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　　  羅馬主教馬丁（Martin）於649年7月5日在未得到總督同意的情況下就擔任了羅馬主教，他於同年10月在拉特蘭宮的聖救世主教堂舉行了大規模的宗教會議。出席會議的105名主教大多數來自羅馬教區各地小教區，但是這次宗教會議從神學上看完全處於希臘教會的影響，因為整個會議進程是仿效拜占廷宗教會議的程序。[78]拉特蘭宗教會議譴責《信仰模式法令》和《基督一志論法令》，但是出於政治目的，它沒有將把對這些法令的指責指向帝國政府，而是指向了大教長塞爾吉烏斯和保羅（Paul），與他們兩人一同被開除教籍的還有皮爾胡斯。羅馬主教還向所有基督教教會的主教和教士發出了牧歌式的信件，皇帝則收到了一封精心修改的信件，附有會議備忘錄的希臘文翻譯本。

　　  馬丁晉升為羅馬主教的方式本身就足以引起君士坦斯二世迅速行使其皇帝權力進行干預。他首先派遣拉文那總督奧林皮烏斯（Olympius）前往羅馬逮捕尚未得到皇帝認可的馬丁，並打算強行要求所有義大利主教都在《信仰模式法令》上簽字。奧林皮烏斯在拉特蘭會議結束時來到羅馬，但是他很快就發現，要在羅馬當時的環境中執行皇帝的命令是何等困難。他沒有執行皇帝的命令，相反卻設法利用羅馬人強烈反對君士坦丁堡的情緒，以使羅馬脫離帝國，便於自己控制義大利。這樣，在義大利如同在北非一樣，政府的基督教政策只是促使忠實的總督轉而反對中央權力。篡位者率所部渡海到西西里島，拜占廷政府對他無計可施，其中的原因可能是當時皇帝完全忙於應付東部穆雅維亞對拜占廷人的第一次海上軍事行動。由於奧林皮烏斯於652年去世，反叛也自然平息。  

　　  對羅馬主教馬丁的清算是一年以後進行的。後任總督親率軍隊於653年6月15日到達羅馬，逮捕了重病在身的羅馬主教，並乘夜晚將他從反叛的城市押送君士坦丁堡。12月底，馬丁被押解到元老院受審。審判帶有明顯的政治特點。對他的指控是最嚴重的叛國罪，因為他被指責支持了奧林皮烏斯的反叛，這可能有一定的司法根據。在這個嚴重罪行面前，其宗教問題退而成為次要問題，羅馬主教極力打算把審判引向《信仰模式法令》的討論，但是被審判他的法官輕蔑地擱置一旁。其有罪判決最初是處死刑，但是皇帝本人親自到庭主持判決，這個有病的老人被公開判處流放，最終被囚禁在遙遠的車繩，在遭受了飢餓和貧窮痛苦的折磨後，他於656年4月病逝。[79]判決馬丁不久以後，馬克西姆斯也作為罪犯被從義大利引渡到君士坦丁堡，他也是在元老院接94受的審判。鑑於馬丁被判決為與奧林皮烏斯共同謀反，法庭指控馬克西姆斯支持叛亂的北非總督格里高利，特別是指控他拒絕承認皇帝頒布的《信仰模式法令》。經過少許審判工作，馬丁的宗教犯罪被忽略不計，但是，馬克西姆斯卻是持正統信仰的希臘信徒的真正的精神領袖，因此政府盡最大的可能希望他放棄其信仰。然而，政府的所有努力都白費了，儘管在許多年裡，馬克西姆斯從一處被流放到另一處，並遭受嚴重的病痛折磨。其最後的流放地是拉茲卡要塞（今穆里附近），[80]他於662年8月13日在此去世，享年80歲。  

　　  教義爭論對教會政策，特別是對反對教會服從皇帝權力的宗教鬥爭具有重要影響。馬克西姆斯提出了原則性意見，認為皇帝作為世俗君主無權對信仰問題說三道四，信仰問題只能由教會來考慮。[81]這種意見並無新意，早在拜占廷歷史初期，教會教父們就已經提出同樣的意見。但是，沒有任何教會人士像馬克西姆斯那樣以如此敏捷清晰的思想為教會的自由而鬥爭。他可以說是第一位真正的中世紀拜占廷教會教父。正是他使教會中採用偽迪奧尼索斯（pseudo-Dionysius）的神秘說教合法化，也是他把中世紀基督教思想引入古代世界殘留的思想觀念中。在皇帝君士坦斯二世和馬克西姆斯的人格中，有兩個相互對立的世界。儘管馬克西姆斯不得不服從皇帝至高無上的權力，但是他為之戰鬥的思想卻在以後幾個世紀的宗教鬥爭中長存。

　　  君士坦斯二世在博斯普魯斯海峽地區統治了20年後，採取了一個大膽的決定：他決定離開君士坦丁堡，將其行宮遷移到西部去。這並不意味著他將放棄帝國東部領土，只要東部的戰爭沒有結束他就會堅守崗位，只有當真正的危機結束了他才離開拜占廷首都。這種向西遷都的活動只是反映出拜占廷帝國蘊藏在西部領土上的東西像帝國蘊藏在東部領土上的東西一樣重要。如果將君士坦斯二世西遷活動與早先莫里斯和伊拉克略的計劃（參見第59頁和第78頁）相比較，帝國政策的連貫性是明顯的，當時拜占廷人顯然並沒有把他們自己限制在東部這樣的意識，也沒有形成集中其資源於東方會對西方不利的認識，這樣的想法出現在幾個世紀以後。

　　  最終促使皇帝下定到西方去決心的原因只能從史料中去找，分析出其到西方去的真正動機。由於君士坦斯二世的基督教教會政策和無情迫害馬丁和馬克西姆斯，他已經失去了其正統派拜占廷臣民的支持。不僅如此，他於660年強迫其兄弟塞奧多西（Theodosius）接受神品成為教士，而後將其殺害。君士坦斯二世宣稱，他犯有叛上的大罪，實際情況是，按照當時的習俗，皇帝的兄弟擁有被任命為共治皇帝的權利，君士坦斯二世卻不能容忍出現對其皇帝權利有如此挑戰的想法。這種情況在伊拉克略幾個兒子身上和在君士坦斯二世自己的兒子身上都出現過。他與其兄弟塞奧多西之間發生衝突最直接的原因是，654年復活節，他為其長子君士坦丁（五世）加冕為共治皇帝，659年又為其另外兩個兒子伊拉克略和提比略加冕為共治皇帝，因而一再忽略了塞奧多西的權益。這場衝突以其兄弟被殺結束，但是卻在拜占廷人中招致了極大的不滿和怨恨，皇帝發現自己深陷於民眾的仇視中，他們把他稱為另一個該隱（《聖經》人物，亞當之子，以殺弟著稱——譯者）。[82]君士坦斯二世與其首都民眾間的這場爭執可能更加強了他離開君士坦丁堡的決心，可以肯定，這個事件一定使他的離開看起來像是與舊首都的決裂。