧祖禹所備之各輪離南昌。遙見北軍炮兵在牛行排列，向南昌發射，空炸點非過高即過低，故隨行諸人均獲無恙。船符不久即達樟樹鎮。譚督派來之援軍，此時始到萍鄉。有唐蟒者（號桂良，與維新時六君子同時遇難之唐才常之長公子也），見余後表示湘省當扃及同黨意見，而援軍亦次第到，余囑停萍鄉待命，乃惜桂良赴袁州。因一路援軍四集，秩序欠佳，余立持鎮靜。比抵袁州，刮益甚，時有不肖士兵在街市劫掠者。人民捆一人至，立時圍觀者二三千人，視余如何處置。余授意內衛隊布置警戒之法，復命內衛隊長錢義成將犯兵押送余前，跪俟處決。余以舉義討賊而有賊民之兵，既憐且恨，然為紀律計，余乃自拔手槍，命犯兵前行。不數步，犯兵跪子地，語余曰：“都督請就在此地受法。”余頷首，乃發二槍斃之。圍觀者皆歡呼，余頻點首謝之。遂拔隊行，翌日至萍鄉。
萍鄉人民聞李都督到，咸企踵欲一見。余學書劍無成，討袁又失敗，無以慰人民，而人民愛戴若此，實可愧也。旋乘火車至長秒。有譚都督派來代表，請余乘輿到一較大之洋房，代表曰：“此日本領事館也。”余曰：“奚為至此？”彼曰：“譚、程兩公即來。”余隨入館休息，領事與館中諸人均極殷勤。少時都督譚延闓與軍政司長程潛，先後來談，慰勉備至。余謝其盛意，並曰：“袁賊想稱帝殆夢耳！吾黨同志此次雖失敗，仍當共同努力，將袁等殲滅之也。”二公去，余乃乘領事館所備之汽船赴大冶。日本駐大冶之辦事人員，招待亦殷勤。次日乘煤船啟碇，桂良與偕。過九江，船長告余：“將過金雞坡炮台，請公忍耐一時。”乃將余匿彼衣箱內，余始知伍員囊載而出昭關事不虛也。行未一時，過湖口，船長又語余曰：“將過湖口炮台，此處為公發難之地，台兵均舊人，當無意外。”旋請余出，猶見鞋山及附近各處。至馬當，船長曰：“此江西第一門戶，然炮位已移去，過此以往，船行江面可無顧慮。”
遂與桂良同進船長室謝其盛意，船長亦謙讓不遑。至第三日已至黃浦，出海向日本前進矣。惟余雖脫險赴日，然因是役被通緝者，計有楊賡笙，胡廷鑾，塗樹霖、李儒修，王鎮寰等；被捕殉難者，尚有徐秀鈞諸先烈；而被捕系獄者，有姜伯彰、何猶興、吳安伯、楊翹新諸同志，直至袁逆自斃始先後恢復自由雲。