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戊戌八月之變，康有為流竄他邦，清廷惟株連其黨，西太后復垂簾訓政。
“以抑格言路，首違詔旨，盡奪禮部尚書、侍郎職。舊臣疑懼，群起指責有為，御史文悌復痛劾之。上先命有為督辦官報，復促出京。”（《清史稿》卷四三七）
召榮祿入政府，直隸總督兼北洋大臣著袁世凱暫行護理。
第三節護理北洋大臣之時期
袁世凱以新進之候補侍郎，望淺資輕，輒護理首領之總督，其時流言四起，謂袁與康同謀，且爾時抄康南海會館邸寓，得袁與康密信甚多。康黨皆株連，朝廷所以不罪袁者，以其兵權在握，防其變亂也。故令護直督以羈之，俟徐撤其兵權，遣散其軍隊，再治其罪，而袁若未聞也。但此語傳至軍中，兵以將被裁撤，眾心惶惶。袁令其執法營務處下令懸賞，有拿獲造謠言惑亂軍心者，賞銀五百兩；知情不舉者同罪。旋即將此種謠說稟告榮祿。榮以朝內方生變端，風波未息，宜安軍心。遂奏請於西太后曰，皇上前用康逆之謀，曾下幸津校閱之詔，茲宜收回成命。以該軍等操演勤勞，賞銀若干，以安軍心。清廷遂下詔云：
前經降旨，擇於九月初五日，朕恭奉（中略）皇太后慈輿啟鑾，先赴南苑，再往天津，以次閱操。第本年節令較早，現在天氣漸寒。朕侍奉慈躬，允宜璇宮頤養，以衛興居。所有巡幸天津之處，著即停止。惟念國家講求武備，本期親臨校閱，鼓舞戎行。近畿各軍業已次第預備，該官兵等平日操演，不憚勤勞，朕心良深軫念。（中略）侍郎袁世凱所部新建陸軍，著賞銀四千兩，（中略）以示體恤。該侍郎等仍當督率將士，隨時認真訓練，總期紀律嚴明，緩急足恃，毋負朝廷整軍經武之至意。欽此。
袁奉旨後即具折謝恩，領賞分給將士，並安軍心。其謝恩折云：
竊臣於光緒二十四年八月十四日，欽奉上諭云云。（中略）跪聆之下，欽感莫名。當即恭設香案，率領將士望闕叩頭謝恩。伏念臣猥以樗材，忝司蘭錡，枕戈矢志，愧無尺寸之微勞；負弩前驅，恭待鑾輿之巡閱。茲復欽承玉詔，崇護璇闈，聿隆孝養之心，暫緩大搜之典。九重端拱，彌殷瞻天仰聖之思；萬眾銘恩，遠過挾擴投膠之樂。皇仁共沐，列校騰歡。臣惟有益勵戎行，精求武備，督率將士，隨時認真訓練。務期兵皆可用，餉不虛糜，以仰答高厚鴻慈於萬一。
袁世凱護理直督雖無多日，而凡事均尚認真，不存五日京兆之心。時有福靖兵輪在海洋遭風，遇難員弁，袁為奏請撫恤，其遺族均感稱袁德。北京雖人心惶惶，天津尚平靜。迨裕祿到任，袁仍回小站練兵。然袁此時亦一危險境也。錄其交卸折於下：
（上略）竊查新任督臣裕祿於八月二十日行抵天津，接印任事，臣即於是日交卸。伏查臣所部新建陸軍，現駐小站一帶，拱衛畿疆，是臣專責，巡緝操防，在均關重要。臣擬即馳回防所，督飭將領暨臣營武備各員司教習，認真訓練課導，精益求精，以期儲備將材，悉成勁旅。搜卒補乘，敢忘綢繆未雨之謀；秣馬厲兵，冀收袍澤同仇之效。
當時中國之論袁者，仍以向與康同謀不軌，朝廷雖暫不究，終必發作。是年十月，袁世凱忽奉旨陛見。當袁入都時，咸謂袁恐不能生還矣，而袁之左右及其軍中亦皆惶惶。計袁於是月二十三日抵都，二十四日召見。二十五日奉諭旨云：
候補侍郎袁世凱，著在西苑門內騎馬，並乘坐船隻拖床。欽此。
召見後袁仍安然回營，論者謂系榮祿力保，不然恐難免禍雲。
清光緒二十五年春，榮祿疏稱新建陸軍經袁世凱勤加訓練，現屆三年期滿，頗著成效，請准獎勵。奉旨云：榮祿奏新建陸軍訓練三年，著有成效，請將出力員弁擇尤褒獎一折。新建陸軍經候補侍郎袁世凱悉心擘畫，按照泰西操法，訓練精勤，現在已歷三年，確有成效。該侍郎勤明果毅，辦事認真，深堪嘉尚。袁世凱著交部從優議敘，所有該軍得力員弁，著榮祿傳知該侍郎，准其擇尤酌保。
袁世凱自得交部從優議敘，於五月初九日奉旨：
工部右侍郎兼管錢法堂事務，著袁世凱補授。欽此。
時光緒帝憂悶成疾，不親朝政。袁之遷升，皆西太后之旨意斯時也即康有為在新加坡倡言西太后監皇上於瀛台，享以玻璃粉者也。。
袁得補侍郎，即具折謝恩云：
奏為叩謝大恩，恭折仰祈慈鑒事：竊臣伏讀邸鈔，（中略）白天聞命，伏地增慚，當即恭設香案，望闕叩頭謝恩訖。伏念臣一介庸愚，毫無知識，昔奉使於海外，叨拜監司；繼典兵於畿南，謬陳臬事。愧乏涓埃之報，疊邀高厚之恩。超遷遠過乎尋常，班列遽躋諸卿貳。實形塵忝，時切冰兢。茲復渥荷溫綸，真除水部，職考工而六官幸附，稽闕法而九府兼司。自顧輇材，膺斯寵遇，鵜濡益憂其不稱，鰲戴彌覺其難勝。惟有趨叩宮門，跪聆慈訓，瞻天仰聖，稍紓依戀於九重；竭力殫心，冀答生成於萬一。所有微臣感激下忱，謹繕折具奏，叩謝天恩，伏乞皇太后聖鑒。
按：時人見袁之謝恩疏，謂其目無皇上。不知袁仍有謝光緒帝一疏。茲並錄於左：
奏為叩謝天恩，恭折仰祈聖鑒事：（中略）伏念臣中州下士，才識凡庸。浙水分巡，愧無墜露輕塵之報；畿疆陳臬，常懍素餐赤芾之譏。未建寸功，謬膺內轉。一心兢業，五夜慚惶。茲復欽奉溫綸，祗承特簡，率百工而興作，忝職司空，台六府以交修，兼綜圜法。凡此寵榮之疊被，懼怍搗昧所能勝。臣惟有趨詣闕廷，叩求訓誨，仰聆天語，冀稍寬隕越之愆；俯勵冰心，當奮勖從公之志。所有徼臣感激下忱，謹繕折具陳，叩謝天恩，伏乞皇上聖鑒。