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“下克上”一時蔚為風氣。
本來軍人當以服從命令為天職，擅自行動和越權作戰為軍紀所不容，但是“下克上”已經像一種愈演愈烈的流行病，使得日本軍隊像脫韁野馬不受約束自行其是。寺內總司令向東京拍發電報進行控告，同時派人向海軍提出抗議，更有年輕氣盛的師團長派出坦克部隊開往連雲港向海軍示威，但是一向傲慢無禮的海軍哪裡把陸軍放在眼裡，艦隊司令一聲令下，軍艦上的遠程大炮昂起黑洞洞的炮口，艦載飛機排出密集隊形從天空呼嘯而過，海軍陸戰隊築起工事嚴陣以待，一時間雙方劍拔弩張互不相讓，一場流血內訌眼看難以避免。
東京大本營緊急派出特使前往調解，調解結果是華北派遣軍退回徐州，海軍維持占領，“連雲港危機”暫時得以化解。事實上東京的袒護立場最終成為妨礙日本帝國走向勝利的絆腳石之一，１９４２年美軍進攻瓜達爾卡納爾群島，時任南方軍總司令的寺內壽一請求海軍運兵船支援，海軍則以各種理由予以拒絕，加速瓜島守軍覆滅。
寺內總司令對大本營的偏袒態度深感憤慨，既然大本營無力約束海軍，那麼陸軍為什麼一定要成為“下克上”的受害者和犧牲品呢？歷史表明，這個看似同中國戰局無關的“連雲港事件”卻將對１９３８年的抗戰進程產生深遠影響，它的直接後果是刺激華北派遣軍自行其是越權行動。後面我們將會看到，儘管大本營命令“保持各自態勢，暫不擴大戰面”，但是野心勃勃的寺內總司令根本不打算服從命令，他的理由很簡單，那就是東京絕不會懲罰打勝仗的將軍。幕僚支持總司令的決心，他們說：占領支那（中國）是陸軍的責任，所以怎麼做都不過分吧。
徐州會戰接近尾聲，兩大日本派遣軍實現勝利會師，前來增援作戰的華中派遣軍陸續撤回南方戰區，北方戰場開始呈現短暫的平靜局面之際，一道蓄謀已久的秘密命令被下達了。下達命令的是總司令本人，他對參謀長口授電文道：致電土肥原賢二將軍，華北派遣軍命令如下>>
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對多數經歷過東北淪陷的老百姓來說，日本奴役下的淪陷區如同一座人間地獄，中國人稍有不從即被抓進特務機關，輕則嚴刑拷打，重則砍頭餵狼狗。而指揮東北特務機關的“奉天特務長”就是臭名昭著的日本甲級戰犯土肥原賢二。
土肥原賢二，職業間諜頭子，畢業於日本陸軍大學，１９１３年以陸軍上尉身份來到北京“坂西公館”（特務機關），自此開始其長達數十年的特務生涯。在西方人撰寫的《世界間諜史》里，土肥原被列為二十世紀最重要的國際間諜之一，因為他的間諜活動已經“影響和改變了亞洲的某些歷史過程”，有的西方學者則乾脆將其喻為“日本的勞倫斯”（勞倫斯為英國著名間諜）。當然這種評價只表明一種西方人的觀點，與中國的歷史結論無關。從照片上看，這個兇殘的特務頭子外表卻更像一個躊躇滿志的日本商人，他身穿條紋和服，蓄著那個年代流行的日式仁丹胡，五官肥大面孔鬆弛，神情和藹笑容可親。當然這些都是偽善的表面現象，史料記載，僅“九>一八事變”之後短短几年，土肥原指揮東北特務機關就逮捕和殺害中國抗日軍民達數萬人之多。
土肥原是日本關東軍里有名的“中國通”，他不僅能說一口道地的東北土話，熟讀中國史書，熟悉中國歷史風情，而且長期活躍於動盪不寧的中國北方，出入於北京、天津、瀋陽的官邸豪宅，收買漢奸，培植親日勢力，攪亂政局，唯恐天下不亂。當年聲名狼藉的女間諜川島芳子就是土肥原一手培植的親信。從辛亥革命到抗戰爆發前的二十多年歲月里，大特務土肥原無孔不入地插手中國發生的幾乎所有重大事件，比如挑動直皖戰爭，渾水摸魚坐收漁利；插手直奉戰爭，扶持奉系軍閥張作霖，以突然中止銀行兌換來致使北洋政府紙幣作廢，顛覆北洋政權；但是僅僅四年之後他又親手策劃了炸死張作霖的“皇姑屯事件”。土肥原還參與震驚中外的“九>一八事變”，扶持成立偽“滿洲國”，一手導演末代皇帝溥儀出逃的政治醜劇；陰謀策劃華北自治獨立，試圖把華北諸省從中國版圖上分裂出去；挑起種種事端，為侵華戰爭製造藉口等等，真是劣跡昭彰罪惡滔天。
昭和十一年（１９３６年）抗戰前夕，土肥原的特務生涯走到盡頭，他忽然奉調回國並且改任軍職。西方觀察家對此大惑不解，在他們看來，土肥原指揮的滿洲特務機關日趨活躍，其特殊作用無可替代，日本軍部何以將其調離擔任並不擅長的軍職呢？多年後內幕曝光，原來正是土肥原權力太大為所欲為令東京大本營深感惱火，於是奏請天皇將他調任回國。改任軍職的特務頭子失去用武之地，他先被任命擔任東京近衛師團指揮官，後任第十四師團中將師團長。土肥原的意外調職使得他的死對頭，國民黨軍統特務頭子戴笠大大地鬆了一口氣，據說蔣介石聞知此事臉上露出難得的笑容，竟一連聲說了三個“好”字。
第十四師團在日本中部的宇都宮市編成，亦稱“宇都宮”師團，是“七>七事變”後最早登陸華北的主力部隊。當時華北守軍多是些戰鬥力不強的雜牌隊伍，比如原西北軍、東北軍等等，特工出身的土肥原指揮第十四師團一路攻城略地勢如破竹，把一份份勝利捷報源源不斷地發往華北派遣軍和東京大本營。按照命令，隸屬於第一軍的土肥原師團作戰範圍當止於黃河北岸的豫北，其任務是屏護徐州作戰的側翼安全。所以直到徐州會戰臨近尾聲，這支三萬人的大軍才慢吞吞地抵達豫、魯交界的濮陽縣城，此時他們距離硝煙瀰漫的徐州城尚有數百里地之遙。