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“上雖親政，遇事仍承太后意旨，久感外侮，思變法圖強，用有為言，三月維新，中外震仰。”（《清史稿》卷四七三）
袁亦欣然嚮慕，奈與康素無一面，不能通其悃愫。適袁書記生舉人阮忠樞，時亦以公車入都，袁遂以慕康之意告阮，囑其遇機代達。康自上書得意後，遂邀集舉人中之聲服素著者組織保皇會，有合會中資格、又贊成其宗旨者，皆收為會員。阮忠樞方以無門可入，莫由通居停主人之款曲，至此遂浼同會試舉人為之紹介，附入保皇會，結納於康，徐將袁慕康之忱達知。康以袁兵權在握，其人又勇敢有為，甚願結納，亦囑阮達其心慕之忱。兩方面皆由阮紹介，函牘往來，情意甚洽，遂結金蘭之契。
光緒帝既得康有為，言聽計從，變法圖強，凡能有裨新政贊成變法者，皆不次超遷厥後因此而殃及其身者，如劉光第、康廣仁六人是，惟袁世凱倖免。。爾時袁得候補侍郎，並得專摺奏事之旨。原旨錄下：
上諭：現在練兵緊要，直隸按察使袁世凱，忠勇勤奮，校練認真。著開缺以侍郎候補，責成專辦練兵事務。所有應辦事宜，著隨時具奏。當此時局艱難，修明武備實為第一要務，袁世凱惟當勉益加勉，切實講求訓練，俾成勁旅，用副朝廷整飭戎行之至意。欽此。
戊戌變政之主動力，系出自康有為。而康僅得軍機章京，至阿附康者轉得顯榮爵位，頗鬱郁不自樂。加以尚書許應驥、御史文悌先後數上彈章參劾，康有為自知為在朝諸臣所不容，此有截句雲“未必漢庭容賈誼，恐妨江夏殺禰衡”。康於此時知群臣之力不足破壞其謀，群臣之言亦不能動光緒帝之聽，能挾制光緒帝者惟西太后耳，深恐群臣以蠱惑光緒帝者蠱惑西太后，則大事去矣。故康以欲立非常事業，非鼓動光緒帝大義滅親不可；欲行非常之事，又非藉兵力不能成功。而統兵將帥敢為非常者惟袁世凱。康有為遂有謀及袁世凱之思想。其時之說有三，試分甲乙丙並言於左：
（甲）說康有為自以變政為主動者，他人隨而附和之，均得顯榮爵位，實有不甘。以光緒帝幼弱可欺，窺竊神器，其思想為人所不及料。一面平空結撰，密告光緒帝，謂由西太后內監處探來消息，後將害帝，另立某貝子為帝；一面假傳光緒帝密諭，召袁世凱，命其帶兵三千入都圍頤和園，殺西太后。袁問有皇帝詔書否？康答面奉口詔。袁曰我須面君。康阻之。袁知康偽傳上意，陽許從容計議，陰急報知榮祿，遂破其謀。
（乙）說光緒帝密詔康有為入內，泣告以太后不久將行廢立，命康設法救護。康有為叩頭流血，對以臣當犧牲此身，保皇上萬全。帝又諭康宜自保，勿久居危地。於是康與帝密謀，藉往上海辦報為名，脫離虎口。帝遂授康以親筆詔書，其大意命其聯合疆臣及統兵大將，起義勤王。康得天子手詔，遂與袁世凱圖謀。袁主緩圖，約俟秋揉，兩宮巡幸天津，乘機舉事。康主急行，欲袁世凱即日帶兵起事，兩人雖同謀而意見各歧。袁為個人祿位計，恐康事敗累己，陰泄其謀，康事遂敗。
（丙）說謂康有為早蓄陰謀，嗾光緒帝下詔，於是年秋侍西太后至天津舉行大蔸之典，乘機起事。兼以康所設之保皇會旨趣，有保光緒不保大清之語，為頑固黨與裁黜之官員藉口，密陳於太后，請復垂簾訓政，太后許之。李蓮英密告袁世凱。袁以曾入康黨，往來函牘甚多，恐為所累，遂往謁榮祿，密陳與康曾通往來，近見其種種妄謬，其人心地叵測，恐有不軌之謀。榮亦聞有種種傳說，深以為慮，袁言正觸其縈緒。榮遂囑袁入都，密偵康有為之舉動。康之為人本無一定宗旨，時又鬱郁不自得，袁以利害探之。康不知袁之來意，遂信口而談，謂皇上曾諭我與君密謀弒太后，去維新之阻力，事成予不次之超遷。我因向未與君晤面，未敢造次相謀。今君果具此熱心，願先報知皇上。袁曰須得皇帝手詔，方為名正言順。康曰事宜慎密，當矚弟廣仁見皇上圖之時康廣仁在上書房教光緒帝英文。。遷延三日，袁以不能久留北京，向康追問消息。康以既已許袁乞皇上手詔，無手詔似不能取信於袁，度謀諸皇上勢不能得，只有偽造皇上手書付袁。袁得書不赴寓所，直至火車站，搭車奔天津，密報榮祿，並呈偽手詔。康有為予袁手詔後，見袁行色匆匆，知事不妥，旋往訪袁，已無蹤跡。遂追至天津，遇袁途次。康呼之，袁乘肩輿，佯為未聞。康知袁必有詭秘之謀，即乘汽車至塘沽，搭汽船往上海。故康有為之行，康廣仁亦不知其去向。榮祿得袁之密報，遂持偽手詔直赴頤和園見西太后。後得榮之密告並詔書，即起駕，直造光緒帝之寢宮。帝已臥，後就床前責之曰，爾與康有為幹得好事！我自熱河遭肅順等之叛，以迄於今，不知幾何艱難險阻。迨又撫養爾成人，方謂可以自立，撤簾歸政，我有何罪？爾與康有為謀殺我。帝聞是語，如平空之降霹靂，碰頭泣對實不知情。後遂擲手詔於帝前曰爾可自看。帝百口莫辯。於是遂下詔拿康有為，而康已抵太平洋海中，惟獲康廣仁及劉光第等六人，刑於市。
以上三說，甲說見《民報》，廣東某詆排康黨之著論。而康黨之機關報於此一說不稍辯白，似乎默認。乙說見《戊戌政變記》，丙說見中國當時香港、上海各報。雖各有異同，而康有為為袁世凱之破壞則一也。按諸甲說，袁世凱是大有功於皇室。按諸乙說，袁世凱系光緒帝與康有為之公敵。按諸丙說，袁世凱以機變之術，速康有為之敗。仆於此三說頗滋疑義，不能解釋。後當於光緒帝與袁世凱關係章詳細言之。