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曼努埃爾接到其父親去世的消息後，從布魯薩秘密潛逃回君士坦丁堡，以確保搶在其野心勃勃的侄子約翰七世之前奪取皇位。[214]曼努埃爾二世（1391～1425年在位）是位聰明和具有多方面天賦的皇帝，他喜愛藝術和學術，善於寫作。就個性而言，他是晚期拜占廷歷史上最值得同情的人物。命運使他在蘇丹的宮廷中遭受了最為恥辱的經歷，但是儘管如此，他還是贏得了各方面的尊敬，即使土耳其人本身也尊重他。據說巴耶扎德曾讚揚他：“如果人們不知道他就是皇帝的話，那麼他們單從他的外表就可以推斷出他是位皇帝。”[215]這就是這個博斯普魯斯海峽上的城市在其歷史上最黑暗的一個時期的統治皇帝。
帝國的首都此時可以被認為就是皇帝的帝國，因為除了莫利亞專制君主國外，拜占廷人在巴爾幹半島只擁有其故都君士坦丁堡而再沒有其他領土了。[216]而這個首都只是在設法苟延殘喘，只是由於其堅固的城牆使它得以在土耳其征服地區里保持完全獨立。[217]巴耶扎德不久就對其在君士坦丁堡和莫利亞的那些並不情願臣服的臣屬感到很不滿意，認為對他們的利用和侮辱還不夠，因此轉變為公開的敵視。這一變化在1393～1394年冬季戲劇性的朝覲中表現了出來，他下令其所有拜占廷和斯拉夫臣屬都到塞里斯來晉見他。[218]從此以後，君士坦丁堡就陷入被封鎖狀態，該城市的陸地通道全部被切斷。[219]拜占廷首都處於極為可悲的境地，此時，城市供應問題達到了極度惡化的程度，這個問題在拜占廷人最後幾十年期間越來越嚴重。而莫利亞地區也面臨土耳其人的入侵和洗劫。
1393年，偉大的乞丐將軍埃維倫諾茲（Evrenoz）奪取塞薩利，而後奧斯曼軍隊轉向希臘其他地區，那裡不同君主之間的鬥爭為征服提供了便利。希臘的加泰隆統治早已是陳年舊事，1379年時，納瓦雷軍團就奪取了他們的提比斯。此時的阿提卡半島被雅典公爵內里奧一世·阿奇亞喬利（Nerio I Accia-juoli）所控制，他屬於自14世紀中期以後在希臘地區發揮重要作用並一直統治科林斯的佛羅倫斯商業家族成員。[220]內里奧與其女婿塞奧多利·帕列奧列格專制君主保持著密切的友誼。但是，他們兩人經常與威尼斯人發生爭執，而拜占廷米斯特拉專制君主與阿凱亞的納瓦雷軍團幾乎永遠爭吵不休。1394年9月內里奧去世，其領地事實上全部落入其二女婿凱發羅尼亞的卡爾羅·托科（Carlo Tocco of Cephalonia）伯爵手中，但是塞奧多利感到自己受到輕視，激烈地與之爭吵，並企圖以武力從這個幸運的繼承人那裡奪取科林斯。在這關鍵時刻，卡爾羅·托科請求奧斯曼人援助，乞丐將軍埃維倫諾茲的軍隊在科林斯城下擊敗帕列奧列格，並侵入拜占廷人的莫利亞地區，1395年初，他們在納瓦雷軍團熱情支持下占領了拜占廷人的萊昂塔利翁和阿克瓦要塞。[221]
奧斯曼人對巴爾幹半島北部地區的征服也同樣迅速。1393年，保加利亞帝國最終屈服。沙皇的首都特爾諾沃在經歷了殘酷的圍城戰後，於同年7月17日被占領，之後，征服者無情地摧毀了這個城市。保加利亞的其他地區也很快就都先後落入土耳其人之手。[222]此後將近500年期間，保加利亞一直是奧斯曼帝國的一個省區。
與此同時，在匈牙利人強有力支持下的瓦拉吉亞老米爾奇卡（Mircea the Elder of Wallachia）對土耳其人發動了積極的抵抗。1395年5月17日，在羅維尼平原爆發了特別慘烈的戰役，雙方損失慘重。許多基督教徒為了履行其臣屬義務，在戰鬥中站在奧斯曼人一邊，其中包括塞爾維亞君主、科索沃戰役中的英雄之子和繼承人史蒂芬·拉扎里維奇（Stephen Lazarevic）、統治普里利普周圍小片地區的烏卡辛之子馬克、統治馬其頓東部地區的杜珊的侄子君士坦丁·迪加諾維奇（Constantine Dejanovic）。塞爾維亞民歌中深得愛戴的英雄馬克國王和君士坦丁·迪加諾維奇在戰鬥中被殺陣亡。從軍事角度看，米爾奇卡似乎是勝利者，但是，他同樣被迫承認了蘇丹的宗主權，並繳納貢品。[223]德布魯察地區在數十年間是保加利亞人的君主國，前不久剛剛被米爾奇卡收歸到其勢力影響範圍內，此時則被奧斯曼人占領，多瑙河渡口也被土耳其軍隊占領。
奧斯曼人的這些新勝利在西方產生了極大震動。保加利亞被占領意味著匈牙利受到入侵的直接威脅，希臘的拉丁人小君主國也因為地處土耳其人近鄰而感受到入侵的巨大壓力。直到這時，拜占廷人請求援助的呼籲和教皇的警告才使西方那些充耳不聞的人警醒，此時，人們真的感到基督教強國聯合行動抵抗奧斯曼人威脅已經迫在眉睫。匈牙利國王西吉斯蒙特（Sigismund）的求援呼籲得到幾個歐洲國家騎士的響應，特別是得到法國騎士的響應，他們深受發動新的十字軍思想的鼓舞。威尼斯經過相當長時間的猶豫，也加入聯合行動，派遣一支小艦隊到達達尼爾海峽，游弋在海峽內，以便保持拜占廷帝國和聚集在匈牙利的十字軍部隊之間的聯繫通道。這次遠征似乎一切具備，只待發兵，但是卻遭到徹底失敗。1396年9月25日，在尼科堡戰役中，數量龐大但成分複雜的烏合之眾遭到土耳其軍隊的殺戮，主要因為匈牙利人和法國軍團之間缺乏協調、合作。[224]國王西吉斯蒙特臨陣倉皇逃跑，未被俘獲，隨行的還有聖約翰騎士團的大首領和幾個德國騎士，他們從海路到達君士坦丁堡，國王西吉斯蒙特又由此經愛琴海和亞得里亞海返回故土。他經過達達尼爾海峽時，兩岸基督教戰俘悽厲的哀號不絕於耳，這是蘇丹下令將他們排列在兩岸，以羞辱戰敗的國王。[225]